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生物信息學(xué)的應(yīng)用-文庫吧

2025-07-31 23:03 本頁面


【正文】 和剪貼板 (Clipboard)等功能進(jìn)行精細(xì)檢索 圖 64 NCBIEntrz gene檢索界面 Entrez 綜合生物信息數(shù)據(jù)庫檢索系統(tǒng)將核酸序列、蛋白質(zhì)序列、基因圖譜、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)等數(shù)據(jù)庫整合在一起。而且可以通過其生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)摘要數(shù)據(jù)庫( MEDLINE),獲取序列相關(guān)的文獻(xiàn)信息??梢岳?Entrez crossdatabase 數(shù)據(jù)庫進(jìn)行綜合信息檢索(圖 65)。 圖 65 NCBIEntrez crossdatabase檢索界面 美國國家生物技術(shù)信息中心 ( NCBI) Entrez Entrez ,The Life Sciences Search Engine PubMed: biomedical literature citations and abstracts 是一個醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)網(wǎng)絡(luò)搜索界面 BLAST ( Basic Local Alignment search Tool) 是 DNA 或氨基酸序列比對分析的重要軟件 OMIM: online Mendelian Inheritance in Man 人類孟德爾遺傳數(shù)據(jù)庫在線 Books: online books TaxBrowser: Taxonomy browser 分類瀏覽器 Structure: 該目錄下最重要的資源是分子模型數(shù)據(jù)庫 MMDB 及 Cn3D 生物大分子三維模型查看軟件 ?EMBL和 GenBank數(shù)據(jù)庫識別標(biāo)志 EMBL識別標(biāo)志 GenBank識別標(biāo)志 含義 ID LOCUS 標(biāo)識字符串及短描述字 XX 為閱讀清晰而加的空行 AC ACCESSION 唯一的提取號 SV VERSION 序列版本號 DT DATE 建立日期 DE DEFINITION 簡單的描述 KW KEYWORDS 關(guān)鍵字 OS SOURCE 來源生物體 OC ORGANISM 生物體分類譜系 RN REFERENCE 引文編號 RC REMARK 引文注釋 RP 其他注釋 RX MEDLINE MEDLINE引文代碼 RA AUTHORS 引文作者 RT TITLE 引文題目 RL JOURNAL 引文出處 CC COMMENT 評注 DR 相關(guān)數(shù)據(jù)庫交叉引用號 FH FEATURES 特性表頭 FT 特征表 SQ EMBL序列開始,后跟長度、字母數(shù) BASE COUNT GeneBank堿基數(shù) ORIGIN GeneBank序列開始標(biāo)志,為空行 // // 序列結(jié)束標(biāo)志 ?GenBank核酸數(shù)據(jù)庫實(shí)例 以人畜共患的病源菌鼠傷寒沙門氏菌( Salmonella typhimurium ) H1相抗原基因 H1i為例,簡要說明 GenBank核酸數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)格式。 LOCUS STYFLGH1I 1485 bp DNA linear BCT 26APR1993 DEFINITION Salmonella typhimurium H1i gene encoding phase 1 flagellar filament protein (flagellin), plete cds. ACCESSION M11332 VERSION GI:153978 KEYWORDS flagellin. SOURCE Salmonella typhimurium ORGANISM Salmonella typhimurium Bacteria。 Proteobacteria。 Gammaproteobacteria。 Enterobacteriales。 Enterobacteriaceae。 Salmonella. REFERENCE 1 (bases 1 to 1485) AUTHORS Joys,. TITLE The covalent structure of the phase1 flagellar filament protein of Salmonella typhimurium and its parison with other flagellins JOURNAL J. Biol. Chem. 260 (29), 1575815761 (1985) PUBMED 2999134 序列標(biāo)識 簡單描述 序列編號 版本號 關(guān)鍵詞 物種來源 物種分類 引文編號 引文作者 引文標(biāo)題 引文出處 COMMENT Original source text: SL877 DNA. Draft entry and clean copy sequence for [1] kindly provided by , 18FEB1986. Individual Salmonella serotypes usually alternate between the production of two antigenic forms of flagella, termed phase1 and phase2, each specified by separate structural genes. Both ends of the flagellin gene act in the regulation of flagellin synthesis. FEATURES