【正文】 2． 宿主高風(fēng)險基因多態(tài)性對胃癌發(fā)生的影響及其作用機(jī)制 宿主 的基因易感性是另一項決定幽門螺桿菌感染后轉(zhuǎn)歸的重要因素。而上海血液學(xué)研究所開展的天然產(chǎn)物冬凌草甲素和毛萼乙素對 AMLM2b 亞型細(xì)胞模型和動物模型的藥效學(xué)研究顯示了良好的臨床應(yīng)用前景，因此利用 系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論和技術(shù)研究 AMLM2b 型白血病，闡明該型白血病細(xì)胞生物信息分子構(gòu)成以及相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，將有利于闡明這兩種藥物或衍生物對 AMLM2b型致病融合基因 AML1ETO 及其相關(guān)作用網(wǎng)絡(luò)的作用機(jī)制，為開發(fā) AMLM2b 型白血病新型治療藥物奠定基礎(chǔ)；慢性粒細(xì)胞白血病（ CML）具有明顯的慢性期、加速期和急變期，其急變期往往伴有附加的遺傳學(xué)異常，因此研究該種白血病有利于闡明不同階段白血病細(xì)胞生物信息作用網(wǎng)絡(luò)的演進(jìn)過程，也為其他實體腫瘤研究提供借鑒。 7. 評價針對 RANKL TNF樣區(qū)抗原表位的人源化單克隆抗體對 CIA的保護(hù)性效果。 3. 完成糖表位特異性抗體和抗 T 細(xì)胞抗體治療 RA 的實驗動物研究，觀察其治療或者預(yù)防作用。 4. 通過抗 T 細(xì)胞抗體治療 RA 的實驗研究發(fā)現(xiàn)治療 RA 的可行性。 10. 分析 Wnt/DKK 調(diào)控 βcatenin、 RANKL、 OPG 等介導(dǎo)的成骨細(xì)胞存活、抗凋亡細(xì)胞以及抑制破骨細(xì)胞生成能力。 12． 確定經(jīng)前述篩選獲得的變構(gòu)肽對 CIA 的實際治療效果。 16． 優(yōu)化 HDAC同功酶的結(jié)構(gòu)，預(yù)測 HDAC與先導(dǎo) HDACi分子的結(jié)合模式；合成第二批 HDACi分子。 16． 獲得能夠穩(wěn)定表達(dá)抗 Cyr61 人源化抗體的克隆。 19． 抗 Cyr61 人源化單克隆抗體制備。分析不同 T 表位功能表達(dá)的構(gòu)象條件，明確 T 細(xì)胞表位特異性應(yīng)答與疾病相關(guān)性。 20． 抗 Cyr61 人源化單克隆抗體制備。 5． 分析不同抗原 T 表位排列方式對抗原性的影響。 2．前期組學(xué)篩選基礎(chǔ)上，候選 RA 易感 CNP 及其致病機(jī)制研究 3． RA 相關(guān)基因表達(dá)差異的研究 4． RA 特征 miRNA 分布及早期診斷靶標(biāo)研究 5. 血清生物標(biāo)志分子及 RA 相關(guān)多肽做為早期診斷靶標(biāo)的實驗研究 1）雙向電泳 血清蛋白質(zhì)譜鑒定 18 2）血清蛋白指紋圖譜的鑒定及早期診斷靶標(biāo)的實驗研究 3）新型自身抗體篩查研究 經(jīng)費(fèi)比例： 15% 承擔(dān)單位： 山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院、北京大學(xué) 課題負(fù)責(zé)人： 常曉天 學(xué)術(shù)骨干： 崔亞洲、潘繼紅、李茹、安媛、劉栩、趙燕 課題 RA 干預(yù)新策略的研究 預(yù)期目標(biāo)： 探討針對 RA 發(fā)病不同環(huán)節(jié)的免疫干預(yù)新方法在膠原性關(guān)節(jié)炎的作用，為RA 免疫干預(yù)新策略研究提供實驗依據(jù)。 