【正文】 影響力的高水平研究隊(duì)伍。自身抗原的識別和結(jié)合是 RA 發(fā)病的啟動階段，尋找新的 特異性自身抗原及翻譯后修飾的致病機(jī)制 研究是解釋 RA 發(fā)病機(jī)制的根本途徑。 以下是總體研究思路： —學(xué)術(shù)思路圖解 —— RA 發(fā)病的免疫學(xué)機(jī)制 基因異常 特異性自身抗原及修飾 自身免疫反應(yīng)及其調(diào)控 炎癥及組織破壞 診斷標(biāo)志物 免疫干預(yù) 7 （二）技術(shù)路線： 根據(jù)以上學(xué)術(shù)思路，以解決 RA 發(fā)病過程中的自身免疫啟動、異常免疫應(yīng)答、炎癥和組織破壞等各環(huán)節(jié)存在的關(guān)鍵性問題為出發(fā)點(diǎn)，分別從自身抗原鑒定及修飾特點(diǎn)、自身免疫反應(yīng)機(jī)制、炎癥和免疫損傷機(jī)制、 RA 免疫負(fù)調(diào)控機(jī)制、易感基因及早期診斷靶標(biāo)以及免疫干預(yù)新策略等 6 個(gè)方面系統(tǒng)闡述 RA 發(fā)病機(jī)制，為RA 早期診斷和免疫治療提供新的靶標(biāo)。 2）團(tuán)隊(duì)包括了多名長江學(xué)者、跨世紀(jì)優(yōu)秀人才、國家杰出青年、百人計(jì)劃、北京市科技新星等優(yōu)秀科研人才，長期從事 RA 臨床和基礎(chǔ)研究，并具備實(shí)施大型科研項(xiàng)目的能力。 2）具備課題實(shí)施需要的所有大型儀器。 3. 高起點(diǎn)的新的實(shí)驗(yàn)平臺： 本項(xiàng)目利用我們獨(dú)有的一系列轉(zhuǎn)基因動物模型進(jìn)行RA 新的調(diào)控分子在動物體內(nèi)的調(diào)控機(jī)制研究，實(shí)驗(yàn)涉及本課題組建立的IL33 轉(zhuǎn)基因鼠、 FOXP3/IL10 報(bào)告轉(zhuǎn)基因鼠、 RA 易感 HLADRB1*0405 轉(zhuǎn)基因鼠等，這些動物模型均為本團(tuán)隊(duì)自建或合作構(gòu)建，為本團(tuán)隊(duì)獨(dú)有，利用這些實(shí)驗(yàn)動物模型，將對闡述常規(guī)實(shí)驗(yàn)無法進(jìn)行研究的新機(jī)制具有重要作用。基礎(chǔ)與臨床有機(jī)結(jié)合，全面地闡述 RA 免疫致病機(jī)制，為 RA 早期診斷和免疫干預(yù)提供創(chuàng)新性靶向，使我國在 RA 研究領(lǐng)域的工作從總體上達(dá)到國際前沿。而且，課題組成員已在上述各領(lǐng)域進(jìn)行了長期的研究，不少成員間有多年的合作研究基礎(chǔ)和成果。 課題設(shè)置 課題 RA 相關(guān)新型自身抗原鑒定及 修飾特點(diǎn)研究 預(yù)期目標(biāo)： 1. 篩選和鑒定 出 多 個(gè) RA 發(fā)病相關(guān)的新抗原。 本課題的主要研究內(nèi)容如下： 1. 前期組學(xué)研究發(fā)現(xiàn)的新 RA 自身抗原結(jié)構(gòu)和 功能研究 1）新型 RA 相關(guān)抗原的表位分析 。 2. 抗原表位組學(xué)基礎(chǔ)上 RA 特異性自身抗原的鑒定 、免疫應(yīng)答及關(guān)節(jié)炎誘導(dǎo)能力的影響 1） HLADR4/DR1 分子對本研究組前期鑒定的抗原肽的識別及結(jié)合作用的研究。 4. RA 相關(guān)抗原的糖基化修飾研究 1) 糖基化抗原的合成。 研究內(nèi)容： 在 RA的自身免疫應(yīng)答機(jī)制中，抗原特異性 T細(xì)胞 活化居于中心環(huán)節(jié)，本課題將從 RA患者抗原特異性 T細(xì)胞特性 、 抗原表位誘導(dǎo)的 T細(xì)胞活化 、 新發(fā)現(xiàn)的 T細(xì)胞表面分子免疫應(yīng)答調(diào)控機(jī)制 以及 T細(xì)胞參與的調(diào)控機(jī)制 4個(gè)方面對 RA自身免疫應(yīng)答機(jī)制進(jìn)行系統(tǒng)闡述。 