【正文】 育：選擇性剪接可以調(diào)節(jié)決定性別及發(fā)育相關(guān)蛋白的表達(dá)3，許多疾病與mRNA前代選擇性剪接有關(guān)RNA編輯RNA編輯（editing）是指轉(zhuǎn)錄后的RNA在編碼區(qū)發(fā)生堿基的加入，丟失或轉(zhuǎn)換等現(xiàn)象。尾巴的功能：1,PolyA是mRNA由核進(jìn)入胞質(zhì)所必需的形式。 3’端: polyA尾巴216。 (2) 影響轉(zhuǎn)錄的速率。－端一連串U，UA配對最不穩(wěn)定，易從模板上脫落。2，Pribnow box（10區(qū)）： RNA聚合酶牢固結(jié)合位點(diǎn)，此處AT含量多，有助于DNA局部雙鏈解開。利用DNase Ⅰ足跡法和DNA測序法可以確定啟動(dòng)子的序列結(jié)構(gòu)。⑤所需要的酶，及酶的外切活性的有無。 除了上述3種主要的RNA外，還有一些類型的RNA 轉(zhuǎn)錄與DNA復(fù)制的異同 相同：模板，新鏈延伸方向，堿基的加入原則。它有兩方面含義：一是在DNA雙鏈分子上，相對某基因來說，一股鏈可轉(zhuǎn)錄，另一股鏈不轉(zhuǎn)錄；其二是模板鏈并非永遠(yuǎn)在同一單鏈上幾種類型的RNA：含量及作用1，信使RNA(mRNA)：它占全部RNA的5%左右。轉(zhuǎn)座子的種類：插入序列、類插入序列、復(fù)合轉(zhuǎn)座子、 TnA家族 第三章 生物信息的傳遞(上) ——轉(zhuǎn)錄（從DNARNA）轉(zhuǎn)錄：生物體以DNA的一條鏈為模板，按照堿基配對原則，在依賴DNA的RNA聚合酶的作用下合成一條與DNA鏈的一定區(qū)段互補(bǔ)的RNA鏈，這個(gè)過程稱為轉(zhuǎn)錄。分子生物學(xué)總復(fù)習(xí)第二章 染色體與DNA真核細(xì)胞染色體與原核細(xì)胞染色體的主要區(qū)別：數(shù)量：真核數(shù)量多，原核一般只有一條位置：真核的染色體位于細(xì)胞核的核仁，原核的染色體位于擬核組成方式：真核染色體的DNA與蛋白質(zhì)完全融合在一起，原核染色體外裹著稀疏的蛋白質(zhì)原核生物與真核生物基因組的特點(diǎn)原核生物：結(jié)構(gòu)簡練、存在轉(zhuǎn)錄單元：多順反子、有重疊基因真核生物：含有大量重復(fù)序列：（有哪幾種重復(fù)序列？）、功能DNA序列大多被非功能DNA所隔開（外顯子和內(nèi)含子）、存在C值矛盾（Cvalue paradox) 染色體的組裝核小體的組成成分？核小體是如何一步一步組裝成染色體的？整個(gè)過程中的壓縮情況如何？ DNA復(fù)制的幾個(gè)基本原則半保留復(fù)制： 含義及具體過程半不連續(xù)復(fù)制：含義及具體過程；崗崎片斷、前導(dǎo)鏈、隨從鏈RNA引物：作用，為什么需要RNA引物？復(fù)制的真實(shí)性的保證： DNA復(fù)制過程中有哪些機(jī)制保證其遺傳信息的穩(wěn)定性DNA復(fù)制過程（原核生物為例）(掌握過程）l 確定復(fù)制的起始點(diǎn)l 解開雙鏈DNA,提供單鏈DNA模板l 形成復(fù)制叉l DNA合成的起始和延長l 形成帶有新合成的DNA片段的復(fù)制泡l 復(fù)制的終止同時(shí)需要掌握的內(nèi)容DNA解開成單鏈的過程中，拓?fù)洚悩?gòu)酶、解旋酶和單鏈結(jié)合蛋白分別起什么作用？ 復(fù)制叉、復(fù)制子的概念無論是原核生物還是真核生物，DNA的復(fù)制主要是從固定的起始點(diǎn)以雙向等速復(fù)制方式進(jìn)行的。