【正文】 e medicine 20xx, 19 (7), 837849。 進(jìn)一步考察中為避免烯烴順?lè)椿プ儙?lái)的影響，將烯烴置換為炔鍵，主要進(jìn)行甘氨酸類 多樣性考察 : 發(fā)現(xiàn)此處化合物活性隨著取代基堿性的減弱而降低，并得到活性進(jìn)一步提高的化合物 ?；诖?，對(duì)一系列含氮雜環(huán)進(jìn)行了篩選，發(fā)現(xiàn)異喹啉甲酰胺表現(xiàn)出與原來(lái)預(yù)測(cè)相一致的活性，即：其結(jié)構(gòu)是有 GT1b 高活性的苯乙酸和有 GT1a 高活性的苯甲酸的融合，而確實(shí)兼具了兩者的優(yōu)勢(shì)，如下圖所示， 鑒于此，對(duì)此類結(jié)構(gòu)進(jìn)行了詳細(xì)考察，主要考察取代基的影響，發(fā)現(xiàn) 取代基效應(yīng)非常明顯，兵器最終得到了雙取代化合物 30（結(jié)構(gòu)略），不僅在 GT1 兩個(gè)亞型上表現(xiàn)強(qiáng)的抑制活性，在 G2a JFH（ EC50 = nM）、 G2a NIH（ EC50 = 14nM）、G3a（ EC50 = nM）和 G5a hybrid（ EC50 = nM）也表現(xiàn)出強(qiáng)的抑制活性。 將兩個(gè)位置最優(yōu)取代結(jié)合，得到化合物活性都能保持，并且發(fā)現(xiàn)咪唑溴代的疊氮產(chǎn)物在 Vero 細(xì)胞上無(wú)毒 性（ 100μM）。 片段 II 和片段 III 的構(gòu)效關(guān)系 6： 在片段 II 的咪唑 4位引入噻吩、呋喃或苯基導(dǎo)致活性下降，但引入小基團(tuán)如氟、氯、溴等后 ， EC50基本不變， 而 EC90 有中等程度提高 。 同時(shí)，雜芳環(huán)的引入也使得某些化合物具備了對(duì) GT1a 的中等程度的抑制活性。 片段 I 的構(gòu)效關(guān)系 3c： 片段 I 被相當(dāng)密集的考察過(guò)， 在通向 BMS790052 的道路中，對(duì)此部分的考察 是通過(guò)下面化合物 1 進(jìn)行的： 24 通過(guò)此部分考察發(fā)現(xiàn)此核心結(jié)構(gòu)的平面性、指向、極性、長(zhǎng)度都活性影響很大。 CYP2C9 (μM) IC90 100 Resistance Mutations L31 V 、 BMS790052 的結(jié)合位點(diǎn)： BMS790052 的結(jié)合位點(diǎn)還未見(jiàn)報(bào)道，但其類似物 BMS411 的可能結(jié)合位點(diǎn)已被披露 4。D IRELAND 5 NT 四、 BMS790052(daclatasvir)研究 ： 、 BMS790052 部分活性數(shù)據(jù)： 表三、代表性 NS5A 抑制劑 BMS790052 活性數(shù)據(jù) 項(xiàng)目 數(shù)值 項(xiàng)目 數(shù)值 HCV replicon (pM) EC50 177。 NS5A 抑制劑的代表性化合物是 BMS790052， 已經(jīng)進(jìn)入 3 期臨床， 結(jié)構(gòu)如下圖，其初步構(gòu)效關(guān)系已被報(bào)道 3。 B） 二聚體表面電勢(shì)分布。 區(qū)域一的分子表面， A、 C 兩圖顯示 區(qū)域一的表面電勢(shì) ， 以不同顏色表示，紅色為酸性，白色為中性， 藍(lán)色為 堿性。 并且，此組裝作用就是通過(guò)區(qū)域里的磷酸化作用調(diào)節(jié)的。目前還沒(méi)發(fā)現(xiàn) NS5A 的 酶功能，研究顯示 NS5A 可能通過(guò)與其它的 HCV 蛋白或宿主細(xì)胞因子相互作用來(lái)發(fā)揮功能。 BMS0790052等抑制劑的活性雖然達(dá)到較理想水平，然而還存在易被病毒突變逃逸、潛在細(xì)胞毒性、藥代特性等方面問(wèn)題有待改進(jìn)。針對(duì)直接抗菌藥物的開(kāi)發(fā)主要集中在 NS3B/NS4A 蛋白內(nèi)抑制劑和 NS5B RNA 依賴的 RNA 聚合酶抑制劑，但是還需要其他作用機(jī)理的藥物以面對(duì)多基因 型 （ 6 種） ， 多亞型（ 100 多種）的HCV 病毒 。但考慮到成本優(yōu)勢(shì)，小分子的 TLR7 激動(dòng)劑也有其價(jià)值。雖如此，考慮到效價(jià)比 、 服藥方便性 、 耐藥突變等因素，還是很多優(yōu)化改進(jìn)之處。 