4）利用抗 T細(xì)胞抗體分析活化態(tài) T細(xì)胞表面參與免疫應(yīng)答調(diào)控的重要分子。 4) T 細(xì)胞二個(gè)主要亞群在 RA 的作用：流式細(xì)胞術(shù)檢測 RA 患者外周血單個(gè)核細(xì)胞中 Vγ1 和 Vγ4 的數(shù)量和功能。這些原創(chuàng)性研究必將使 RA 免疫調(diào)控的新分子機(jī)制得到認(rèn)識，為進(jìn)一步的免疫干預(yù)提供新型介入靶點(diǎn)。 3. RA 滑膜炎癥介導(dǎo)骨破壞的新機(jī)制 經(jīng)費(fèi)比例： 15% 承擔(dān)單位： 北京大學(xué)、上海交通大學(xué) 課題負(fù)責(zé)人： 張卓莉 學(xué)術(shù)骨干： 李寧麗、張學(xué)武、陳適、周煒、王世瑤、王利、 沈佰華、賈園、任立敏 課題 RA 細(xì)胞免疫負(fù)調(diào)控機(jī)理研究 預(yù)期目標(biāo)： 探討 Treg、間充質(zhì)干細(xì)胞和小分子參與 RA 免疫負(fù)調(diào)控的機(jī)制，為 RA 患者免疫干預(yù)治療提供新的靶向。 2. 間充質(zhì)干細(xì)胞對 RA 自身反應(yīng)性 T 細(xì)胞的調(diào)控機(jī)制研究 1） MSCs 對 RA 患者 T 細(xì)胞功能的影響。 3） RA 相關(guān)小分子對膠原性關(guān)節(jié)炎發(fā)生發(fā)展的負(fù)調(diào)控作用研究。本課題是在這一主旨上進(jìn)行的臨床轉(zhuǎn)化研究。 2．前期組學(xué)篩選基礎(chǔ)上，候選 RA 易感 CNP 及其致病機(jī)制研究 3． RA 相關(guān)基因表達(dá)差異的研究 4． RA 特征 miRNA 分布及早期診斷靶標(biāo)研究 5. 血清生物標(biāo)志分子及 RA 相關(guān)多肽做為早期診斷靶標(biāo)的實(shí)驗(yàn)研究 1）雙向電泳 血清蛋白質(zhì)譜鑒定 18 2）血清蛋白指紋圖譜的鑒定及早期診斷靶標(biāo)的實(shí)驗(yàn)研究 3）新型自身抗體篩查研究 經(jīng)費(fèi)比例： 15% 承擔(dān)單位： 山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院、北京大學(xué) 課題負(fù)責(zé)人： 常曉天 學(xué)術(shù)骨干： 崔亞洲、潘繼紅、李茹、安媛、劉栩、趙燕 課題 RA 干預(yù)新策略的研究 預(yù)期目標(biāo)： 探討針對 RA 發(fā)病不同環(huán)節(jié)的免疫干預(yù)新方法在膠原性關(guān)節(jié)炎的作用，為RA 免疫干預(yù)新策略研究提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。 3） HLADRB1 特異性變構(gòu)肽對 CIA 模型的抑制作用。 2）合成的 siRNA 對 CIA 鼠模型的治療作用研究。 經(jīng)費(fèi)比例： 20% 承擔(dān)單位： 首都醫(yī)科大學(xué)、南開大學(xué) 課題負(fù)責(zé)人： 趙文明 學(xué)術(shù)骨干： 王鵬、王璞 玥 、李慎濤、沈杰、趙煒、王 煒 20 四、年度計(jì)劃 第一年度 （一）研究內(nèi)容 1． 篩選 RA 特異的相關(guān)抗原和表位，并制備相應(yīng)的特異性抗體。 5． 分析不同抗原 T 表位排列方式對抗原性的影響。 9． 分析 RA 患者 FLS 中 Wnt/DKK 表達(dá)格局。 13． 對 RA 調(diào)控相關(guān)小分子在患者外周血的表達(dá)進(jìn)行分析。 