編碼鏈：與RNA序列相同的那條DNA鏈，又稱正(+) 鏈、有意義鏈模板鏈：指導(dǎo)RNA合成的DNA鏈稱，又稱負(fù)()鏈 、反意義鏈不對稱轉(zhuǎn)錄：在多基因的雙鏈DNA分子中，每個(gè)基因的模板不是全在同一條鏈上，也就是在雙鏈DNA分子中的一條鏈，對于某基因是有義鏈，但對另一個(gè)基因則可能是反義鏈。大腸桿菌中占總RNA的2%。相異：①引物。大腸桿菌RNA聚合酶的組成1，E. coli RNA聚合酶的核酶（ core enzyme ）：由α2ββ’ 組成作用：參與轉(zhuǎn)錄的全過程，但不能精確起始2. E. coli RNA聚合酶的全酶 (holoenzyme)：核酶＋σ因子σ因子負(fù)責(zé)模板鏈的選擇與轉(zhuǎn)錄的起始。DNase Ⅰ足跡法的基本原理與DNA 化學(xué)測序法有些相似. 首先將待測雙鏈DNA 片段中一條單鏈的一端選擇性地進(jìn)行末端標(biāo)記, 然后加入恰當(dāng)濃度的DNase Ⅰ, 使在DNA 鏈上隨機(jī)形成缺口, 經(jīng)變性后電泳分離, 放射自顯影, 即可形成以相差一個(gè)核苷酸為梯度的DNA 條帶. 但當(dāng)DNA 片段與相應(yīng)的序列特異性DNA 結(jié)合蛋白結(jié)合后, DNA 結(jié)合蛋白可保護(hù)相應(yīng)的DNA 序列不受DNase Ⅰ的攻擊, 因而在放射自顯影圖譜上, DNA 梯度條帶在相應(yīng)于DNA 結(jié)合蛋白的結(jié)合區(qū)域中斷, 從而形成一空白區(qū)域, 恰似蛋白質(zhì)在DNA 上留下的足跡,因而被形象地稱作足跡法. 如果同時(shí)進(jìn)行DNA 化學(xué)測序, 即可判斷出結(jié)合區(qū)的精確順序. 原核啟動(dòng)子區(qū)的經(jīng)典結(jié)構(gòu)（PPT）原核啟動(dòng)子保守區(qū)的功能1， sextama box(35區(qū))：RNA聚合酶識別位點(diǎn)，該序列提供了RNA聚合酶識別的信號。是使起始復(fù)合物由關(guān)閉狀態(tài)轉(zhuǎn)變成啟動(dòng)狀態(tài)的特定序列轉(zhuǎn)錄的基本過程1，啟動(dòng)子的識別2，轉(zhuǎn)錄起始3，RNA鏈的延伸4，終止啟動(dòng)子識別、轉(zhuǎn)錄的起始，生成非專一的,不穩(wěn)定的復(fù)合物在模板上移動(dòng)；2. 起始識別：全酶與－35序列結(jié)合，產(chǎn)生封閉的酶啟動(dòng)子二元復(fù)合物closed binary plex）；，模板DNA局部變性，形成開放的啟動(dòng)子二元復(fù)合體；4. 酶移動(dòng)到起點(diǎn)，第一和二個(gè)NTP相連,σ因子釋放,形成酶啟動(dòng)子NTP三元復(fù)合體（ternary plex）。2，依賴于ρ因子的終止依賴于ρ因子的終止的特點(diǎn)：1，轉(zhuǎn)錄的RNA也具有發(fā)夾結(jié)構(gòu)，但發(fā)夾結(jié)構(gòu)后無poly(U)2,形成的發(fā)夾結(jié)構(gòu)較疏松，莖環(huán)上不富含GC3，終止需要ρ因子的參與4，與不依賴于ρ因子的終止一樣，終止信號存在于新生的RNA鏈上而非DNA鏈上過程（PPT）真核生物的轉(zhuǎn)錄和原核轉(zhuǎn)錄的不同點(diǎn)： (1) 原核只有一種RNA聚合酶，而真核細(xì)胞有三種聚合酶； (2) 啟動(dòng)子的結(jié)構(gòu)特點(diǎn)不同，真核有三種不同的啟動(dòng)子和有關(guān)的元件； (3) 真核的轉(zhuǎn)錄有很多蛋白質(zhì)因子的介入。