基因芯片分析的理論與方法(更新版)
【正文】 n 一個基因網(wǎng)絡(luò) (pathway)由 一組生物分子（如基因、蛋白質(zhì)）以及它們之間的相互作用構(gòu)成 ，這些生物分子共同完成一些特定的細(xì)胞功能任務(wù)n 在實際分析過程中，往往以 圖 這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)表示基因網(wǎng)絡(luò)，圖中的 節(jié)點代表基因或者蛋白質(zhì)，而節(jié)點之間的連線代表基因、蛋白質(zhì)之間的相互作用 。n 噴墨點樣技術(shù)：以高度定位的形式把合成好的寡核苷酸分子噴點倒玻璃表面。n 從機(jī)器學(xué)習(xí)的角度來看，有兩種基本的聚類分析：n 有教師聚類n 無教師聚類n 基因表達(dá)數(shù)據(jù)聚類分析一般包括以下幾個步驟：n （１）確定基因表達(dá)的數(shù)據(jù)n （２）計算相似性矩陣，各個矩陣元素代表兩個基因的表達(dá)是否相似n （３）選擇算法進(jìn)行聚類分析n （４）顯示分析結(jié)果。n 一個基因的轉(zhuǎn)錄和表達(dá)由細(xì)胞的生化狀態(tài)所決定，在一個基因的轉(zhuǎn)錄過程中，一組轉(zhuǎn)錄因子作用于該基因的啟動子區(qū)域，控制該基因轉(zhuǎn)錄，而這些轉(zhuǎn)錄因子本身又是其它基因的產(chǎn)物。關(guān)于 KEGGn KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) （ 京都大學(xué)基因和基因組百科全書數(shù)據(jù)庫）n KEGG 是系統(tǒng)分析基因功能的數(shù)據(jù)庫，將基因組的信息與基因功能聯(lián)系起來，旨在揭示生命現(xiàn)象的遺傳與化學(xué)藍(lán)圖數(shù)據(jù)庫KEGG PATHWAY DatabaseKEGG GENES DatabaseKEGG LIGAND Database用途搜尋 pathway, 產(chǎn)生可能的反應(yīng)路徑搜尋類似的基因序列搜尋類似的基因組序列搜尋類似的復(fù)合物結(jié)構(gòu) ,類似的多糖結(jié)構(gòu)及類似的反應(yīng)類別通路信息基因組信息化學(xué)信息n KEGG中的通路分為五大類：1． 新陳代謝通路2． 遺傳信息處理通路3． 環(huán)境信息處理通路4． 細(xì)胞內(nèi)通路5． 人類病癥相關(guān)通路n PATHWAY提供所選定通路的參考資料、涉及的反應(yīng)和在其他生物中的通路情況。s exact test and the false discovery rate (FDR) to evaluate the statistical significance of the association between a cluster and a pathway while correcting the multipleparison problem n Pathway影響顯著性的統(tǒng)計學(xué)評估基于文獻(xiàn)的功能富集分析n Due to easy access and availability, the most widely used sources of scientific information are abstracts of scientific publications, accessed primarily through MEDLINE.n Abstracts contain a concise description of the information within the paper and provide the best bination of availability, information density and brevity.n Many approaches have been proposed for information extraction (IE) from scientific publications, ranging from simple statistical methods to advanced natural language processing (NLP) systems.基于文獻(xiàn)的功能富集分析的工具n PubGENn CoPub Mapper n extraction system— MedScan,n PathwayAssistn Pathway studion 商業(yè)化QUESTION
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