16． HDAC 同功酶的結(jié)構(gòu)計(jì)算；合成首批分子。 20． 抗 Cyr61 人源化單克隆抗體制備。 4． 明確不同 Treg 亞群對 CIA 發(fā)病的不同調(diào)控作用。 8． 力爭獲得與 HLADRB1 結(jié)合力更強(qiáng)，且能抑制 RA 自身反應(yīng)性 T 細(xì)胞活化的新型變構(gòu)肽。 12． 爭取獲得人源化抗 Cyr61 抗體表 達(dá)克隆及穩(wěn)定表達(dá)的關(guān)鍵技術(shù)參數(shù)。分析不同 T 表位功能表達(dá)的構(gòu)象條件，明確 T 細(xì)胞表位特異性應(yīng)答與疾病相關(guān)性。 22 7． 明確炎癥因子 IL17 和相關(guān)炎癥因子對 Cyr61 表達(dá) 的影響和參與滑膜細(xì)胞過度增生的作用。 11． 利用 IL10/Foxp3 Tg 小鼠 CIA 模型，探討 MSCs 對小鼠 CIA 發(fā)生發(fā)展的預(yù)防和治療作用。 15． 進(jìn)行 首批 HDACi 分子的生物學(xué)測試。 19． 抗 Cyr61 人源化單克隆抗體制備。 4． 明確 Th17 等細(xì)胞及其相關(guān)炎癥因子對于 RA 滑膜炎癥的作用與調(diào)控機(jī)制。 23 8． 發(fā)現(xiàn) RA 基因組中可能存在的 CNP。 12． 力爭獲得 12個(gè)經(jīng)過化學(xué)修飾而提高體內(nèi)穩(wěn)定性及特異性的針對 RA相關(guān)炎癥新靶點(diǎn)的 siRNA。 16． 獲得能夠穩(wěn)定表達(dá)抗 Cyr61 人源化抗體的克隆。 4． 研究 RA患者血清中針對 RAT細(xì)胞的調(diào)節(jié)性抗體的滴度與抗原特異性。 8． 分析 Wnt/DKK 調(diào)控 βcatenin、 RANKL、 OPG 等的表達(dá)和對炎癥因子產(chǎn)生能力和對于成骨細(xì)胞生長的初步影響。 12． 采用基因表達(dá)芯片比較上調(diào)或下調(diào) 小分子 表達(dá)后， 其在 相應(yīng)免疫細(xì)胞表達(dá)譜的差異，尋找差異表達(dá)的 RA 相關(guān)小分子 。 16． 優(yōu)化 HDAC同功酶的結(jié)構(gòu)，預(yù)測 HDAC與先導(dǎo) HDACi分子的結(jié)合模式；合成第二批 HDACi分子。 19． 探討 RANKL TNF 多肽疫苗發(fā)揮保護(hù)性效果的作 用機(jī)制。 3． 明確 RA 患者體內(nèi)糖表位特異性抗體和抗 T 細(xì)胞抗體與疾病的相關(guān)性。 7． 分析出不同亞群 Treg 對關(guān)節(jié)炎的治療作用。 12． 確定經(jīng)前述篩選獲得的變構(gòu)肽對 CIA 的實(shí)際治療效果。 15． 闡明 OPGHSP 重組蛋白防治骨破壞和炎癥反應(yīng)的機(jī)制。 2. 寡糖分子和 GlcNAc糖蛋白的偶聯(lián)。 6. 檢測 RA 患者外周血單個(gè)核細(xì)胞中 Vγ1 和 Vγ4 的數(shù)量和功能。 10. 分析 Wnt/DKK 調(diào)控 βcatenin、 RANKL、 OPG 等介導(dǎo)的成骨細(xì)胞存活、抗凋亡細(xì)胞以及抑制破骨細(xì)胞生成能力。 13. 分析 Treg 數(shù)量與 RA 患者臨床指標(biāo)的相關(guān)性。 17. 進(jìn)行第二批 HDACi 分子的生物學(xué)測試；合成具有雙靶向的 HDACi 分子。 21. 具有體內(nèi)中和作用的抗 Cyr61 抗體表位分析。 4. 通過抗 T 細(xì)胞抗體治療 RA 的實(shí)驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn)治療 RA 的可行性。 8. 