【正文】 文本塊后可以進(jìn)行上下拖移和改變形狀的功能； 按下鼠標(biāo)右鍵可 以更改格式，點(diǎn)選 Properties 后可選擇許多不同表示方法(圖 )： (圖 )。圖 利用 Properties 進(jìn)行編輯后的結(jié)果 如果是在文本塊下按鼠標(biāo)右鍵， 并點(diǎn)選 Properties 可以進(jìn)行對文字的編輯(圖 )：圖 利用 Properties 進(jìn)行文字的編輯 (圖 )。圖 Properties 文字編輯的結(jié)果 　 在最旁邊有個回形針的按鈕(圖 )，點(diǎn)選之后可以輸入相關(guān)的文字作為批 注。所輸入的文字也可以進(jìn)行相關(guān)的調(diào)整： 圖 為圖形增加文字批注 　 按下 OK 就會顯示在圖譜窗口上(圖 )， 所輸入的文字批注也會在文字窗口 中出現(xiàn)。圖 圖形的批注結(jié)果 NOTE：想要刪除圖形或是文字的話可以點(diǎn)選欲刪除的區(qū)塊，按下鼠標(biāo)右鍵或是 進(jìn)入 Edit 內(nèi)選擇 Delete Feature Form FMap，再按確定就可以了。 圖形的輸出：在畫好圖片后，要如何從 Vector NTI 中輸出呢？我們只要執(zhí)行 指令(圖 )就可以將圖形復(fù)制，操作方式同上一章所述。 圖 將編輯好的圖形輸出 　 圖形輸出后可以進(jìn)行再編輯，以復(fù)制到 PowerPoint 為例子(圖 )，輸出的圖 輸出到 PowerPoint 的圖形結(jié)果 圖形為群組圖案，我們只要取消群組圖案后就可以編輯圖形和文字了。 　 如此一來我們就有一張漂亮的序列圖形，可以應(yīng)用在報(bào)告或論文寫作上了。 　序列轉(zhuǎn)譯　 用戶可以將 DNA 序列藉由 Vector NTI 軟件轉(zhuǎn)譯成為胺基酸序列，第一個方 按鈕(圖 )： 式如前一章所介紹的在主程序下直接用 圖 將 DNA 序列轉(zhuǎn)成胺基酸 　 如果想要取消這項(xiàng)功能，只要按下 就可以了(圖 )。 圖 取消 DNA 序列轉(zhuǎn)成胺基酸 ，輸出后必須 要再調(diào)整字型跟格式。 　 另一種作法是將欲轉(zhuǎn)譯的序列選取后， 進(jìn)入上方 Analyses→Translation(圖 ) 功能進(jìn)行轉(zhuǎn)譯：圖 利用 Analyses→Translation，將 DNA 序列轉(zhuǎn)成胺基酸 　 在進(jìn)行轉(zhuǎn)譯之前，使用者可以針對特定的物種設(shè)定轉(zhuǎn)譯的密碼，主程序的密 碼設(shè)定為一般標(biāo)準(zhǔn)的密碼，我可以進(jìn)入 Set Genetic Code(圖 )來更改密碼：圖 利用 Genetic code 更改轉(zhuǎn)譯密碼 ，用戶若要進(jìn)行密碼編輯時(圖 )，可以按下 NEW 這個按鈕進(jìn)行編輯：圖 選取海大斑馬魚密碼進(jìn)行編輯 　 　 決定好密碼后，用戶即可使用 Analyses→Translation→Into New Protein 來進(jìn)行圖 利用 Direct Strand 來進(jìn)行序列正股轉(zhuǎn)譯 序列轉(zhuǎn)譯的功能： 　 其中 Direct Strand(圖 )是將 DNA 序列進(jìn)行正股轉(zhuǎn)譯；Complementary Strand 是將序列的互補(bǔ)股進(jìn)行轉(zhuǎn)譯；而 6 Frame Translation 是將正股和互補(bǔ)股各從起使 第一、第二和第三的位置進(jìn)行轉(zhuǎn)譯，所以會有六個胺基酸序列數(shù)據(jù)產(chǎn)生(圖 )：圖 進(jìn)行 DNA 序列正股轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果 　 執(zhí)行這三個指令后程序會產(chǎn)生一個新的窗口(若采用 6 Frame Translation 功能 則會產(chǎn)生六個)，在程序執(zhí)行轉(zhuǎn)譯功能前會跳出一個建立序列的窗口(圖 )，用 戶可以在此窗口命名和進(jìn)行相關(guān)的批注，也可以將此序列檔案存放在 Local Database 的特定位置：圖 序列轉(zhuǎn)譯之前的命名及批注編輯 　 