3. RA 滑膜炎癥介導(dǎo)骨破壞的新機(jī)制 經(jīng)費(fèi)比例： 15% 承擔(dān)單位： 北京大學(xué)、上海交通大學(xué) 課題負(fù)責(zé)人： 張卓莉 學(xué)術(shù)骨干： 李寧麗、張學(xué)武、陳適、周煒、王世瑤、王利、 沈佰華、賈園、任立敏 課題 RA 細(xì)胞免疫負(fù)調(diào)控機(jī)理研究 預(yù)期目標(biāo)： 探討 Treg、間充質(zhì)干細(xì)胞和小分子參與 RA 免疫負(fù)調(diào)控的機(jī)制，為 RA 患者免疫干預(yù)治療提供新的靶向。 研究內(nèi)容： 在 RA的自身免疫應(yīng)答機(jī)制中，抗原特異性 T細(xì)胞 活化居于中心環(huán)節(jié)，本課題將從 RA患者抗原特異性 T細(xì)胞特性 、 抗原表位誘導(dǎo)的 T細(xì)胞活化 、 新發(fā)現(xiàn)的 T細(xì)胞表面分子免疫應(yīng)答調(diào)控機(jī)制 以及 T細(xì)胞參與的調(diào)控機(jī)制 4個方面對 RA自身免疫應(yīng)答機(jī)制進(jìn)行系統(tǒng)闡述。 課題設(shè)置 課題 RA 相關(guān)新型自身抗原鑒定及 修飾特點(diǎn)研究 預(yù)期目標(biāo)： 1. 篩選和鑒定 出 多 個 RA 發(fā)病相關(guān)的新抗原。 2）具備課題實施需要的所有大型儀器。 14. 人才培養(yǎng)：計劃培養(yǎng) 學(xué)術(shù)水平高、創(chuàng)新能力強(qiáng)的 中青年學(xué)術(shù)骨干 612 名，博士后、博士和碩士研 究生 2040 名，為 RA 標(biāo)志性分子和發(fā)病機(jī)制的基礎(chǔ)和臨床研究形成 一支具有國際影響力的高水平研究隊伍。在前期研究基礎(chǔ)上，本項目利用獨(dú)有的一系列轉(zhuǎn)基因動物模型，從 RA 自身免疫反應(yīng)的啟動、調(diào)控、炎癥反應(yīng)及骨破壞等四個關(guān)鍵環(huán)節(jié)設(shè)計免疫干預(yù)策略，并進(jìn)行體內(nèi)實驗，以傳統(tǒng)緩解病變抗風(fēng)濕藥（ DMARDs）為對照，對不同環(huán)節(jié)的免疫治療方法的療效及機(jī)制進(jìn)行系統(tǒng)研究，為 RA 臨床治療靶向研究提供新的思路。 主要研究內(nèi)容包括： 1. RA 相關(guān)新型自身抗原鑒定及修飾特點(diǎn)研究 ： 在前期組學(xué)基礎(chǔ)上，對本團(tuán)隊已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的新 RA 自身抗原進(jìn)行表位功能、 HLADRB1 結(jié)合特性、 T 細(xì)胞活化、關(guān)節(jié)炎誘導(dǎo)能力等實驗研究，并對這些新抗原的翻譯后修飾特征以及修飾后抗原功能的改變進(jìn)行系統(tǒng)分析，從 分子、細(xì)胞、動物、 RA 患者外周血等不同層面闡述上述新抗原在 RA 中的致病作用，使 RA 發(fā)病機(jī)制研究在分子水平上取得突破性進(jìn)展。 3. 系統(tǒng)分析 RA 特異性 修飾 抗原特征及致病機(jī)制，為其臨床應(yīng)用提供理論依據(jù)。 自身反應(yīng)性 T 細(xì)胞的功能及免疫調(diào)控 是連接自身抗原始動和炎癥效應(yīng)階段的橋梁，是 RA 病理免疫反應(yīng)的核心，深入探討其作用機(jī)制，是 RA 發(fā)病機(jī)制研究必不可少的組成部分。 4. 創(chuàng)新的研究方法和原創(chuàng)性結(jié)果： 本團(tuán)隊成員在糖組學(xué)、抗原表位組學(xué)等前沿學(xué)科均有原創(chuàng)性研究，在抗原糖基化修飾方面建立了新的糖蛋白合成方法，在抗原表位功能研究方面創(chuàng)立了一系列新的表位預(yù)測和實驗檢測方法，這些先進(jìn)方法與豐富的臨床資源相結(jié)合，保證了本項目應(yīng)用基礎(chǔ)研究的創(chuàng)新性研究成果。 2） 抗原肽與 RA 易感 HLADRB1 分子的結(jié)合能力研究。 2. 