2，真核生物的上游啟動(dòng)子元件包括通常位于－75 bp 附近的CAAT box（相當(dāng)于原核啟動(dòng)子的sextama box）和GC box作用：控制轉(zhuǎn)錄起始的頻率，基本不參與起始位點(diǎn)的確定原核生物mRNA的加工（PPT）真核mRNA前體的加工真核生物的mRNA轉(zhuǎn)錄后加工步驟：加帽216。 作用：穩(wěn)定mRNA和翻譯模板活性有關(guān)mRNA前體的剪接剪除內(nèi)含子，連接外顯子加 帽帽子（甲基化的鳥苷酸）的類型１,在末端鳥苷的第7位上存在單個(gè)甲基化位點(diǎn)的稱O型帽子２,在次末端核苷酸的核糖上的2′0H位點(diǎn)上還有一個(gè)甲基位點(diǎn)的稱1型帽子３,此外，在第三個(gè)核苷酸的核糖上（2′0H）有甲基化位點(diǎn)的稱2型帽子這三種帽子都有特殊面對面核苷酸結(jié)構(gòu)帽子結(jié)構(gòu)的功能：(1)有助于mRNA越過核膜，進(jìn)入胞質(zhì)；(2)保護(hù)539。2,PolyA大大提高mRNA在胞質(zhì)中的穩(wěn)定性。它導(dǎo)致了DNA所編碼的遺傳信息的改變。 此外，在合成的各個(gè)階段還有許多蛋白質(zhì)、酶和其他生物大分子參與。 煙草花葉病毒外殼蛋白亞基由400個(gè)氨基酸組成，而相應(yīng)的RNA片段長約1200個(gè)核苷酸實(shí)驗(yàn)破譯三聯(lián)子密碼一，以均聚物、隨機(jī)共聚物和特定序列的共聚物為模板指導(dǎo)多肽的合成二， 核糖體結(jié)合技術(shù)/三聯(lián)體結(jié)合實(shí)驗(yàn)：核糖體結(jié)合技術(shù)的原理及實(shí)驗(yàn)操作遺傳密碼的性質(zhì)一、遺傳密碼的簡并性：簡并的含義、什么叫同義密碼子、密碼子簡并的生物學(xué)意義、一些常見的密碼子（如起始密碼子、終止密碼子）二、密碼子的普遍性與特殊性：含義三、密碼子的變偶性：含義、擺動(dòng)假說四、密碼子無標(biāo)點(diǎn)、不重疊tRNA(第二遺傳密碼)tRNA在蛋白質(zhì)合成中處于關(guān)鍵地位，它不但為每個(gè)三聯(lián)密碼子翻譯成氨基酸提供了接合體，還為準(zhǔn)確無誤地將所需氨基酸運(yùn)送到核糖體上提供了運(yùn)送載體tRNA的三葉草型二級結(jié)構(gòu)：五臂四環(huán)、各區(qū)的作用tRNA的三級結(jié)構(gòu)：L型tRNA的功能：識別mRNA鏈上的密碼子；轉(zhuǎn)移氨基酸作用tRNA的分類無義突變校正與錯(cuò)義突變校正的概念、校正tRNA在怎么校正無義突變及錯(cuò)義突變核糖體核糖核蛋白的結(jié)構(gòu)：l 由大小二亞基組成 l 給位（P位，肽位）： 起始時(shí)， tRNAimet結(jié)合于核糖體的肽位延長成肽后，肽鏈轉(zhuǎn)到此位。而在真核生物中，40S小亞基首先與MettRNAMet相結(jié)合，再與模板mRNA結(jié)合，最后與60S大亞基結(jié)合生成80S 真核生物蛋白質(zhì)生物合成的起始機(jī)制與原核生物基本相同，其差異主要是核糖體較大，有較多的起始因子參與，其mRNA具有m7GpppNp帽子結(jié)構(gòu)，MettRNAMet不甲?；?，mRNA分子539。按照mRNA模板密碼子的排列，氨基酸通過新生肽鍵的方式被有序地結(jié)合上去。接著，新生的肽鏈和tRNA從核糖體上釋放，核糖體大、小亞基解體，蛋白質(zhì)合成結(jié)束。真核細(xì)胞只有一個(gè)（RF）終止因子。分子生物學(xué)研究方法二、限制性核酸內(nèi)切酶：是一類能夠識別雙鏈DNA分子中的某種特定核苷酸序列，并由此切割DNA雙鏈結(jié)構(gòu)的核酸水解酶。