闡明 RA 相關(guān)小分子調(diào)控免疫功能的機(jī)制研究。 13. 驗(yàn)證 RA 和 HDAC 相關(guān)性假說，并深入探討相關(guān)的分子機(jī)制；合成雙靶向HDACi 分子。 17. 明確抗 Cyr61 抗體能夠阻斷該分子的致病作用，爭取發(fā)現(xiàn) 1－ 2 個(gè)關(guān)鍵作用表位。 3. 完成糖表位特異性抗體和抗 T 細(xì)胞抗體治療 RA 的實(shí)驗(yàn)動物研究，觀察其治療或者預(yù)防作用。 7. 對以上發(fā)現(xiàn)的 RA 易感基因、 RA 關(guān)聯(lián) CNP、 RA 特征性小分子及 RA 差異表達(dá)基因在早期 RA 患者血液中表達(dá)進(jìn)行研究。 12. 在體外細(xì)胞實(shí)驗(yàn)和小鼠實(shí)驗(yàn)中，深入探索 RA 相關(guān)炎癥新靶點(diǎn)與 Th1 和 Th1728 免疫反應(yīng)的關(guān)系以及在 RA 自身免疫中所起的作用。 2. 闡明 Th17 及其相關(guān)炎癥因子、 Wnt/DKK1 介導(dǎo) RA 滑膜炎癥與骨質(zhì)破壞的免疫損傷機(jī)理，發(fā)現(xiàn)新的關(guān)鍵 靶分子。 7. 評價(jià)針對 RANKL TNF樣區(qū)抗原表位的人源化單克隆抗體對 CIA的保護(hù)性效果。 、新模型和新理論研究 :系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)為一新興學(xué)科，亟需發(fā)展相關(guān)新技術(shù)、新模型和新理論并應(yīng)用于包括白血病在內(nèi)的復(fù)雜性狀疾病研究。 2. 進(jìn)一步發(fā)展基于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論的白血病 靶向治療 理論 并應(yīng)用于臨床治療實(shí)踐以及新型藥物研究和開發(fā)，初步提出 23個(gè)新型治療方案或候選 藥物。 33 三、研究方案 1）總體思路： 白血病是一種造血干 /祖細(xì)胞惡性增值并伴有分化受阻的惡性疾病。而上海血液學(xué)研究所開展的天然產(chǎn)物冬凌草甲素和毛萼乙素對 AMLM2b 亞型細(xì)胞模型和動物模型的藥效學(xué)研究顯示了良好的臨床應(yīng)用前景，因此利用 系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論和技術(shù)研究 AMLM2b 型白血病，闡明該型白血病細(xì)胞生物信息分子構(gòu)成以及相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，將有利于闡明這兩種藥物或衍生物對 AMLM2b型致病融合基因 AML1ETO 及其相關(guān)作用網(wǎng)絡(luò)的作用機(jī)制，為開發(fā) AMLM2b 型白血病新型治療藥物奠定基礎(chǔ)；慢性粒細(xì)胞白血?。?CML）具有明顯的慢性期、加速期和急變期，其急變期往往伴有附加的遺傳學(xué)異常，因此研究該種白血病有利于闡明不同階段白血病細(xì)胞生物信息作用網(wǎng)絡(luò)的演進(jìn)過程，也為其他實(shí)體腫瘤研究提供借鑒。 本項(xiàng)目首次將系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論和技術(shù)聚焦于白血病研究，作為腫瘤研究的良好模型，白血病有其獨(dú)特性，必將對系統(tǒng)生物學(xué)相關(guān)理論和技術(shù)提出新的要求，通過本項(xiàng)目也必將豐富這些理論和技術(shù)，為實(shí)體瘤及其他復(fù)雜性狀疾病研究提供可借鑒的經(jīng)驗(yàn)以及較完善的技術(shù)平臺和理論指導(dǎo)?；窘?