【正文】 影響力的高水平研究隊伍。自身抗原的識別和結(jié)合是 RA 發(fā)病的啟動階段，尋找新的 特異性自身抗原及翻譯后修飾的致病機制 研究是解釋 RA 發(fā)病機制的根本途徑。 以下是總體研究思路： —學(xué)術(shù)思路圖解 —— RA 發(fā)病的免疫學(xué)機制 基因異常 特異性自身抗原及修飾 自身免疫反應(yīng)及其調(diào)控 炎癥及組織破壞 診斷標志物 免疫干預(yù) 7 （二）技術(shù)路線： 根據(jù)以上學(xué)術(shù)思路，以解決 RA 發(fā)病過程中的自身免疫啟動、異常免疫應(yīng)答、炎癥和組織破壞等各環(huán)節(jié)存在的關(guān)鍵性問題為出發(fā)點，分別從自身抗原鑒定及修飾特點、自身免疫反應(yīng)機制、炎癥和免疫損傷機制、 RA 免疫負調(diào)控機制、易感基因及早期診斷靶標以及免疫干預(yù)新策略等 6 個方面系統(tǒng)闡述 RA 發(fā)病機制，為RA 早期診斷和免疫治療提供新的靶標。 2）團隊包括了多名長江學(xué)者、跨世紀優(yōu)秀人才、國家杰出青年、百人計劃、北京市科技新星等優(yōu)秀科研人才，長期從事 RA 臨床和基礎(chǔ)研究，并具備實施大型科研項目的能力。 2）具備課題實施需要的所有大型儀器。 3. 高起點的新的實驗平臺： 本項目利用我們獨有的一系列轉(zhuǎn)基因動物模型進行RA 新的調(diào)控分子在動物體內(nèi)的調(diào)控機制研究，實驗涉及本課題組建立的IL33 轉(zhuǎn)基因鼠、 FOXP3/IL10 報告轉(zhuǎn)基因鼠、 RA 易感 HLADRB1*0405 轉(zhuǎn)基因鼠等，這些動物模型均為本團隊自建或合作構(gòu)建，為本團隊獨有，利用這些實驗動物模型，將對闡述常規(guī)實驗無法進行研究的新機制具有重要作用?；A(chǔ)與臨床有機結(jié)合，全面地闡述 RA 免疫致病機制，為 RA 早期診斷和免疫干預(yù)提供創(chuàng)新性靶向，使我國在 RA 研究領(lǐng)域的工作從總體上達到國際前沿。而且，課題組成員已在上述各領(lǐng)域進行了長期的研究，不少成員間有多年的合作研究基礎(chǔ)和成果。 課題設(shè)置 課題 RA 相關(guān)新型自身抗原鑒定及 修飾特點研究 預(yù)期目標： 1. 篩選和鑒定 出 多 個 RA 發(fā)病相關(guān)的新抗原。 本課題的主要研究內(nèi)容如下： 1. 前期組學(xué)研究發(fā)現(xiàn)的新 RA 自身抗原結(jié)構(gòu)和 功能研究 1）新型 RA 相關(guān)抗原的表位分析 。 2. 抗原表位組學(xué)基礎(chǔ)上 RA 特異性自身抗原的鑒定 、免疫應(yīng)答及關(guān)節(jié)炎誘導(dǎo)能力的影響 1） HLADR4/DR1 分子對本研究組前期鑒定的抗原肽的識別及結(jié)合作用的研究。 4. RA 相關(guān)抗原的糖基化修飾研究 1) 糖基化抗原的合成。 研究內(nèi)容： 在 RA的自身免疫應(yīng)答機制中，抗原特異性 T細胞 活化居于中心環(huán)節(jié)，本課題將從 RA患者抗原特異性 T細胞特性 、 抗原表位誘導(dǎo)的 T細胞活化 、 新發(fā)現(xiàn)的 T細胞表面分子免疫應(yīng)答調(diào)控機制 以及 T細胞參與的調(diào)控機制 4個方面對 RA自身免疫應(yīng)答機制進行系統(tǒng)闡述。 4）利用抗 T細胞抗體分析活化態(tài) T細胞表面參與免疫應(yīng)答調(diào)控的重要分子。 4) T 細胞二個主要亞群在 RA 的作用：流式細胞術(shù)檢測 RA 患者外周血單個核細胞中 Vγ1 和 Vγ4 的數(shù)量和功能。這些原創(chuàng)性研究必將使 RA 免疫調(diào)控的新分子機制得到認識，為進一步的免疫干預(yù)提供新型介入靶點。 3. RA 滑膜炎癥介導(dǎo)骨破壞的新機制 經(jīng)費比例： 15% 承擔(dān)單位： 北京大學(xué)、上海交通大學(xué) 課題負責(zé)人： 張卓莉 學(xué)術(shù)骨干： 李寧麗、張學(xué)武、陳適、周煒、王世瑤、王利、 沈佰華、賈園、任立敏 課題 RA 細胞免疫負調(diào)控機理研究 預(yù)期目標： 探討 Treg、間充質(zhì)干細胞和小分子參與 RA 免疫負調(diào)控的機制，為 RA 患者免疫干預(yù)治療提供新的靶向。 