常用分子生物學(xué)軟件講解-wenkub
2023-01-28 22:22:27 本頁(yè)面
【正文】 其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（ Geank），引物設(shè)計(jì)窗口（ Primer Design），酶切分析窗口（ Restriction Sites）和Motif分析窗口。 限制酶切位點(diǎn)分析 ? DNAssist ? 原因是大多軟件只對(duì)線性序列進(jìn)行分析，那么cNNNNN…NNNgaatt 環(huán)狀的序列就找不到EcoR I的位點(diǎn)。在一個(gè)項(xiàng)目中可以加入幾千個(gè)序列或引物，并在整個(gè)項(xiàng)目中分析這些序列及標(biāo)題。 ? DNATools設(shè)計(jì)的用戶友好、強(qiáng)大，快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫(kù)查詢獲得的序列相關(guān)信息。 DNASIS ? DNASIS for Windows （ Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.） 97年推出的一個(gè)功能強(qiáng)大的序列分析軟件。 ? 查找核酸限制性酶切位點(diǎn)、基元（ Motif）及開(kāi)放閱讀框（ ORF），設(shè)計(jì)并評(píng)估 PCR、測(cè)序引物。 2. Endnote ?是一個(gè)在線專業(yè)資料查找系統(tǒng) ,可以保存查找資料 ,并在文章中對(duì)引用格式化 . 二、 實(shí)驗(yàn)實(shí)施階段 隨著實(shí)驗(yàn)的進(jìn)行，就必須對(duì)實(shí)驗(yàn)過(guò)程中的 DNA、 RNA和蛋白質(zhì)的信息進(jìn)行各種處理，包括限制酶分析、引物設(shè)計(jì)、同源序列比較、質(zhì)粒作圖、結(jié)構(gòu)域 (motif)查找、 RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)分析、三維結(jié)構(gòu)顯示等方面的內(nèi)容。較常使用軟件： Reference Manager 1. Reference Manager 可以在線通過(guò)查找關(guān)鍵詞搜索 PubMed和 609個(gè) ,同時(shí)保存查找的資料為本地文件。 資料內(nèi)容和記錄分上下兩個(gè)屏幕，如有全文或想連接網(wǎng)絡(luò)時(shí)敲鍵盤就可到相應(yīng)的全文文章和摘要。 綜合軟件 Omiga ? Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計(jì)的功能。 ? 查找蛋白質(zhì)解蛋白位點(diǎn)（ Proteolytic Sites）、基元、二級(jí)結(jié)構(gòu)等。 ? 包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行 DNA、 RNA、蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢等功能，足可滿足一般實(shí)驗(yàn)室的要求。 ? DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開(kāi)作為序列。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。 ? DNAssist EcoR I位點(diǎn)找出來(lái)。 Primer ? 顧名思義，該軟件就是用來(lái)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的。 序列的同源比較（ Alignment） ? GeneDoc GeneDoc能用用亮麗的色彩來(lái)區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報(bào)告為進(jìn)化樹(shù)的格式。 Analysis Workbench, MACAW)是一個(gè)用來(lái)構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。 ? 4． 可以很容易地編輯每一個(gè) block。 ?多序列比較在分子生物學(xué)中是一個(gè)基本方法，用來(lái)發(fā)現(xiàn)特征序列，進(jìn)行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測(cè)新序列二級(jí)結(jié)構(gòu)與三級(jí)結(jié)構(gòu)，確定 PCR引物，以及在分子
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