差異表達(dá)分析ppt課件(已修改)
2025-05-15 22:25 本頁(yè)面
【正文】 第七講 Quantile Normalization 使每張芯片 /通道的強(qiáng)度值有相同的分布(intensity distribution) Quantile normalization Before After Quantile normalization R語(yǔ)言和 bioconductor 差異表達(dá)基因分析 單張 cDNA芯片差異表達(dá)基因 差異表達(dá)基因分析 基因表達(dá)譜芯片實(shí)驗(yàn)的主要目的之一是發(fā)現(xiàn)兩個(gè)樣本間差異表達(dá)基因。 通常采用基因在實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組中信號(hào)的比值作為衡量基因在兩種狀態(tài)下基因的表達(dá)差異，在雙色熒光系統(tǒng)中，用 Cy5/Cy3的比值來(lái)衡量基因的表達(dá)差異，也稱(chēng)表達(dá)差異值。在 Affymetrix等短的寡核苷酸芯片中，采用單色熒光標(biāo)記的方式，實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組分別用兩張芯片進(jìn)行檢測(cè)，表達(dá)差異值即為兩張芯片的信號(hào)比值。 噪聲和芯片本身的一些因素以及生物學(xué)本身的特點(diǎn)給篩選差異表達(dá)基因帶來(lái)了很大的麻煩。必須設(shè)定一個(gè)差異表達(dá)基因的判定標(biāo)準(zhǔn)。這個(gè)篩選的標(biāo)準(zhǔn)就稱(chēng)為差異表達(dá)基因的閾值。 倍數(shù)法 倍數(shù)法 倍數(shù)法是比較常用的一種方法，因?yàn)楸容^簡(jiǎn)單和直接。 但是，這種方法也是有其重大缺陷的。比如，在某個(gè)實(shí)驗(yàn)中，基因表達(dá)水平的變化不大，如果選擇判別域值為 2倍，則有可能找不到幾個(gè)差異表達(dá)的基因，假陰性率比較高。但如果是主觀縮小判斷域值，又有可能增大假陽(yáng)性率。 這一方法沒(méi)有考慮到差異表達(dá)的統(tǒng)計(jì)顯著性。 Z值法 在一張 cDNA芯片上一般都點(diǎn)了很多基因，其實(shí)這些基因中只有很小一部分表達(dá)有差異，所以一般都假設(shè)表達(dá)的比率值滿足正態(tài)分布。 Z=(X181。)/σ . |Z|= 在寡核苷酸芯片中，芯片上的基因在相應(yīng)實(shí)驗(yàn)條件下或相應(yīng)組織中也只是有很小一部分基因有表達(dá)，可以假定強(qiáng)度滿足對(duì)數(shù)正態(tài)分布，同樣可以對(duì)其作 Z變換，使其具有統(tǒng)計(jì)意義。 如果實(shí)驗(yàn)體系中沒(méi)有一條差異表達(dá)的基因， Z值法還是會(huì)挑選出 5％的差異表達(dá)基因。這是因?yàn)樵谛酒瑢?shí)驗(yàn)中，總有一些由于背景噪聲產(chǎn)生的假陽(yáng)性點(diǎn)。如果實(shí)際上實(shí)驗(yàn)中有大量的基因發(fā)生表達(dá)改變， Z值法還是機(jī)械的找出 5％的
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