【正文】
of the Gene Ontology (GO) Project with the free software package n GenMAPP 可以整合 GO定義,產(chǎn)生整體的基因表達(dá)譜 . 輸出可以搜索的瀏覽器 ,幫助用戶快速識別代表性的差異表達(dá)基因在 GO的定義?;蚓W(wǎng)絡(luò)描述了特定細(xì)胞或組織中的功能路徑,如代謝、基因調(diào)控,信號傳導(dǎo)等。最常用的是 “ 看家基因 ” 法,它預(yù)先選擇一組表達(dá)水平不變的看家基因,計算出這組基因平均 ratio 值為 1 時的標(biāo)準(zhǔn)化系數(shù),然后將其應(yīng)用于全部的數(shù)據(jù)以達(dá)到標(biāo)準(zhǔn)化的目的(A)Scatter plots for a Cy5liver/Cy3liver control hubridization A (B)Cy5ovarian tumor/Cy3normal ovary hubridization The value of Cy3 and Cy5 hydridization signals from each clone were plotted directly onto the plot ( 卵巢癌)Data Analysis Reveal the Difference基因芯片數(shù)據(jù)分析和信息挖掘方法一 . 聚類分析聚類分析n 聚類分析是模式識別中一種非常有吸引力的方法,特別適用于模式分類數(shù)不知道的情況。 根據(jù)基因產(chǎn)物的相關(guān)分子功能,生物學(xué)途徑,細(xì)胞學(xué)組件而給予定義,無物種相關(guān)性。 由 GIF等平板文件類型圖示,方框顯示為涉及的酶 EC名稱,圓滑框為反應(yīng)類型,以實線和箭頭連接反應(yīng)物和方向,虛線指向預(yù)測的反應(yīng)類型。n 對數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析之前,必須將包含在基因表達(dá)矩陣中的數(shù)據(jù)進(jìn)行相似程度分析,并且對分析結(jié)果進(jìn)行量化。距離越小,表達(dá)模式越相近,反之,則表達(dá)模式差異大。該基因網(wǎng)具有以下基本功能:n (a) 描述執(zhí)行特定生物功能時所涉及到的整體基因交互作用n (b) 描述基因的蛋白質(zhì)編碼n (c) 描述基因?qū)ν饨绱碳さ膫鞲型緩絥 (d) 通過一組反饋自動地穩(wěn)定網(wǎng)絡(luò)參數(shù)或者使網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)換到新的功能狀態(tài)n (e) 利用外部信號、激素和代謝產(chǎn)物作為生理學(xué)參數(shù)激發(fā)基因網(wǎng)糾正其作用n 該基因網(wǎng)描述了 四類實體 :n (a) 細(xì)胞 (組織,器官 )n (b) 蛋白質(zhì)n (c) 基因n (d) 物質(zhì)n 該基因網(wǎng)還描述了實體間 兩種關(guān)系 :n (a) 反應(yīng)( reaction) , 即通過交互作用產(chǎn)生新的實體或過程n (b) 調(diào)控( regulatory) 事件 , 特定反應(yīng)對實體的作用。 n 基因表達(dá)數(shù)據(jù)之中隱含基因之間的相互作用關(guān)系,因而可以通過分析基因表達(dá)數(shù)據(jù),構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用n Better understand the physiology of the anismn Predict the effect of a drug– Predict the weaknesses or side effects of a drugn Predict good or bad drug binationsnUnderstand disease processesnGene function assignmentnMake a “perfect” simulation of cellularn function to use as an experimental modeln Many tools “feed” into this understanding including microarrays pathway 數(shù)據(jù)庫介紹Pathway 數(shù)據(jù)庫n GOn KEGGn GENMAPPn BIACARTAn GeneNetn 細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫n 自由基信號數(shù)據(jù)庫關(guān)于 GOn GO(gene ontology)是基因本體論聯(lián)合會 (Gene Ontology Consortium)所建立的數(shù)據(jù)庫,旨在建立一