完成之后按確定就會出現(xiàn)序列轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果(圖 )：圖 序列轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果 　 進(jìn)行轉(zhuǎn)譯功能后所產(chǎn)生的窗口，其界面的操作方式跟原本的窗口完全相同， 我們可以進(jìn)行序列編輯、繪圖以及數(shù)據(jù)輸出，在文字窗口的 Analysis 項(xiàng)目可以看 到本程序?qū)D(zhuǎn)譯出蛋白質(zhì)序列的相關(guān)批注。 　 Feature(圖 )：這個選項(xiàng)的功能和上述功能很接近，差別只是在于用戶可 以利用此功能直接轉(zhuǎn)譯序列中的某特定區(qū)段， 只要把光標(biāo)點(diǎn)選欲分析的區(qū)塊就可 以執(zhí)行此功能：圖 利用 Feature 工具，可以直接轉(zhuǎn)譯序列中所選取的部分 　　 CDS with Splicing：這個項(xiàng)目將在日后進(jìn)行 Intron、Exon 分析時再進(jìn)行更進(jìn) 一步的說明。 Analyses→Translation→In Sequence Pane：這個項(xiàng)目其實(shí)就等于 按鈕，其 內(nèi)建的功能跟 Into New Protein 是一樣的， 差別只是在于轉(zhuǎn)譯的結(jié)果直接顯示在原 本的序列上方。除此之外最下面多了一個 ORFs 的功能，這個功能可以幫助我們 分析序列的 Open reading frame： 首先使用者需先將分析 Open reading frame(圖 ) 的功能打開。先將鼠標(biāo)指向序列窗口，按下鼠標(biāo)右鍵點(diǎn)選 Display Setup：圖 利用 ORF 工具，進(jìn)行序列分析 　 我們只要把 ORFs 的項(xiàng)目打勾，若需要進(jìn)行調(diào)整則按下 ， 此功能用戶可以自行設(shè)定 Open reading frame 的判定標(biāo)準(zhǔn)，完成之后按下 OK，用 戶將會在此窗口見到程序所注記的 Open reading frame 片段(圖 )：圖 利用 ORF 得到由 ORF 分析的結(jié)果 　 若要重新設(shè)定 Open reading frame 的分析只要執(zhí)行 Analyses→Translation→In Sequence Pane→ORFs，就可以重新進(jìn)行條件設(shè)定(此項(xiàng)目等同于 )。 　 Back Translation：此功能能夠幫助用戶把胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯成為 DNA 序列， 使用者只要選取欲分析之片段，接著執(zhí)行 Analyses→Back Translation 即可，執(zhí)行 反轉(zhuǎn)譯功能后會出現(xiàn)一個新窗口(圖 )：圖 利用 Back Translation 將胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯為 DNA 序列 　 窗口上方的序列是原本的胺基酸序列，下方是進(jìn)行反轉(zhuǎn)譯后所產(chǎn)生之 DNA 序列，我們可以根據(jù)物種的不同來進(jìn)行條件的設(shè)定，Translation Table 可以下拉選 擇物種。而 degenerate 的選項(xiàng)則可以調(diào)整退化程度，越往右邊拉則序列退化度會 越大，反轉(zhuǎn)譯出所產(chǎn)生的 DNA 序列也就越趨于復(fù)雜。窗口上方的 Table 指令可 以調(diào)整轉(zhuǎn)譯功能的相關(guān)參數(shù)設(shè)定，Camera 指令可以輸出反轉(zhuǎn)譯的序列。 ://　限制酶切位分析在 NTI 主程序中， 用戶可以針對序列的限制酶切位和切割后的片段進(jìn)行分析 (圖 )。