2. 間充質(zhì)干細胞對 RA 自身反應(yīng)性 T 細胞的調(diào)控機制研究 1） MSCs 對 RA 患者 T 細胞功能的影響。 3） RA 相關(guān)小分子對膠原性關(guān)節(jié)炎發(fā)生發(fā)展的負調(diào)控作用研究。本課題是在這一主旨上進行的臨床轉(zhuǎn)化研究。 2．前期組學(xué)篩選基礎(chǔ)上，候選 RA 易感 CNP 及其致病機制研究 3． RA 相關(guān)基因表達差異的研究 4． RA 特征 miRNA 分布及早期診斷靶標研究 5. 血清生物標志分子及 RA 相關(guān)多肽做為早期診斷靶標的實驗研究 1）雙向電泳 血清蛋白質(zhì)譜鑒定 18 2）血清蛋白指紋圖譜的鑒定及早期診斷靶標的實驗研究 3）新型自身抗體篩查研究 經(jīng)費比例： 15% 承擔(dān)單位： 山東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院、北京大學(xué) 課題負責(zé)人： 常曉天 學(xué)術(shù)骨干： 崔亞洲、潘繼紅、李茹、安媛、劉栩、趙燕 課題 RA 干預(yù)新策略的研究 預(yù)期目標： 探討針對 RA 發(fā)病不同環(huán)節(jié)的免疫干預(yù)新方法在膠原性關(guān)節(jié)炎的作用，為RA 免疫干預(yù)新策略研究提供實驗依據(jù)。 3） HLADRB1 特異性變構(gòu)肽對 CIA 模型的抑制作用。 2）合成的 siRNA 對 CIA 鼠模型的治療作用研究。 經(jīng)費比例： 20% 承擔(dān)單位： 首都醫(yī)科大學(xué)、南開大學(xué) 課題負責(zé)人： 趙文明 學(xué)術(shù)骨干： 王鵬、王璞 玥 、李慎濤、沈杰、趙煒、王 煒 20 四、年度計劃 第一年度 （一）研究內(nèi)容 1． 篩選 RA 特異的相關(guān)抗原和表位，并制備相應(yīng)的特異性抗體。 5． 分析不同抗原 T 表位排列方式對抗原性的影響。 9． 分析 RA 患者 FLS 中 Wnt/DKK 表達格局。 13． 對 RA 調(diào)控相關(guān)小分子在患者外周血的表達進行分析。 16． HDAC 同功酶的結(jié)構(gòu)計算；合成首批分子。 20． 抗 Cyr61 人源化單克隆抗體制備。 4． 明確不同 Treg 亞群對 CIA 發(fā)病的不同調(diào)控作用。 8． 力爭獲得與 HLADRB1 結(jié)合力更強，且能抑制 RA 自身反應(yīng)性 T 細胞活化的新型變構(gòu)肽。 12． 爭取獲得人源化抗 Cyr61 抗體表 達克隆及穩(wěn)定表達的關(guān)鍵技術(shù)參數(shù)。分析不同 T 表位功能表達的構(gòu)象條件，明確 T 細胞表位特異性應(yīng)答與疾病相關(guān)性。 22 7． 明確炎癥因子 IL17 和相關(guān)炎癥因子對 Cyr61 表達 的影響和參與滑膜細胞過度增生的作用。 11． 利用 IL10/Foxp3 Tg 小鼠 CIA 模型，探討 MSCs 對小鼠 CIA 發(fā)生發(fā)展的預(yù)防和治療作用。 15． 進行 首批 HDACi 分子的生物學(xué)測試。 19． 抗 Cyr61 人源化單克隆抗體制備。 4． 明確 Th17 等細胞及其相關(guān)炎癥因子對于 RA 滑膜炎癥的作用與調(diào)控機制。 23 8． 發(fā)現(xiàn) RA 基因組中可能存在的 CNP。 12． 力爭獲得 12個經(jīng)過化學(xué)修飾而提高體內(nèi)穩(wěn)定性及特異性的針對 RA相關(guān)炎癥新靶點的 siRNA。 16． 獲得能夠穩(wěn)定表達抗 Cyr61 人源化抗體的克隆。 4． 研究 RA患者血清中針對 RAT細胞的調(diào)節(jié)性抗體的滴度與抗原特異性。 8． 分析 Wnt/DKK 調(diào)控 βcatenin、 RANKL、 OPG 等的表達和對炎癥因子產(chǎn)生能力和對于成骨細胞生長的初步影響。 12． 采用基因表達芯片比較上調(diào)或下調(diào) 小分子 表達后， 其在 相應(yīng)免疫細胞表達譜的差異，尋找差異表達的 RA 相關(guān)小分子 。 