quantityone-說明(完整版)
【正文】 立即對(duì)電泳圖片進(jìn)行降低背景的處理； Backgroud Stripe：相對(duì)于“Backgroud Box”來說是一種更加智能化的處理方式。 ImageFilter Wizard：這個(gè)功能是對(duì)原始圖片做一些初步的加工，主要是除去一些圖片上的“斑點(diǎn)”。 3D Viewer：在“View3D Viewer”菜單中大家會(huì)看到一個(gè)有趣的功能叫做3D Viewer。您可以在您的電泳圖片上記錄您的分析結(jié)果比如電泳條帶的分子量、光密度值、物質(zhì)的量等等。您只要將電泳圖片用ACDSee等程序轉(zhuǎn)換為TIF圖片格式就可以被Quantity One識(shí)別了。我們此次重點(diǎn)學(xué)習(xí)這個(gè)方法。三種方法中個(gè)人感覺最為科學(xué)和嚴(yán)謹(jǐn)?shù)膽?yīng)該是泳道/條帶軌跡定量法（Trace Tracking）。這種方法使用起來步驟較為繁瑣，必須通過泳道識(shí)別電泳條帶識(shí)別兩個(gè)連續(xù)的步驟才能進(jìn)行定量。第三個(gè)分析功能是菌落計(jì)數(shù)（Colony Counting）。注意Quantity One只支持8位和16位灰度的TIF文件。這個(gè)功能可以通過“EditText Overlay Tools”來實(shí)現(xiàn)。這個(gè)玩意按照BioRad的說法可以輔助辨別幾條緊密相連在一起的電泳條帶的分布情況。這些斑點(diǎn)主要有兩種類型：一種是深色的“胡椒面”型和淺色的“食鹽”型，兩種斑點(diǎn)都可以毫不猶豫地去除。它特別適用于梯度凝膠，即凝膠濃度由上至下依次變化?，F(xiàn)在我們就來學(xué)習(xí)一下如何在電泳圖片上創(chuàng)建泳道（Lane）以及如何進(jìn)行針對(duì)不同泳道的背景排除。方法和上面一樣，同過“LaneSingle LaneCreat Lane”來實(shí)現(xiàn)。 首先我們要將我們的電泳圖片進(jìn)行前面談到的泳道識(shí)別，不管是自動(dòng)方式還是手工識(shí)別。這個(gè)對(duì)話框的上方“All Lanes”表示可以對(duì)所有泳道進(jìn)行一次性處理；下方的“Selected Lane”表示僅針對(duì)此次選中的這個(gè)泳道進(jìn)行處理（我們選中的是第4泳道）。大家可以試著選擇一個(gè)較大的值比如80，再來看看此時(shí)醬色曲線的軌跡。不信你可以自己將鼠標(biāo)點(diǎn)擊其他泳道（比如第8道或第1道），你會(huì)發(fā)現(xiàn)所有泳道的背景均已去除。它不僅僅提供給我們關(guān)于泳道上光密度的分布情況，更重要的是在下一步我們對(duì)電泳條帶進(jìn)行定量的時(shí)候，我們將以每個(gè)波峰的曲線下面積作為定量的標(biāo)準(zhǔn)。這時(shí)Quantity One會(huì)自動(dòng)彈出一個(gè)“Detect Bands”的對(duì)話框（如下圖）。用鼠標(biāo)點(diǎn)擊“Lane Width”后面的向上箭頭就會(huì)發(fā)現(xiàn)紅色括號(hào)逐漸變寬，最后要求其范圍略為寬過其包繞的Band影跡； 如果您發(fā)現(xiàn)自動(dòng)識(shí)別功能沒有識(shí)別您想要的Band或者誤識(shí)別了您不想要的Band，您還可以使用上面的工具欄進(jìn)行調(diào)解。此時(shí)我們很難通過會(huì)自等高線的辦法精確的描繪出每條Band獨(dú)立的輪廓。另外高斯建模并不是一個(gè)必須的步驟。這個(gè)數(shù)據(jù)表示的就是Band光密度分布曲線下面積，也就是Quantity One用來表達(dá)Band內(nèi)分子總量的方式。還是在相同位置，這時(shí)代表第2泳道第6個(gè)Band的黃色光密度曲線是不是呈完整的高斯對(duì)稱了？而且后面的“Gauss Model Trace”也不再是“”，而變成了“ OD”，對(duì)比上面的“Trace”= OD，大家想想為什么要大一些呢？ 前面我們和大家學(xué)習(xí)了用Quantity One進(jìn)行電泳條帶定量的基本方法。在已經(jīng)創(chuàng)建好泳道和條帶的圖片上，執(zhí)行“MatchStandard”命令，在彈出的“Select Standards”選項(xiàng)卡中選擇一個(gè)合適的marker。 上面說明說過，在Band Information中除了“trace”和“gauss model trace”以外我們還有幾個(gè)項(xiàng)目沒有填入數(shù)據(jù)。點(diǎn)擊“Measure”按鈕后可以選擇“Trace Density”、“Contour Density”、“Peak Density”和“Average Density”。到此我們的軌跡法定量終于告于一個(gè)段落了。首先打開您的電泳照片，不用任何泳道或者條帶識(shí)別步驟，直接執(zhí)行“VolumnVolumn Contour Tool”，將變成綠色加號(hào)的鼠標(biāo)指向您感興趣的Bands，在Bands的外圍輕輕點(diǎn)擊一下，Quantity One會(huì)為您自動(dòng)描繪出這個(gè)band的等高線輪廓范圍。 提示: 在“Volumn Report Options”中大家注意一個(gè)參數(shù)“Backgroud Substruction Method”。圈定后雙擊該區(qū)域，在彈出的“Volumn Properties”選項(xiàng)中選擇該區(qū)域作為“Backgroud”），這時(shí)您最好選擇“Globe”方式；如果您沒有選擇一塊區(qū)域作背景則選擇“l(fā)ocal”方式做背景去除。這些工具都可以用來圈定Band的范圍。不過大家如果會(huì)用Quantity One提供的“Automation manager”就可以把前面的繁瑣程序一步搞定了。 3.“Select”：在“Select”后面有三個(gè)選項(xiàng)，Band、Match、Lane。剛才我們已經(jīng)學(xué)習(xí)了如何預(yù)測(cè)分子量，大家現(xiàn)在再用“BandBand Information”命令看看您感興趣的Band，是不是“”已經(jīng)被填上數(shù)字了？現(xiàn)在只剩下“Quantity/Unit”，讓我們開始學(xué)習(xí)如何測(cè)定具體的定量值（原來測(cè)定的僅僅是光密度值和Band之間的物質(zhì)的量的比，而沒有落實(shí)到具體的實(shí)際數(shù)字）。如下圖在“Standard”中輸入一個(gè)名稱，然后在下面的表格中輸入各個(gè)Marker的分子量和名稱。這個(gè)功能對(duì)于蛋白質(zhì)而言是分子量預(yù)測(cè)，對(duì)于核酸而言就是核酸大小的預(yù)測(cè)了。 提示
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