blast簡介及其應用-全文預覽
【正文】 蛋白質序列身份。 BLAST的使用 ? BLAST 具有非常廣泛的應用： ? 研究可能存在多種剪切方式的表達序列標簽。獲得程序的同時必須獲取相應的數(shù)據(jù)庫才能在本地進行 BLAST分析。 8 BLAST簡介 BLAST搜索的六大優(yōu)點： ? 使用方便，功能齊全 ? 速度快，結果可信 ? NCBI精心維護，持續(xù)開發(fā) ? 配套數(shù)據(jù)庫不斷更新 ? 免費服務（ NCBI、 EBI、 TIGR） ? 免費下載，本地安裝 9 主要的 BLAST程序（功能） 程序名 查詢序列 數(shù)據(jù)庫 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫中比對核酸序列 Blastp 蛋白質 蛋白質 在蛋白質數(shù)據(jù)庫中比對蛋白質序列 Blastx 核酸 蛋白質 在蛋白質數(shù)據(jù)庫中比對待檢的核酸序列（用所有 6種可讀框翻譯） Tblastn 蛋白質 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫 （用所有 6種可讀框翻譯）中比對待檢的蛋白質序列 TBlastx 核酸 核酸 在核酸數(shù)據(jù)庫（用所有 6種可讀框翻譯）中比對待檢的核酸序列（也用所有 6種可讀框翻譯） 10 兩種版本的 BLAST比較（一） ? 網(wǎng)絡版本 包括 NCBI在內的很多網(wǎng)站都提供了在線的 BLAST服務，這也是我們最經(jīng)常用到的 BLAST服務。 E值越小表示隨機情況下得到該 Score值的可能性越低。 正因為存在這樣的關系，很多時候對序列的相似性和同源性就沒有做很明顯的區(qū)分，造成經(jīng)常等價混用兩個名詞。 4 同源性 (homology)： 指從一些數(shù)據(jù)中推斷出的兩個基因或蛋白質序列具有共同祖先的結論，屬于 質的判斷 。BLAST簡介及其應用 Basic Local Alignment Search Tool 2 實驗目的 了解 Blast資源和功能 了解 blast的應用 掌握使用 blast進行序列搜索 3 生物序列的相似性 相似性 (similarity)： 是指一種很直接的 數(shù)量關系 ，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合適的度量。當然可進行自身局部比較。 生物序列的同源性 5 相似性和同源性關系 序列的相似性和序列的同源性有一定的
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