16． 優(yōu)化 HDAC同功酶的結(jié)構(gòu)，預(yù)測 HDAC與先導(dǎo) HDACi分子的結(jié)合模式；合成第二批 HDACi分子。 19． 探討 RANKL TNF 多肽疫苗發(fā)揮保護性效果的作 用機制。 3． 明確 RA 患者體內(nèi)糖表位特異性抗體和抗 T 細胞抗體與疾病的相關(guān)性。 7． 分析出不同亞群 Treg 對關(guān)節(jié)炎的治療作用。 12． 確定經(jīng)前述篩選獲得的變構(gòu)肽對 CIA 的實際治療效果。 15． 闡明 OPGHSP 重組蛋白防治骨破壞和炎癥反應(yīng)的機制。 2. 寡糖分子和 GlcNAc糖蛋白的偶聯(lián)。 6. 檢測 RA 患者外周血單個核細胞中 Vγ1 和 Vγ4 的數(shù)量和功能。 10. 分析 Wnt/DKK 調(diào)控 βcatenin、 RANKL、 OPG 等介導(dǎo)的成骨細胞存活、抗凋亡細胞以及抑制破骨細胞生成能力。 13. 分析 Treg 數(shù)量與 RA 患者臨床指標的相關(guān)性。 17. 進行第二批 HDACi 分子的生物學(xué)測試；合成具有雙靶向的 HDACi 分子。 21. 具有體內(nèi)中和作用的抗 Cyr61 抗體表位分析。 4. 通過抗 T 細胞抗體治療 RA 的實驗研究發(fā)現(xiàn)治療 RA 的可行性。 8. 闡明 RA 相關(guān)小分子調(diào)控免疫功能的機制研究。 13. 驗證 RA 和 HDAC 相關(guān)性假說，并深入探討相關(guān)的分子機制；合成雙靶向HDACi 分子。 17. 明確抗 Cyr61 抗體能夠阻斷該分子的致病作用，爭取發(fā)現(xiàn) 1－ 2 個關(guān)鍵作用表位。 3. 完成糖表位特異性抗體和抗 T 細胞抗體治療 RA 的實驗動物研究，觀察其治療或者預(yù)防作用。 7. 對以上發(fā)現(xiàn)的 RA 易感基因、 RA 關(guān)聯(lián) CNP、 RA 特征性小分子及 RA 差異表達基因在早期 RA 患者血液中表達進行研究。 12. 在體外細胞實驗和小鼠實驗中，深入探索 RA 相關(guān)炎癥新靶點與 Th1 和 Th1728 免疫反應(yīng)的關(guān)系以及在 RA 自身免疫中所起的作用。 2. 闡明 Th17 及其相關(guān)炎癥因子、 Wnt/DKK1 介導(dǎo) RA 滑膜炎癥與骨質(zhì)破壞的免疫損傷機理，發(fā)現(xiàn)新的關(guān)鍵 靶分子。 7. 評價針對 RANKL TNF樣區(qū)抗原表位的人源化單克隆抗體對 CIA的保護性效果。 、新模型和新理論研究 :系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)為一新興學(xué)科，亟需發(fā)展相關(guān)新技術(shù)、新模型和新理論并應(yīng)用于包括白血病在內(nèi)的復(fù)雜性狀疾病研究。 2. 進一步發(fā)展基于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論的白血病 靶向治療 理論 并應(yīng)用于臨床治療實踐以及新型藥物研究和開發(fā)，初步提出 23個新型治療方案或候選 藥物。 33 三、研究方案 1）總體思路： 白血病是一種造血干 /祖細胞惡性增值并伴有分化受阻的惡性疾病。而上海血液學(xué)研究所開展的天然產(chǎn)物冬凌草甲素和毛萼乙素對 AMLM2b 亞型細胞模型和動物模型的藥效學(xué)研究顯示了良好的臨床應(yīng)用前景，因此利用 系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論和技術(shù)研究 AMLM2b 型白血病，闡明該型白血病細胞生物信息分子構(gòu)成以及相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，將有利于闡明這兩種藥物或衍生物對 AMLM2b型致病融合基因 AML1ETO 及其相關(guān)作用網(wǎng)絡(luò)的作用機制，為開發(fā) AMLM2b 型白血病新型治療藥物奠定基礎(chǔ)；慢性粒細胞白血?。?CML）具有明顯的慢性期、加速期和急變期，其急變期往往伴有附加的遺傳學(xué)異常，因此研究該種白血病有利于闡明不同階段白血病細胞生物信息作用網(wǎng)絡(luò)的演進過程，也為其他實體腫瘤研究提供借鑒。 