第五節(jié)基因識別-wenkub
2022-08-29 13:23:04 本頁面
【正文】 ?識別編碼區(qū)域的另一種方法是分析各種密碼子出現(xiàn)的頻率 將一個隨機均勻分布的 DNA序列翻譯成氨基酸 序列，則在氨基酸序列中上述 3種氨基酸出現(xiàn)的 比例應(yīng)該為 6:4:1 例如，亮氨酸、丙氨酸、色氨酸分別有 6個、 4個和 1個密碼子 但是在真實的氨基酸序列中，上述比例并不正確 這說明 DNA的編碼區(qū)域并非隨機 ?假設(shè)在一條 DNA序列中已經(jīng)找到所有的ORF，那么可以利用密碼子頻率進一步區(qū)分編碼 ORF和非編碼 ORF ?馬爾柯夫鏈模型 ?利用這種方法，可以計算一個 ORF成為編碼區(qū)域的可能性。 基于基因密碼子特性的識別方法 ?辨別編碼區(qū)域與非編碼區(qū)域的一種方法 ? 是檢查終止密碼子的出現(xiàn)頻率 終止密碼子出現(xiàn)的期望次數(shù)為： 每 21個（ ? 64/3）密碼子出現(xiàn)一次終止密碼子 基本思想： ? 如果能夠找到一個比較長的序列，其相應(yīng)的密碼子序列不含終止密碼子，則這段序列可能就是編碼區(qū)域。 第五節(jié) 基因識別 主講人：孫 嘯 制作人：劉志華 東南大學(xué) 吳健雄實驗室 基因識別 ?基因識別是生物信息學(xué)領(lǐng)域里的一個重要研究內(nèi)容 ?基因識別問題，在近幾年受到廣泛的重視 ? 當(dāng)人類基因組研究進入一個系統(tǒng)測序階段時，急需可靠自動的基因組序列翻譯解釋技術(shù)，以處理大量已測定的但未知功能或未經(jīng)注釋的 DNA序列 ?原核基因識別 重點在于識別編碼區(qū)域 ? 非翻譯區(qū)域（ untranslated regions, UTR） ? 編碼區(qū)域兩端的 DNA，有一部分被轉(zhuǎn)錄，但是不被翻譯，這一部分稱為非翻譯區(qū)域 ? 5’UTR基因上游區(qū)域的非翻譯區(qū)域 ? 3’UTR基因下游區(qū)域的非翻譯區(qū)域 ?對于任何給定的核酸序列（單鏈 DNA或mRNA），根據(jù)密碼子的起始位置，可以按照三種方式進行解釋。 ?基本算法： ? 掃描給定的 DNA序列，在三個不同的閱讀框中尋找較長的 ORF。 ? 一個簡單的統(tǒng)計模型 假設(shè)相繼的密碼子是獨立的，不存在前后依賴關(guān)系。 ?關(guān)鍵問題是如何提高一個識別算法的敏感性（ sensitivity， Sn）和特異性（ specificity， Sp）。 iii E x pO bsR SC U ????iii s y naaE x p（ 566） （ 565） 密碼子使用傾向 ? 設(shè)一段 DNA序列為 S，從 S的第 i位到第 j位的雙聯(lián)密碼統(tǒng)計度量 IF6（ i， j）定義為 ： fk是從第 k位開始的雙聯(lián)密碼的頻率 F
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