基因芯片分析的理論與方法-免費(fèi)閱讀
【正文】 該基因網(wǎng)具有以下基本功能：n (a) 描述執(zhí)行特定生物功能時(shí)所涉及到的整體基因交互作用n (b) 描述基因的蛋白質(zhì)編碼n (c) 描述基因?qū)ν饨绱碳さ膫鞲型緩絥 (d) 通過(guò)一組反饋?zhàn)詣?dòng)地穩(wěn)定網(wǎng)絡(luò)參數(shù)或者使網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)換到新的功能狀態(tài)n (e) 利用外部信號(hào)、激素和代謝產(chǎn)物作為生理學(xué)參數(shù)激發(fā)基因網(wǎng)糾正其作用n 該基因網(wǎng)描述了 四類實(shí)體 ：n (a) 細(xì)胞 (組織，器官 )n (b) 蛋白質(zhì)n (c) 基因n (d) 物質(zhì)n 該基因網(wǎng)還描述了實(shí)體間 兩種關(guān)系 ：n (a) 反應(yīng)（ reaction） , 即通過(guò)交互作用產(chǎn)生新的實(shí)體或過(guò)程n (b) 調(diào)控（ regulatory） 事件 , 特定反應(yīng)對(duì)實(shí)體的作用。 n 基因表達(dá)數(shù)據(jù)之中隱含基因之間的相互作用關(guān)系，因而可以通過(guò)分析基因表達(dá)數(shù)據(jù)，構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)應(yīng)用n Better understand the physiology of the anismn Predict the effect of a drug– Predict the weaknesses or side effects of a drugn Predict good or bad drug binationsnUnderstand disease processesnGene function assignmentnMake a “perfect” simulation of cellularn function to use as an experimental modeln Many tools “feed” into this understanding including microarrays pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)介紹Pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)n GOn KEGGn GENMAPPn BIACARTAn GeneNetn 細(xì)胞因子網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)n 自由基信號(hào)數(shù)據(jù)庫(kù)關(guān)于 GOn GO(gene ontology)是基因本體論聯(lián)合會(huì) (Gene Ontology Consortium)所建立的數(shù)據(jù)庫(kù)，旨在建立一個(gè)適用于各種物種的，對(duì)基因和蛋白功能進(jìn)行限定和描述的，并隨著研究的不斷深入而更新的語(yǔ)言詞匯標(biāo)準(zhǔn)。距離越小，表達(dá)模式越相近，反之，則表達(dá)模式差異大?；蛐酒治龅膬?yōu)點(diǎn)n快速n高通量 (104 106)n自動(dòng)化n使用的試劑少n低成本基因芯片分析的應(yīng)用范圍n Academic research of geic diseasesnCancernPrenatal geics（ 產(chǎn)前遺傳學(xué)研究）nGeneral geic diseasesn Infectious diseasesn Drug discoveryn Animal farming/veterinary n Industrial (fermentation)n Environmental發(fā)展的方向 :從多角度研究揭示生命現(xiàn)象n Stages: developmental,transformation, time fter treatment, etc.n Treatments (stimuli, drugs, nutrients, etc.) n Physiological states (stressed, fasting, etc.)n Tissue distributionn (position, 3D)基因芯片的發(fā)展是推動(dòng)系統(tǒng)生物學(xué)發(fā)展的動(dòng)力利用基因芯片研究生命現(xiàn)象的測(cè)略n Factors involved = Componentsn Order of events = Pathwaysn Interactions = Circuit KEGGGO基因芯片的分類 根據(jù)用途分類根據(jù)用途分類 gene expression patternBiologicalSample Functional Information基
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