固有免疫相關(guān) T 細(xì)胞亞群參與 RA 發(fā)病的分子機(jī)制研究 1) γδT 細(xì)胞二個主要亞群（ Vγ1/Vγ4）產(chǎn)生 IFNγ 和 IL4 的分子機(jī)制研究。 2） MSCs 對 CIA 小鼠的抑制作用研究。 2. 新型免疫調(diào)節(jié)分子對 RA 自身免疫調(diào)控及治療作用研究 1）娃 兒藤堿類似物的免疫調(diào)節(jié)機(jī)制及對 CIA 鼠關(guān)節(jié)炎的抑制作用研究。 10． 分析 FLS 中 Wnt/DKK 不同分子對于 FLS 增殖活化的影響。 5． 闡明 MSCs 對 RA 患者 T 細(xì)胞 功能的影響。 8． 分析 FLS 中 Wnt/DKK 不同分子對于 FLS 增殖活化的信號調(diào)控途徑。 5． 分析出不同亞群 Treg 對關(guān)節(jié)炎的預(yù)防作用。 5． 鑒定具有葡聚糖基化修飾的 RAT細(xì)胞膜翻轉(zhuǎn)異位抗原。 RANKL TNF 樣區(qū)表位的篩選。 16． 篩選出 RANKL TNF 樣區(qū)相關(guān)的抗原表位。 14. RA 相關(guān)基因表達(dá)差異的研究； RA 特征 miRNA 及分布的研究。 9. 明確 RA 患者 Treg 與疾病活動度關(guān)系。 8. 對血清生物標(biāo)志分子及 RA 相關(guān)多肽做為早期診斷靶標(biāo)的可行性進(jìn)行研究。除完善和發(fā)展基因組、表觀基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組和代謝組學(xué)等高通量“組學(xué)”相關(guān)技術(shù)平臺外，還要研究和開發(fā)基于單細(xì)胞分離基礎(chǔ)上的全新研究策略以及蛋白組學(xué)芯片等新技術(shù)、新方法；發(fā)展計算機(jī)整合、模擬和疾病數(shù)學(xué)模型構(gòu)建方法；探討物理學(xué)理論、 進(jìn)化論等應(yīng)用于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究的可行性，為系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論創(chuàng)新奠定基礎(chǔ)。 2）技術(shù)路線： 1. 建立和完善系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究技 術(shù)平臺體系： 除了基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、表觀遺傳組和代謝組等系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)平臺技術(shù)以外，重點(diǎn)發(fā)展基于單細(xì)胞的納米分析技術(shù)方法和研究體系，結(jié)合物理學(xué)理論和進(jìn)化論等，開發(fā)新型生物信息相互作用網(wǎng)絡(luò)和演化的模擬技術(shù)； 2. 建立和完善白血病細(xì)胞模型、動物模型、藥物篩選技術(shù)體系以及臨床評價體系： 建立和完善 APL、 AMLM2b 和 CML 相應(yīng)的細(xì)胞模型和動物模型以及相應(yīng)的分子生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)和整體評介體系；相關(guān)疾病患者樣本獲取、分離、純化等；建立和完善以復(fù)合細(xì)胞模型體系、為對象以生物反應(yīng)為指標(biāo)的藥靶篩選驗證技術(shù)；建立和完善臨床 治療方案的評價體系等； 3. 