基因組研究鳥獸學(xué)會(huì)華大基因樊偉-wenkub
2023-05-27 18:18:55 本頁(yè)面
【正文】 Insert Size (bp) Read length (bp) Sequence coverage depth(X) 200 100 22 500 100 20 2022 50 10 5000 50 5 10000 50 3 Total 50~100 60 物種譜系進(jìn)化關(guān)系與自然選擇壓力研究 基因家族進(jìn)化與基因拷貝數(shù)研究 生物學(xué)問題的基因組學(xué)解釋 ? 大熊貓為什么吃竹子？ ? 螞蟻為什么具有社會(huì)行為？ 同科或者同屬內(nèi)多個(gè)物種測(cè)序 ? 對(duì)近親物種進(jìn)行集體研究，可以發(fā)現(xiàn)大量有意義的進(jìn)化規(guī)律。 Outline ? 基因組研究與測(cè)序技術(shù)發(fā)展回顧 ? 華大基因 (BGI)介紹 ? De novo測(cè)序與物種研究 ? Resequencing與群體研究 ? 性狀基因定位與分子育種 ? 轉(zhuǎn)錄組、甲基化測(cè)序與基因調(diào)控研究 ? Meta測(cè)序于共生微生物研究 25 Resequencing, identify SNP, indel, SV 2022. Resequencing. 40 domesticated and wild silkworm genomes, each sequenced 3X by illumina GA. ? 2022年 ? 炎黃一號(hào)：第一個(gè)中國(guó)人 基因組圖譜 ? 飛躍： 1%→10% → 100% 家蠶重測(cè)序項(xiàng)目 (家養(yǎng)蠶 29種，野生蠶 11種，各測(cè) 3X) 蠶品種進(jìn)化譜系關(guān)系 蠶基因組受人工選擇壓力區(qū)域 (GROSS) Population structure (PCA) PCA: 基于線性代數(shù)中的矩陣變換理論。 ? 探查大熊貓種群的多態(tài)性，群體結(jié)構(gòu)，推斷種群進(jìn)化歷史，為大熊貓保護(hù)提供科學(xué)依據(jù)。 ? Capture + sequencing == Genotyping 前者 capture量的多少，相當(dāng)于后者 marker密度的高低。 ? 如果選用 SNP,可用 genotyping技術(shù)來分型；如果選擇長(zhǎng)度多態(tài)性 (類似于 SSR標(biāo)記 ),則可仍然使用傳統(tǒng)的 PCR+電泳技術(shù)分型。 Genomewide Association study 35 突變體或者單片段替換系測(cè)序 ? 用物理或者化學(xué)誘變劑得到的突變體材料 突變位點(diǎn)彌散分布在整個(gè)基因組中，但是突變位點(diǎn)數(shù)很少。 Advantages by genomic technology 37 ? Whole genome sequence (fine or finished map) ? Complete set of polymorphism markers (among large population) ? Fast and accurate location of phynotypeassociated genes. ? Fast and accurate selecti
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