途徑 /新穎性 藥物 進(jìn)展 備注（靶點(diǎn)等） 評(píng)價(jià) 風(fēng)險(xiǎn) 潛力 RNA 復(fù)制 ★★★☆ IDX375 No Development Reported NS5B ★★★☆ ★★★☆ Nesbuvir Discontinued NS5B MK0608 No Development Reported NS5B PSI6130 Discontinued NS5B PSI938 Phase 2 Clinical NS5B ★★★☆ ★★★☆ deleobuvir Phase 3 Clinical NS5B ★★★☆ ★★★☆ 11 Tegobuvir Phase 2 Clinical NS5B ★★★☆ ★★★☆ 12 、 HCV RNA 復(fù)制，涉及到宿主內(nèi)質(zhì)網(wǎng)以及病毒自身的 BS4B和 NS5A。 途徑 /新穎 性 藥物 進(jìn)展 備注（靶點(diǎn)等） 評(píng)價(jià) 風(fēng)險(xiǎn) 潛力 RNA 復(fù)制 ★★★☆ Daclatasvir (BMS790052) Phase 3, NS5A 極其強(qiáng)效。 最后綜合評(píng)價(jià)其風(fēng)險(xiǎn)與潛力，對(duì)靶點(diǎn)進(jìn)行挑選。 NS5A 是一種磷酸 蛋白，可以與多種宿主細(xì)胞蛋白相互作用，對(duì)于病毒的復(fù)制起重要作用。 能編碼一長(zhǎng)度大約為 3014個(gè)氨基酸的多聚蛋白前體，后者可經(jīng)宿主細(xì)胞和病毒 自身蛋白酶作用后 ， 裂解成10 種病毒蛋白 ， 包括三種結(jié)構(gòu)蛋白，即分子量 19KD 的核衣殼蛋白（或稱核心蛋白， Core）和兩種糖蛋白（分子量為 33KD 的 E1 蛋白，分子量 72Kd 的 E2 蛋4 白） ， p7 編碼一種膜內(nèi)在蛋白，其功能可能是一種離子通道。 3 第一章 以生命周期劃分 HCV 治療藥物 整理 為選擇出最具潛力的治療靶點(diǎn)，我們首先對(duì)目前已經(jīng)披露的所有 HCV 治療藥物進(jìn)行了總結(jié)，主要參考了近年的一些文獻(xiàn) ，然后按照其對(duì)應(yīng)的 HCV 的生命周期進(jìn)行分類 ，并對(duì)其風(fēng)險(xiǎn)、潛力進(jìn)行簡(jiǎn)單打分 1。結(jié)果，雖然一般認(rèn)為丙肝是可以治愈的，但很多人卻未能痊愈。 每年，有 35 萬(wàn)余人死于與丙肝相關(guān)的肝臟疾病。最初被感染后，大約 80%的人并不會(huì)出現(xiàn)任何癥狀。1 目錄 丙型肝炎治療藥物研究與設(shè)計(jì) ………………………………………………………3 以生命周期劃分 HCV 治療藥物整理 ………………………………………4 HCV 的結(jié)構(gòu) ………………...……………………………………………4 HCV 生命周期 ………………………………………………………...…5 以生命周期劃分 HCV 治療藥物整理 …………………………..............6 總結(jié)和展望 ………………………...…………………………..……….13 基于 NS5A 抑制劑的創(chuàng)新藥物設(shè)計(jì) ………………………………………14 前言 ..........................................................................................................14 NS5A 靶點(diǎn) ...............................................................................................14 NS5A 抑制劑研究進(jìn)展 ...........................................................................15 BMS790052(daclatasvir)研究 ................................................................20 創(chuàng)新藥物設(shè)計(jì) ..........................................................................................24 參考文獻(xiàn) ..................................................................................................26 TLR7 激動(dòng)劑研究與設(shè)計(jì) ………………………………………………….29 目前已開(kāi)發(fā)的激動(dòng)劑 ..............................................................................29 咪唑喹啉胺（ imidazoquinoline amine）類 ..................................29 1取代 吡唑啉酮 （ 1Substituted Pyrazolo(3,4C) Ring）類 ......31 8氧 去氮嘌呤類 /咪唑并吡啶酮類 ............................................32 8羥基腺嘌呤（ 8Hydroxyadenine）類 ......................................36 擴(kuò)環(huán) 8羥基腺嘌呤類 ..................................................................57 艾沙托立賓（ Isatoribine）衍生物類 ..........................................61 Bitriazolyl Acyclonucleoside 類 ...................................................64 三氮唑類（ Triazole） .................................................................65 嘧啶類（ Pyrimidine） .................................................................66 8Substitued Benzoazepines 類 ....................................................68 Aminodiazepine 類 .......................................................................69 未來(lái)可能的變動(dòng)空間 ..............................................................................70 創(chuàng)新藥物設(shè)計(jì) ..........................................................................................71 參考文獻(xiàn) ..................................................................................................76 基于 NS5B 抑制劑的創(chuàng)新藥物設(shè)計(jì) ………………….………...………….79 已報(bào)道 Sofosbuvir 類似物堿性部分結(jié)構(gòu)總結(jié) ………………...………79 sofosbuvir 類似物堿性部分設(shè)計(jì) ……………………………………….80 2 丙型肝炎治療藥物研究與設(shè)計(jì) 丙肝病毒（ HCV） 是一種血液傳播病毒，丙型肝炎是由丙肝病毒引起的肝病 ， 在世界范圍內(nèi)影響著大約 億人口?？赡艹霈F(xiàn)的急性癥狀包括發(fā)熱、全身乏力、食欲下降、惡心、嘔吐、腹痛、尿色深、大便顏色變淺、關(guān)節(jié)酸痛和黃疸（皮膚和眼白發(fā)黃）。 目前 ， 還沒(méi)有 預(yù)防丙肝的疫苗。 近來(lái)，全口服、無(wú)干擾素的直接靶向病毒的新一代抗丙肝藥物大量出現(xiàn)，為丙肝的徹底治愈帶來(lái)希望，其中尤其以吉立德 （ Gilead） 公司的 sofosbuvir 最具潛力 。 一、 HCV 的結(jié)構(gòu) ： 如 右 圖所示 ， HCV 病毒體呈球形，直徑小于 80nm（在肝細(xì)胞中為 3640nm，在血液中為 3662nm），為單 股正鏈 RNA 病毒，在核衣殼外包繞含脂質(zhì)的囊膜，囊膜上有剌突 . 圖一、 HCV 結(jié)構(gòu) 如下圖所示， HCV 的 RNA 大約 由 9500－ 10000bp 組成， 5′和 3′非編碼區(qū)（ NCR）分別有 319341bp 和 2755bp，含有幾個(gè)順向和反向重復(fù)序列，可能與基因復(fù)制有關(guān)。非結(jié)構(gòu)蛋白部分則包括 NS2， NS3， NS4A， NS5A 和 NS5B， 非結(jié)構(gòu)蛋白對(duì)病毒的生活周期非常重要。而 NS5B 則具有 RNA 依賴的 RNA 聚合酶活性，參與 HCV 基因組復(fù)制。 、病毒進(jìn)入并脫殼 。不耐突變，與其它藥物連用效果好。 途徑 /新穎性 藥物 進(jìn)展 備注（靶點(diǎn)等） 評(píng)價(jià) 風(fēng)險(xiǎn) 潛力 RNA 復(fù)制 ★★★☆ JTK109 Discontinued NS5B Discovery NS5B ★★★★ ★★★☆ VX759 No Development Reported NS5B Clemizole Phase 1 Clinical NS4B ★★★★ ★★★☆ DEBIO025 Phase 3 Clinical Cyclophilin 抑制劑 與其它藥物聯(lián)用， GT1 ★★☆☆ ★★★☆ miravirsen