白血病細(xì)胞生物信息組分解析、相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和動態(tài)演變分析并構(gòu)建數(shù)學(xué)模型： 利用系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究技術(shù)平臺體系對 APL、 AMLM2b和 CML相應(yīng)的細(xì)胞模型和動物模型以及患者樣本進(jìn)行多層次分析，解析其基因組變異以及轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、表觀遺傳組和代謝組等特征；綜合所有“組學(xué)”數(shù)據(jù)進(jìn)行系統(tǒng)生物學(xué)分析，構(gòu)建相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，分析關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)分子，分析疾病發(fā)生、發(fā)展和轉(zhuǎn)歸的動態(tài)演進(jìn)過程，并構(gòu)建計算機(jī)模擬體系和數(shù)學(xué)模型等； 4. 藥物靶標(biāo)分析和鑒定以及有效藥物作用模式分析： 以 APL細(xì)胞模型、動物模型和患者樣本為對象，利用有效藥物如全反式維甲酸和三氧化二砷聯(lián)合方案研究這兩種藥物對 APL細(xì)胞分子作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的藥理作用模式，闡明全反式維甲酸和三氧化二砷作為已知靶向治療藥物的作用機(jī)制及其毒副作用所涉及的分子及網(wǎng)絡(luò)調(diào)控等；重點(diǎn)以 AML－ M2b細(xì)胞35 模型、動物模型和患者樣本為對象，分析天然產(chǎn)物冬凌草甲素和毛萼乙素以及其衍生物對AMLM2b細(xì)胞分子作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的藥理作用模式；以 CML（包括急性變）細(xì)胞模型、動物模型和患者樣本為對象，基于以上構(gòu)建的生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)設(shè)計新型治療方案，并以 CML（包 括急性變）或 AML－ M2b細(xì)胞模型、動物模型和患者樣本為對象，試驗新型治療方案的可行性；基于生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型，利用干擾手段包括有效藥物、反義核酸 /RNAi等，分析關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)分子作為白血病治療藥物作用靶標(biāo)的可行性； 5. 基于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)原理的新型治療方案設(shè)計和臨床應(yīng)用： 通過對生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析基礎(chǔ)上的新型治療方案設(shè)計如有效藥物的聯(lián)合治療方案，通過充分動物試驗后，對少量合適患者進(jìn)行應(yīng)用，獲得原理上的證據(jù)（ Proof of concept），為更大規(guī)模推廣奠定基礎(chǔ)。MG 1A COX EGR1/CYR61 是 本項目組以往發(fā)現(xiàn)的重要胃癌早診標(biāo)志物，但僅依靠單分子的預(yù)告模型無法達(dá)到臨床應(yīng)用的目的，利用基因組高通量手段可發(fā)現(xiàn)并鑒定更多的診斷標(biāo)志物，有助于提出更多、更好的用于分子診斷的策略。 第四 年 1． 進(jìn)一步完善全基因?qū)用娴幕蚪M結(jié)構(gòu)異常檢測和分析技術(shù)，并進(jìn)行 23 例腫瘤或白血病樣本檢測；其他新型組學(xué)技術(shù)用于白血病研究獲得更多數(shù)據(jù)； 2． 