《差異表達基因分析》ppt課件-預覽頁
【正文】 信號的比值作為衡量基因在兩種狀態(tài)下基因的表達差異，在雙色熒光系統(tǒng)中，用 Cy5/Cy3的比值來衡量基因的表達差異，也稱表達差異值。這個篩選的標準就稱為差異表達基因的閾值。但如果是主觀縮小判斷域值，又有可能增大假陽性率。)/σ . |Z|= 在寡核苷酸芯片中，芯片上的基因在相應實驗條件下或相應組織中也只是有很小一部分基因有表達，可以假定強度滿足對數(shù)正態(tài)分布，同樣可以對其作 Z變換，使其具有統(tǒng)計意義。 一般性的方法 選擇一個統(tǒng)計量給基因排秩來證明表達有差異 為排秩統(tǒng)計量選擇一個判別值，在它之上的值將被認為是顯著的 前面一個部分更為重要，所以研究的較多，方法也更多，后面那部分的方法稍微簡單 重復芯片（ replicates） M值 根據(jù)比率平均值或 對基因排序。 T值排序 假如一個基因在幾張重復芯片的 M值都很小，但是這些 M值非常接近，所以 s值也非常小，這樣可能會導致 t值很大，從而會把這個本沒有差異表達的基因誤認為差異表達。統(tǒng)計學家都想用更符合統(tǒng)計學的手段得到差異基因，具體說來就是想用假設檢驗后賦予每個基因統(tǒng)計顯著性或者 P值，使得每個基因的判別更有統(tǒng)計學上的意義。Treeview軟件 Clusteramp。 去除奇異值。 對數(shù)轉化（ logtransformation） 中心化處理（ center） 單位圓化 正態(tài)化（均值為 0，方差為 1） 缺失數(shù)據(jù)處理 芯片上的某些點可能因為芯片的缺陷、點像素強度達到飽和、點像素強度非常小等因素而產(chǎn)生異常的數(shù)據(jù)點，在數(shù)據(jù)的預處理階段把這些數(shù)據(jù)點刪除。奇異值分解法， KNN法。 基因篩選（ gene selection） 在進行分析之前，要先選擇用來分析的基因。 差異表達次數(shù) 基因篩選 針對特別目的選取，比如選取不同類之間差異表達基因。 降維可以減少無用信息和冗余信息，將高維數(shù)據(jù)轉換為易于處理的低維數(shù)據(jù)，減少了后續(xù)步驟處理的計算量，當降至三維以下時還可用于可視化技術 ， 從而發(fā)揮人在低維空間感知上的優(yōu)點，發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)集的空間分布、聚類性質等結構特征
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