Ⅱ限制性核酸內(nèi)切酶切割雙鏈DNA產(chǎn)生3種不同的切口。 ②酶用量過大，大于100U/微克DNA。 ⑥Mn2+、Cu2+、Co2+、Zn2+等非Mg2+的二價(jià)離子的存在。大腸桿菌和其他細(xì)菌的DNA連接酶以NAD+作為能量來源，動(dòng)物細(xì)胞和噬菌體的連接酶則以ATP作為能量來源。步驟：（0℃）預(yù)處理的低滲氯化鈣溶液中，便會造成細(xì)胞膨脹（形成原生質(zhì)球）。 核酸的凝膠電泳自從瓊脂糖（agarose）和聚丙烯酰胺（polyacrylamide）凝膠被引入核酸研究以來，按分子量大小分離DNA片段的凝膠電泳技術(shù)，已經(jīng)發(fā)展成為一種分析鑒定重組DNA分子及蛋白質(zhì)與核酸相互作用的重要實(shí)驗(yàn)手段，也是現(xiàn)在通用的分子生物學(xué)研究方法。在一般情況下，核酸分子之糖磷酸骨架中的磷酸基團(tuán)，是呈離子化狀態(tài)的，所以，DNA和RNA多核苷酸鏈又被稱為多聚陰離子，把這些核酸分子放置在電場當(dāng)中，它們就會向正電極的方向遷移。能在一個(gè)試管內(nèi)將所要研究的目的基因或某一DNA片段于數(shù)小時(shí)內(nèi)擴(kuò)增至十萬乃至百萬倍PCR反應(yīng)體系標(biāo)準(zhǔn)的PCR反應(yīng)體系4種dNTP混合物 各200umol/L引物 　　　　 　 各10～100pmol模板DNA 　　　 ～2ugTaq DNA聚合酶 Mg2+ 　　　　　 PCR中應(yīng)注意的事項(xiàng)（一）防止污染試劑小量分裝吸頭及EP管一次性使用器皿及工作區(qū)域要分開，無菌操作（二）設(shè)立對照：陽性對照： 陽性模板陰性對照： 陰性模板試劑對照： 除模板外的所有組分 基因克隆技術(shù)基因克?。ǚ肿涌寺olecular cloning）通過體外重組技術(shù),將一段目的DNA經(jīng)切割、連接插入適當(dāng)載體,并導(dǎo)入受體細(xì)胞，進(jìn)行永久保存和復(fù)制的過程。只有當(dāng)他們在空間上接近時(shí)才能行使激活轉(zhuǎn)錄的功能。 核酸雜交技術(shù)（一）Southern Blot原理：將待檢測的DNA分子經(jīng)限制性內(nèi)切酶消化后，通過瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行分離，繼而將其變性并按其在凝膠中的位置轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素薄膜或尼龍膜上，固定后再與同位素或其它標(biāo)記物標(biāo)記的DNA或RNA探針進(jìn)行反應(yīng)。用途：檢測RNA樣品中是否含有基因的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物（mRNA）及其含量。siRNA形成之后，與一系列特異性蛋白結(jié)合形成siRNA誘導(dǎo)干擾復(fù)合體(RISC)，此復(fù)合物通過堿基互補(bǔ)配對識別靶mRNA 并使其降解，從而導(dǎo)致特定基因沉默。遺傳圖與物理圖 遺傳作圖（Genetic mapping） 采用遺傳學(xué)分析方法將基因或其它DNA順序標(biāo)定在染色體上構(gòu)建連鎖圖。 限制性作圖（Restriction mapping）  熒光原位雜交（Fluorescent in situ hybridization, FISH）作圖 順序標(biāo)簽位點(diǎn)（Sequen