quantityone-說明(存儲(chǔ)版)
【正文】 ity One認(rèn)為一個(gè)理想狀態(tài)的Band內(nèi)部的光密度分布應(yīng)該也服從高斯曲線的特征，正如前面向大家展示的3D Viewer中的圖片那樣。去除背景的時(shí)候最好選擇Rolling Disk Size小一些的方案。方法是將變成藍(lán)色驚嘆號(hào)的鼠標(biāo)移到剛才已經(jīng)識(shí)別的Band的部位，一個(gè)詳細(xì)的“Band Information”信息框就會(huì)立刻彈出來（見下圖）。這是因?yàn)樗徊糠趾袜徑腂and相互融合在一起了。當(dāng)然如果我們能夠在一次電泳中多跑幾條不同分子量成分的marker，必然能夠提高我們預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。 如果您有多條Marker泳道，您可以再多表記幾條以提高軟件預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。重要的信息包括： 1.“Units”：指作為marker的物質(zhì)的量的單位，例如ng，ug，mg等等。后面的“Dilution factor”項(xiàng)可暫時(shí)不管；其他兩項(xiàng)“Lane”和“Match”主要用來一次性填入一條泳道上所有的Bands的標(biāo)記，填寫方法類似“Band”。他的好處和壞處最前面已經(jīng)有過闡述，請(qǐng)大家斟酌使用。執(zhí)行“VolumnVolumn Analysis Report”，在彈出的“Volumn Report Options”選項(xiàng)卡中選擇你感興趣的項(xiàng)目，然后按“Done”按鈕，在隨后的報(bào)告單中就會(huì)顯示出關(guān)于你圈定的Band的相關(guān)信息了。這樣一來您就可以直接在“VolumnVolumn Analysis Report”得到真實(shí)的定量值了。Quantity One有一個(gè)很明顯的缺點(diǎn)就是“Edit”工具中居然沒有“Undo”的選項(xiàng)！如果我們對(duì)圈定的等高線不滿意而又不能使用“Undo”怎么辦？可以用鼠標(biāo)指向我們想刪除的Band，然后用“Del”鍵刪除。大家可以在以后的學(xué)習(xí)中自己實(shí)踐。您可以多點(diǎn)選幾個(gè)作為Marker的Bands（至少3個(gè)，多多益善），然后回到“Quantity Standards”框。只不過這里我們用已知Band的物質(zhì)的量做為Marker，就像用5ul的DL2000跑電泳，每條Band含50ng的雙鏈DNA。例如上圖中200KD就移動(dòng)到第15泳道的200KD的位置，以此類推，將每個(gè)Marker都標(biāo)記上相應(yīng)的數(shù)字。 分子量預(yù)測(cè)：首先大家必須知道的是分子量的預(yù)測(cè)是建立在泳道和條帶都已經(jīng)創(chuàng)建好的基礎(chǔ)上。 下面讓我們回過頭來看看高斯建模之后電泳圖片的分析結(jié)果到底發(fā)生了什么變化。請(qǐng)鉤選“One”，然后再輸入需要建模的泳道代碼就可以了（比如下圖中的第2泳道）；如果選擇了“All”則對(duì)所有泳道進(jìn)行高斯建模，當(dāng)然建模這么多泳道會(huì)費(fèi)一點(diǎn)時(shí)間了。 提示: 高斯建模必須建立在有效的泳道背景去除之后。接下來我們要對(duì)Bands進(jìn)行一些處理，然后就可以進(jìn)行最終的結(jié)果分析了。 在上面的對(duì)話框中，我們可以指定識(shí)別的參數(shù)。在下文中一律使用這兩個(gè)英文名詞來表示這兩個(gè)意思。然后選擇“LaneCompare Lanes”命令，鼠標(biāo)變成“藍(lán)色感嘆號(hào)”之后將鼠標(biāo)移動(dòng)到您希望進(jìn)行對(duì)比的泳道上（比如下圖的第3泳道），左鍵點(diǎn)擊，Quantity One就會(huì)立刻探出一張黑色背景的“Compare Lanes”對(duì)話框。 OK！我們?cè)僭凇癓ane Backgroud Substruction”對(duì)話框的最下方鉤選“Show Lane Trace with Backgroud Substructed”，再來看看是不是泳道上所有的背景都被消除了？各個(gè)電泳條帶是不是完全結(jié)合到縱軸上在同一水平進(jìn)行比較了？ 我們對(duì)于其他泳道也可以依葫蘆畫瓢進(jìn)行類似的背景排除工作。這條曲線將泳道的背景與電泳條帶的光密度分布十分精確的劃分開來。大家會(huì)注意到這個(gè)分布曲線并不是緊貼著縱軸，而是位于縱軸上方分布。 排除背景：首先請(qǐng)大家注意，這個(gè)排除背景和前面我們?cè)凇癐mage”菜單中使用的“Substruct Backgroud”有所不同。調(diào)節(jié)方法就是通過鼠標(biāo)的拖放來實(shí)現(xiàn)，大家可以自己體驗(yàn)一下； 如果您只需要分析其中幾個(gè)泳道的數(shù)據(jù)而不想其他泳道的標(biāo)記干擾您的視線，您可以通過“LaneSingle LaneRemove Lane”刪除您不需要的泳道的標(biāo)記。Quantity One根據(jù)這個(gè)Stripe可以動(dòng)態(tài)的對(duì)整張圖片的背景進(jìn)行剪影。然而在清理方式上它還是可以分成兩種不同的方式： Backgroud Box：一種是以一個(gè)局部小面積為標(biāo)準(zhǔn)背景，將整張電泳圖片上所有比該區(qū)域光密度值低的區(qū)域全部漂白。這個(gè)方法同樣也適用于泳道/條帶定量模式。選擇方法是點(diǎn)擊相應(yīng)的下級(jí)菜單比如“Plot Cross Section”，然后將變成帶一個(gè)藍(lán)色感嘆號(hào)的鼠標(biāo)移到您想知道光密度的位置，點(diǎn)擊一下就會(huì)顯示該處的光密度相關(guān)信息。而我們正常情況下得到的一般都是黑色背景+白色條帶的電泳圖。 打開文件：由于Quantity One是BioRad的硬件配套軟件，因此Quantity One可以自動(dòng)輸入來自BioRad公司的凝膠分析儀的數(shù)據(jù)。這個(gè)背景排除功能是等高線法無法做到的（等高線法也有基本的背景排除辦法，但是和泳道/條帶軌跡定量法的背景排除不是一個(gè)等級(jí)的。這三種方法中使用最為方便也是最為廣泛的應(yīng)該是等高線定量法（Volumn Contour）。大家可能會(huì)問他能不能排除泳道背景？答案是肯定的，它能夠最大程度的排除不同泳道之間的背景差異，讓各個(gè)泳道上的不同電泳條帶在一條幾乎相同的起跑線上進(jìn)行對(duì)比。另外Quantity One還可以通過回歸曲線測(cè)定分子量下面讓我們了解一下Quantity One常用的基本菜單操作。 提示: Quantity
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