Location/Qualifiers source 1..1485 /anism=Salmonella typhimurium /mol_type=genomic DNA /db_xref=taxon:602 CDS 13..1485 /note=phase1 flagellar filament protein /codon_start=1 /transl_table=11 /protein_id= /db_xref=GI:153979 評注 特征表 編碼區(qū) /translation=MAQVINTNSLSLLTQNNLNKSQSALGTAIERLSSGLRINSAKDD AAGQAIANRFTANIKGLTQASRNANDGISIAQTTEGALNEINNNLQRVRELAVQSANS TNSQSDLDSIQAEITQRLNEIDRVNGQTQFSGVKVLAQDNTLTIQVGANDGETIDIDL KQINSQTLGLDTLNVKYKVSDTAATVTGYADTTIALDNSTFKASATGLGGTDEKID GDLKFDDTTGKYYAKVTVTGGTGKDGYYEVSVDKTNGEVTLAAVTPATVTTATALSGK MYSANPDSDIAKAALTAAGVTGTASVVKMSYTDNNGKTIDGGLAVKVGDDYYSATQDK DGSISIDTTKYTADNGTSKTALNKLGGADGKTEVVTIDGKTYNASKAAGHDFKAEPEL AEQAAKTTENPLQKIDAALAQVDTLRSDLGAVQNRFNSAITNLGNTVNNLSSARSRIE DSDYATEVSNMSRAQILAGTSVLAQANQVPQNVLSLLR ORIGIN 98 bp upstream of TaqI site. 1 aaggaaaaga tcatggcaca agtcattaat acaaacagcc tgtcgctgtt gacccagaat 61 aacctgaaca aatcccagtc cgctctgggc accgctatcg agcgtctgtc ttccggtctg 121 cgtatcaaca gcgcgaaaga cgatgcggca ggtcaggcga ttgctaaccg ttttaccgcg 181 aacatcaaag gtctgactca ggcttcccgt aacgctaacg acggtatctc cattgcgcag 241 accactgaag gcgcgctgaa cgaaatcaac aacaacctgc agcgtgtgcg tgaactggcg 301 gttcagtctg ctaacagcac caactcccag tctgacctcg actccatcca ggctgaaatc 蛋白序列 基因序列 361 acccagcgtc tgaacgaaat cgaccgtgta aatggccaga ctcagttcag cggcgtgaaa 421 gtcctggcgc aggacaacac cctgaccatc caggttggtg ccaacgacgg tgaaactatc 481 gatatcgatc tgaagcagat caactctcag accctgggtc tggatacgct gaatgtgcaa 541 caaaaatata aggtcagcga tacggctgca actgttacag gatatgccga tactacgatt 601 gctttagaca atagtacttt taaagcctcg gctactggtc ttggtggtac tgacgagaaa 661 attgatggcg atttaaaatt tgatgatacg actggaaaat attacgccaa agttaccgtt 721 acggggggaa ctggtaaaga tggctattat gaagtttccg ttgataagac gaacggtgag 781 gtgactcttg ctgcggtcac tcccgctaca gtgactactg cgacagcact gagtggaaaa 841 atgtacagtg caaatcctga ttctgacata gctaaagccg cattgacagc agcaggtgtt 901 accggcacag catctgttgt taagatgtct tatactgata ataacggtaa aactattgat 961 ggtggtttag cagttaaggt aggcgatgat tactattctg caactcaaga taaagatggt 1021 tccataagta ttgatactac gaaatacact gcagataacg gtacatccaa aactgcacta 1081 aacaaactgg gtggcgcaga cggcaaaacc gaagtcgtta ctatcgacgg taaaacctac 1141 aatgccagca aagccgctgg tcatgatttc aaagcagaac cagagctggc ggaacaagcc 1201 gctaaaacca ccgaaaaccc gctgcagaaa attgatgctg ctttggcaca ggttgacacg 1261 ttacgttctg acctgggtgc ggtacagaac cgtttcaact ccgctattac caacctgggc 1321 aacaccgtaa acaacctgtc ttctgcccgt agccgtatcg aagattccga ctacgcgacc 1381 gaagtctcca acatgtctcg cgcgcagatt ctgcagcagg ccggtacctc cgttctggcg 1441 caggcgaacc aggttccgca aaacgtcctc tctttactgc gttaa // 記錄結(jié)束 ? 少量序列利用 BankIt提交,大量序列利用 Sequin程序進(jìn)行提交。 ? NCBI網(wǎng)站提供數(shù)據(jù)查詢、序列相似性搜索等服務(wù),從
點(diǎn)擊復(fù)制文檔內(nèi)容
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