并在較大樣本（ 50100）腫瘤或白血病樣本評價基因組結(jié)構(gòu)異常的頻率，對較高頻率突變基因和結(jié)構(gòu)異常相關(guān)基因進(jìn)行臨床關(guān)聯(lián)分析，進(jìn)一步評估突變基因和結(jié)構(gòu)異常相關(guān)基因在疾病發(fā)生發(fā)展中作為診斷指標(biāo)以及作為靶向治療指標(biāo)的意義；對較高頻率突變基因和結(jié)構(gòu)異常相關(guān)基因進(jìn)行深入功能研究，揭示其作為藥物靶標(biāo)的可能性； 3． 完善生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，包括 新理論用于網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)分析，建立數(shù)學(xué)模型；尋找和鑒定一批（ 4050）關(guān)鍵網(wǎng)絡(luò)節(jié)點(diǎn)分子，有選擇對一些重要功能基因、節(jié)點(diǎn)分子進(jìn)行深入研究，探討其作為藥物靶標(biāo)的可能性；提供一批潛在候選藥物靶標(biāo)； 4． 新型藥物或治療方案用于少量病人進(jìn)行實驗研究，觀察治療效果；評價新型診斷指標(biāo)指導(dǎo)臨床方案的可行性； 5． 在國內(nèi)外一流學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文 710 篇，申請專利 35 項。 5. 在國內(nèi)外一流學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文 3050 篇，出版專著 1－ 2 部，申請專利10－ 20 項。 （二）預(yù)期目標(biāo) 1. 通過體內(nèi)和體外實驗篩選理想的負(fù)調(diào)疫苗分子。 16. 力爭制備出針對 RANKL TNF 樣區(qū)的人源化單克隆抗體。 20. 人源化 RANKL TNF 樣區(qū)單克隆抗體的制備 。 5. 利用已有的 RA 實 驗動物模型，過繼轉(zhuǎn)移針對活化態(tài) T 細(xì)胞的抗體，觀察其治療或者預(yù)防作用。 6． 明確 Th17 及其相關(guān)調(diào)控因子如 Cyr61 和 Wnt/DKK 對于 RA 滑膜炎癥和引起 骨質(zhì)破壞的現(xiàn)象。 11． 檢測 MSCs 治療 CIA 模型 IL10/Foxp3 Tg 小鼠血清細(xì)胞因子水平，并分離小鼠脾細(xì)胞，分析各 T 細(xì)胞亞群的數(shù)量、細(xì)胞表型及體外活化功能。 11． 總結(jié)首批測試結(jié)果，建立初步的 RA 和 HDAC 相關(guān)性假說，并將該假說反饋回 HDACi 分 子的設(shè)計和合成。 14． 對篩選出的變構(gòu)肽進(jìn)行豆蔻酸化修飾、鑒定。 11． 研究 OPGHSP 重組蛋白、 RANKL TNF 樣區(qū)多肽疫苗、 IL17RC 可溶性多肽 。 15． 測定篩選出的變構(gòu)肽對 RA 自身反應(yīng)性 T 細(xì)胞活化的影響。 19 3）抗 Cyr61 人源化單克隆抗體的制備及對 RA 骨破壞的抑制作用研究。除了易感基因可做為診斷靶標(biāo)外，本研究團(tuán)隊前期工作發(fā)現(xiàn)的一系列血清蛋白或抗原，甚至 miRNA 等均可做為新型診斷靶標(biāo)用于 RA 臨床。本課題將從分子、細(xì)胞及一系列基因敲除動物模型水平，利用抗體阻斷、 RNA 干擾和基因轉(zhuǎn)染等不同方法，系統(tǒng)闡述 Th17 等免疫細(xì)胞調(diào)控滑膜炎癥和骨破壞的分子通路。 4）新型 RA 中 HLADR4/1 特異性 修飾 抗原的篩選及其抗原表位的鑒定。 本項目的六個課題均是圍繞 RA 發(fā)病機(jī)制中免疫異常、炎癥和組織破壞以及13 干預(yù)策略的關(guān)鍵問題進(jìn)行設(shè)置，各課題既有明確的研究方向，又有課題間的密切聯(lián)系。 2. 學(xué)術(shù)隊伍： 1）高水平的學(xué)術(shù)帶頭 人保證了項目研究方向的準(zhǔn)確性和研究方案的可行性。 9. 闡明 RA 炎癥啟動、進(jìn)展和骨破壞過程中免疫細(xì)胞與滑膜細(xì)胞