第五節(jié)基因識別-文庫吧資料
2024-08-14 13:23本頁面
【正文】 （ Expressed Sequence Tags） ? cDNA ? 蛋白質(zhì)序列 ?目前大多數(shù)預(yù)測程序都將數(shù)據(jù)庫相似性搜索的信息結(jié)合進基因預(yù)測過程 ?同時考慮序列特征信號和統(tǒng)計度量 GRAIL 用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)識別編碼區(qū)域 輸入是一系列反映功能位點信號特征和序列編碼統(tǒng)計特征的參數(shù) 輸出就是對一段 DNA序列是否是編碼區(qū)域的判別結(jié)果 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)具有非線性映射能力，能夠發(fā)現(xiàn)輸入和輸出之間的高階相關(guān)性 構(gòu)建基因模型 ?基因識別最終任務(wù)是建立完整的基因結(jié)構(gòu)模型 ?一個理想的基因識別程序應(yīng)該能夠發(fā)現(xiàn)完整的基因結(jié)構(gòu) （ … ,e1, i1, … , in1, en , … ） ATG外顯子 1 內(nèi)含子 外顯子 外顯子 nUAG ? 基因剪切位點 剪切給體（ donor）位點 “gt” 接受體（ acceptor）位點 “ag” 基因的可變剪切 gene A 基因可變剪切示意 構(gòu)建基因模型方法 ? 剪切位點形成外顯子和內(nèi)含子的邊界 搜集候選外顯子 → 候選基因 ?候選基因是一條 非相交 的外顯子和內(nèi)含子的鏈，表示為 （ i0, e1, i1, …, e n, in） 其中 ij代表內(nèi)含子（ 0?j?n） el代表外顯子（ 1?l?n） i0和 in并非真實的內(nèi)含子，它們分別代表基因兩側(cè)的非編碼序列 ? 候選基因位于給定的 DNA序列，并滿足下列一致性條件： （ 1）所有外顯子加起來的長度是 3的整數(shù)倍； （ 2）在各個外顯子內(nèi)部（除最后一個外顯子的最后一個密碼子），沒有終止編碼； （ 3）第一個內(nèi)含子 外顯子邊界（ i0, e1）是翻譯起始編碼，而最后一個外顯子 內(nèi)含子邊界（ en, in）是終止編碼。 ?最理想的方法是綜合兩大類方法的優(yōu)點，開發(fā)混合算法。 ?關(guān)鍵問題是如何提高一個識別算法的敏感性（ sensitivity， Sn）和特異性（ specificity， Sp）。 ?另一方面，真核基因具有更加豐富的基因調(diào)控信息，這些信息主要分布在基因上游區(qū)域。 ? 一個簡單的統(tǒng)計模型 假設(shè)相繼的密碼子是獨立的，不存在前后依賴關(guān)系。 ? 這種算法過于簡單，不適合于處理短的ORF或者交疊的 ORF。 ?基本算法： ? 掃描給定的 DNA序列，在三個不同的閱讀框中尋找較長的 ORF。 ? 原核基因識別任務(wù)的重點是識別開放閱讀框，或者說識別長的編碼區(qū)域。 第五節(jié) 基因識別 主講人：孫 嘯 制作人：劉志華 東南大學 吳健雄實
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