基于單細(xì)胞的納米分析技術(shù)方法研究 和新型蛋白質(zhì)組相關(guān)技術(shù)并有初步應(yīng)用結(jié)果； 完成 10 個(gè)樣本全外顯子測序， 完成生物信息學(xué)分析， 力爭鑒定一批突變基因 ； 37 2． 對 APL、 AMLM2b 和 CML 相應(yīng)的細(xì)胞模型和動物模型以及患者樣本進(jìn)行“組學(xué)”分析，獲得較為完整的“組學(xué)”數(shù)據(jù)，并進(jìn)行生物信息學(xué)分析，獲得初步的 生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò) ； “組學(xué)”數(shù)據(jù) 分析： 獲得有效藥物處理 APL、 AML－ M2b 和 CML細(xì)胞模型、動物模型和患者樣本 后“組學(xué)”數(shù)據(jù)變化，進(jìn)行生物信息學(xué)分析和對比分析結(jié)果，獲得藥物處理后 生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 基本調(diào)變模式；4．進(jìn)一步完善新型藥物或治療方案治療動物模型，毒理試驗(yàn)； 5．總結(jié)在 APL、 AMLM2b 和 CML 獲得各種數(shù)據(jù) ，嘗試新理論和新技術(shù)分析和整合數(shù)據(jù)的可行性； 610 篇，申請專利 35 項(xiàng)。 第五 年 1. 進(jìn)一步整合來自白血病基因組數(shù)據(jù)（包括突變、結(jié)構(gòu)異常、拷貝數(shù)變化等）、表觀遺傳組數(shù)據(jù)（ DNA 甲基化）、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（包括編碼蛋白基因和小 RNA）以及相關(guān)功能研究 數(shù)據(jù)，完善生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及數(shù)學(xué)模型，提出基于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)的白血病發(fā)生發(fā)展理論； 2. 整合來自藥物處理后白血病轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及相關(guān)實(shí)驗(yàn)和臨床數(shù)據(jù)，總結(jié)有效藥物對相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及數(shù)學(xué)模型變化的影響，提出基于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)的白血病靶向治療初步理論； 3. 新型藥物或治療方案擴(kuò)大臨床應(yīng)用，對臨床治療效果有初步評價(jià)；進(jìn)一步評估新型診斷指標(biāo)指導(dǎo)臨床方案的價(jià)值； 4. 在國內(nèi)外一流學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文 710 篇，申請專利 35 項(xiàng)。 2． 宿主高風(fēng)險(xiǎn)基因多態(tài)性對胃癌發(fā)生的影響及其作用機(jī)制 宿主 的基因易感性是另一項(xiàng)決定幽門螺桿菌感染后轉(zhuǎn)歸的重要因素。 3． 胃癌前病變過程中用于診斷和預(yù)警的關(guān)鍵異常分子標(biāo)志物 在胃癌前病變過程中，關(guān)鍵分子事件的出現(xiàn)對惡性表型的發(fā)生至關(guān)重要。 6. 胃癌高危人群的篩選及個(gè)體化預(yù)防模式的建立 胃癌標(biāo)志分子對胃癌的不同信號途徑具有不同的意義，本課題組在前期工作中建立了包括 175 個(gè)分子的胃癌惡性表型