第五節(jié)基因識(shí)別(文件)
【正文】 k是該雙聯(lián)密碼隨機(jī)出現(xiàn)的頻率 ?????????????????????????4,. .. ,8,5,25,. .. ,7,4,16,. .. ,6,3,06)/ln ()/ln ()/ln (m ax),(jkkikijkkikijkkikiFfFfFfjiIF（ 567） 雙聯(lián)密碼統(tǒng)計(jì)度量 通過相似搜索發(fā)現(xiàn)編碼區(qū)域或者外顯子 ? EST（ Expressed Sequence Tags） ? cDNA ? 蛋白質(zhì)序列 ?目前大多數(shù)預(yù)測程序都將數(shù)據(jù)庫相似性搜索的信息結(jié)合進(jìn)基因預(yù)測過程 ?同時(shí)考慮序列特征信號(hào)和統(tǒng)計(jì)度量 GRAIL 用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)識(shí)別編碼區(qū)域 輸入是一系列反映功能位點(diǎn)信號(hào)特征和序列編碼統(tǒng)計(jì)特征的參數(shù) 輸出就是對(duì)一段 DNA序列是否是編碼區(qū)域的判別結(jié)果 神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)具有非線性映射能力，能夠發(fā)現(xiàn)輸入和輸出之間的高階相關(guān)性 構(gòu)建基因模型 ?基因識(shí)別最終任務(wù)是建立完整的基因結(jié)構(gòu)模型 ?一個(gè)理想的基因識(shí)別程序應(yīng)該能夠發(fā)現(xiàn)完整的基因結(jié)構(gòu) （ … ,e1, i1, … , in1, en , … ） ATG外顯子 1 內(nèi)含子 外顯子 外顯子 nUAG ? 基因剪切位點(diǎn) 剪切給體（ donor）位點(diǎn) “gt” 接受體（ acceptor）位點(diǎn) “ag” 基因的可變剪切 gene A 基因可變剪切示意 構(gòu)建基因模型方法 ? 剪切位點(diǎn)形成外顯子和內(nèi)含子的邊界 搜集候選外顯子 → 候選基因 ?候選基因是一條 非相交 的外顯子和內(nèi)含子的鏈，表示為 （ i0, e1, i1, …, e n, in） 其中 ij代表內(nèi)含子（ 0?j?n） el代表外顯子（ 1?l?n） i0和 in并非真實(shí)的內(nèi)含子，它們分別代表基因兩側(cè)的非編碼序列 ? 候選基因位于給定的 DNA序列，并滿足下列一致性條件： （ 1）所有外顯子加起來的長度是 3的整數(shù)倍； （ 2）在各個(gè)外顯子內(nèi)部（除最后一個(gè)外顯子的最后一個(gè)密碼子），沒有終止編碼； （ 3）第一個(gè)內(nèi)含子 外顯子邊界（ i0, e1）是翻譯起始編碼，而最后一個(gè)外顯子 內(nèi)含子邊界（ en, in）是終止編碼。 ? 每個(gè)狀態(tài)按照一定的概率分布隨機(jī)地從字母表中取出字符并釋放。 ?假設(shè)一段序列為 ACTGTC… ，則 P(ACTGTC… )=p1(A)?p2(C?A)?p3(T?C)?p4(G?T)?p5(T?G)?p6(C?T)…
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