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基因芯片分析的理論與方法-預(yù)覽頁

2025-03-17 21:50 上一頁面

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【正文】 會 (Gene Ontology Consortium)所建立的數(shù)據(jù)庫,旨在建立一個適用于各種物種的,對基因和蛋白功能進(jìn)行限定和描述的,并隨著研究的不斷深入而更新的語言詞匯標(biāo)準(zhǔn)。關(guān)于 KEGGn KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) ( 京都大學(xué)基因和基因組百科全書數(shù)據(jù)庫)n KEGG 是系統(tǒng)分析基因功能的數(shù)據(jù)庫,將基因組的信息與基因功能聯(lián)系起來,旨在揭示生命現(xiàn)象的遺傳與化學(xué)藍(lán)圖數(shù)據(jù)庫KEGG PATHWAY DatabaseKEGG GENES DatabaseKEGG LIGAND Database用途搜尋 pathway, 產(chǎn)生可能的反應(yīng)路徑搜尋類似的基因序列搜尋類似的基因組序列搜尋類似的復(fù)合物結(jié)構(gòu) ,類似的多糖結(jié)構(gòu)及類似的反應(yīng)類別通路信息基因組信息化學(xué)信息n KEGG中的通路分為五大類:1. 新陳代謝通路2. 遺傳信息處理通路3. 環(huán)境信息處理通路4. 細(xì)胞內(nèi)通路5. 人類病癥相關(guān)通路n PATHWAY提供所選定通路的參考資料、涉及的反應(yīng)和在其他生物中的通路情況。該基因網(wǎng)具有以下基本功能:n (a) 描述執(zhí)行特定生物功能時所涉及到的整體基因交互作用n (b) 描述基因的蛋白質(zhì)編碼n (c) 描述基因?qū)ν饨绱碳さ膫鞲型緩絥 (d) 通過一組反饋?zhàn)詣拥胤€(wěn)定網(wǎng)絡(luò)參數(shù)或者使網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)換到新的功能狀態(tài)n (e) 利用外部信號、激素和代謝產(chǎn)物作為生理學(xué)參數(shù)激發(fā)基因網(wǎng)糾正其作用n 該基因網(wǎng)描述了 四類實(shí)體 :n (a) 細(xì)胞 (組織,器官 )n (b) 蛋白質(zhì)n (c) 基因n (d) 物質(zhì)n 該基因網(wǎng)還描述了實(shí)體間 兩種關(guān)系 :n (a) 反應(yīng)( reaction) , 即通過交互作用產(chǎn)生新的實(shí)體或過程n (b) 調(diào)控( regulatory) 事件 , 特定反應(yīng)對實(shí)體的作用。s exact test and the false discovery rate (FDR) to evaluate the statistical significance of the association between a cluster and a pathway while correcting the multipleparison problem n Pathway影響顯著性的統(tǒng)計學(xué)評估基于文獻(xiàn)的功能富集分析n Due to easy access and availability, the most widely used sources of scientific information are abstracts of scientific publications, accessed primarily through MEDLINE.n Abstracts contain a concise description of the information within the paper and provide the best bination of availability, information density and brevity.n Many approaches have been proposed for information extraction (IE) from scientific publications, ranging from simple statistical methods to advanced natural language processing (NLP) systems.基于文獻(xiàn)的功能富集分析的工具n PubGENn CoPub Mapper n extraction system— MedScan,n PathwayAssistn Pathway studion 商業(yè)化QUESTION
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