基因芯片分析的理論與方法(完整版)
【正文】 tool that creates a global geneexpression profile across all areas of biology by integrating the annotations of the Gene Ontology (GO) Project with the free software package n GenMAPP 可以整合 GO定義，產(chǎn)生整體的基因表達(dá)譜 . 輸出可以搜索的瀏覽器 ,幫助用戶快速識(shí)別代表性的差異表達(dá)基因在 GO的定義。關(guān)于 GenMappn Gemapp ( n GenMAPP 是一個(gè)以學(xué)術(shù)研究為基礎(chǔ)的科學(xué)團(tuán)體，提供 100個(gè)以上的通路圖 . Silicon Geics公司已經(jīng)和 GenMAPP組織達(dá)成了協(xié)議 ，把這些通路整合到了 GeneSpring的通路庫(kù) . 利用 GeneSpring分析的基因芯片數(shù)據(jù)可以用 GenMAPP的通路可視化，使研究者研究某些基因在通路中的作用 .關(guān)于 BioCartan BioCarta:“Carta”中文 意思 是 ”地圖 ”， BioCarta” 即 用圖形來(lái)描述生物相關(guān)知識(shí) ，形成生物 學(xué)家 所熟悉 的 生化調(diào)控通路 (biochemical pathways)。多個(gè)基因的表達(dá)不斷變化，使得細(xì)胞的生化狀態(tài)不斷地變化。 n 通常情況下，相似往往被賦于一個(gè)較大的量化的值，而不相似則由一個(gè)較小的量化的值來(lái)表示。基因芯片分析的理論與方法ericexist163. :7049971基因芯片概論基因芯片分析的概念n 基因芯片 (Gene chip)技術(shù)是指通過(guò) 微陣列 (Microarray)技術(shù)將高密度 DNA片段陣列通過(guò)高速機(jī)器人或原位合成方式以一定的順序或排列方式使其附著在如玻璃片等固相表面，以熒光標(biāo)記的 DNA探針，借助堿基互補(bǔ)雜交原理，進(jìn)行大量的基因表達(dá)及監(jiān)測(cè)等方面研究的技術(shù)。n 在實(shí)際計(jì)算中，往往 以距離代替相似 的概念，相似性度量被轉(zhuǎn)化為兩個(gè)基因表達(dá)模式之間的距離。n 一個(gè)基因的表達(dá)受其它基因的影響，而這個(gè)基因又會(huì)影響其它基因的表達(dá)，這種相互影響、相互制約關(guān)系構(gòu)成了復(fù)雜的基因表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。n BioCarta 公司為客戶免費(fèi)提供通路繪制軟件 ,讓他們根據(jù)自己的研究領(lǐng)域發(fā)表通路 ,建成數(shù)據(jù)庫(kù) ,通路中的蛋白都是按照 HUGO的 標(biāo)準(zhǔn)建立的 .n BioCarta已收集各物 種 共大約 120,000基因及 136個(gè) 調(diào)控通路 ， 數(shù)據(jù)庫(kù)載不斷增加 ， 其 信號(hào)傳導(dǎo)通路 (signal transduction pathways)是 當(dāng)前最全的 .GeneNetn 真核生物生理過(guò)程的調(diào)控網(wǎng)絡(luò) (GeneNet)n GeneNet展示了協(xié)調(diào)方式下基因的整體功能，良好的調(diào)控功能和對(duì)外界刺激的反應(yīng)。 功能富集分析功能富集分析定義n 功能富集分析 (Functional Enrichment Analysis)又稱功能聚 類(lèi) 分析，借助于各種生物學(xué)信息數(shù)據(jù) 庫(kù) （ 如GO , KEGG, GENMAPP, BIACARTA, TRANSFAC, OMIM） 和分析工具（如 MAPPFinder, ArrayXPath） 進(jìn) 行 統(tǒng)計(jì) 分析，挖掘同差異表達(dá)或共表達(dá) 這組 感 興 趣基因具有 顯 著差異的功能 類(lèi)別 。 GO是多種生物學(xué)本體論語(yǔ)言中的一種，提供了三層結(jié)構(gòu)的系統(tǒng)定義方式，用于描述基因產(chǎn)物的功能。兩個(gè)表達(dá)模式之間的關(guān)系(a) 相似(b) 變化趨勢(shì)一致(c) 兩個(gè)基因的調(diào)控結(jié)果不一樣或甚至相反聚類(lèi)分析的目的n 可誘導(dǎo)基因是共表達(dá)的 n 許多構(gòu)成性表達(dá)的基因不受調(diào)節(jié)n 根據(jù)表達(dá)相似形排列基因n 功能相似的基因被聚為不同的類(lèi)n 可以揭示細(xì)胞的生理狀態(tài)n 可以幫助研究未知基因的功能聚類(lèi)結(jié)果顯示 : Cluster, Cluster viewer二 . 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析 基 本 理 論定義
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