本項目首次將系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)理論和技術(shù)聚焦于白血病研究，作為腫瘤研究的良好模型，白血病有其獨特性，必將對系統(tǒng)生物學(xué)相關(guān)理論和技術(shù)提出新的要求，通過本項目也必將豐富這些理論和技術(shù)，為實體瘤及其他復(fù)雜性狀疾病研究提供可借鑒的經(jīng)驗以及較完善的技術(shù)平臺和理論指導(dǎo)。基本建立 基于單細胞的納米分析技術(shù)方法研究 和新型蛋白質(zhì)組相關(guān)技術(shù)并有初步應(yīng)用結(jié)果； 完成 10 個樣本全外顯子測序， 完成生物信息學(xué)分析， 力爭鑒定一批突變基因 ； 37 2． 對 APL、 AMLM2b 和 CML 相應(yīng)的細胞模型和動物模型以及患者樣本進行“組學(xué)”分析，獲得較為完整的“組學(xué)”數(shù)據(jù)，并進行生物信息學(xué)分析，獲得初步的 生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò) ； “組學(xué)”數(shù)據(jù) 分析： 獲得有效藥物處理 APL、 AML－ M2b 和 CML細胞模型、動物模型和患者樣本 后“組學(xué)”數(shù)據(jù)變化，進行生物信息學(xué)分析和對比分析結(jié)果，獲得藥物處理后 生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 基本調(diào)變模式；4．進一步完善新型藥物或治療方案治療動物模型，毒理試驗； 5．總結(jié)在 APL、 AMLM2b 和 CML 獲得各種數(shù)據(jù) ，嘗試新理論和新技術(shù)分析和整合數(shù)據(jù)的可行性； 610 篇，申請專利 35 項。 第五 年 1. 進一步整合來自白血病基因組數(shù)據(jù)（包括突變、結(jié)構(gòu)異常、拷貝數(shù)變化等）、表觀遺傳組數(shù)據(jù)（ DNA 甲基化）、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)（包括編碼蛋白基因和小 RNA）以及相關(guān)功能研究 數(shù)據(jù)，完善生物分子相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及數(shù)學(xué)模型，提出基于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)的白血病發(fā)生發(fā)展理論； 2. 整合來自藥物處理后白血病轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)以及相關(guān)實驗和臨床數(shù)據(jù)，總結(jié)有效藥物對相互作用網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)以及數(shù)學(xué)模型變化的影響，提出基于系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)的白血病靶向治療初步理論； 3. 新型藥物或治療方案擴大臨床應(yīng)用，對臨床治療效果有初步評價；進一步評估新型診斷指標指導(dǎo)臨床方案的價值； 4. 在國內(nèi)外一流學(xué)術(shù)刊物上發(fā)表論文 710 篇，申請專利 35 項。 2． 宿主高風(fēng)險基因多態(tài)性對胃癌發(fā)生的影響及其作用機制 宿主 的基因易感性是另一項決定幽門螺桿菌感染后轉(zhuǎn)歸的重要因素。 3． 胃癌前病變過程中用于診斷和預(yù)警的關(guān)鍵異常分子標志物 在胃癌前病變過程中，關(guān)鍵分子事件的出現(xiàn)對惡性表型的發(fā)生至關(guān)重要。 6. 胃癌高危人群的篩選及個體化預(yù)防模式的建立 胃癌標志分子對胃癌的不同信號途徑具有不同的意義，本課題組在前期工作中建立了包括 175 個分子的胃癌惡性表型