在主程序中，開啟上方 Analysis 選項(xiàng)進(jìn)入 Restriction Analysis：圖 限制酶切位和切割后的片段分析 　 在 Restriction Sites 的選項(xiàng)中用戶可以設(shè)定欲分析的限制酶：圖 利用 Restriction Sites 選項(xiàng)設(shè)定欲分析的限制酶 　 在窗口的左邊是程序默認(rèn)的限制酶(圖 )，欲進(jìn)行調(diào)整可以點(diǎn)選 Remove 或 是 Remove All 移除。若要新增限制酶可以點(diǎn)選 Add 增加：圖 選取數(shù)據(jù)庫中所要的限制酶 　 選取欲分析的限制酶后按 OK(圖 )， Restriction Sites 窗口下再按一次 OK 在圖 選取的限制酶，分析產(chǎn)生的結(jié)果 就可以進(jìn)行分析了： 　 使用者可以看到圖譜和序列窗口都會顯示用戶加入的限制酶， 并且都注明了 剪切的位置；在文字窗口(圖 ) 打開文件夾，可整理每種限制酶的切位位置： (圖 )：點(diǎn)選此項(xiàng)目可以分析剪切出來的片段大小：圖 選擇欲分析的片段進(jìn)行分析 　 選擇想要分析的限制酶按 OK： 　 在文字窗口(圖 )就可以看到分析的結(jié)果。 RFLP：這個項(xiàng)目可以比較分析同一限制酶對不同序列切出來的片段數(shù)目(圖 )：圖 利用 RELP 比較分析同一限制酶對不同序列切出來的片段數(shù)目 　 左邊的項(xiàng)目為其他的序列（可復(fù)選） ，這些序列數(shù)據(jù)是已經(jīng)內(nèi)建或是儲存在 Local Database 中， 用戶可以在 Subset 項(xiàng)目中轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)。 右邊的字段可以選擇限制 酶（可復(fù)選） 。選擇好之后按下 Calculate 程序就會顯示分析后的結(jié)果(圖 )：圖 利用 RELP 顯示出所選取的分析結(jié)果 　 　 窗口中 Create Gel 的項(xiàng)目往后會再進(jìn)一步介紹。 Find Common NonCutting Enzymes(圖 )：這個項(xiàng)目可以幫用戶分析哪些限制酶 不會對序列進(jìn)行切割：圖 使用 Find Common NonCutting Enzymes 　 左邊的窗口可以選擇序列（可復(fù)選） ，右邊可以選擇限制酶（可復(fù)選） 。點(diǎn)選 完畢之后再按下 Start： 　 分析的結(jié)果會以一個窗口顯示(圖 )，用戶可以按 Print 打印結(jié)果，或是按 Save 儲存。 （也可用 Camera 指令復(fù)制到別的檔案） 　 Restriction Report(圖 )：這個選項(xiàng)可以把所有限制酶對序列剪切的結(jié)果進(jìn) 行統(tǒng)計(jì)，這份表格同樣可以進(jìn)行打印、儲存和復(fù)制：圖 將所有限制酶對序列剪切的結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì) 　 假設(shè)海大頂尖中心研發(fā)出一個限制酶 TsjI，其辨認(rèn)剪切的序列是目前市上所 沒有的，若要放入 Vector NTI 軟件進(jìn)行分析，用戶需先進(jìn)入到 Local Database 里 面點(diǎn)選左上角的 Enzymes 選項(xiàng)(圖 )：圖 選取 Enzymes 選項(xiàng)，將新的限制酶加入數(shù)據(jù)庫 　 接下和建立序列資料的作法一樣，使用者可以制作一個新的限制酶的檔案 (圖 )：圖 制作新的限制酶檔案 (圖 )：圖 設(shè)定限制酶的辨認(rèn)序列和切點(diǎn) 按下確定就可建立好限制酶的數(shù)據(jù)(圖 )，用戶可以針對此限制酶進(jìn)行分析：圖 建好的限制酶資料結(jié)果 NOTE：限制酶的辨認(rèn)序列除了 A、T、C、G 之外還有其他字母，這些字母分別 代表： R = A or G Y = T or C　 W = A or T S = G or C M = A or C K = G or T　 H = A or T or C　 B = C or T or G V = A or C or G　 D = A or G or T　 N = A or C or G or T 　電泳膠片分析　 Vector NTI 可以將使用者的基因序列放在一個模擬的膠片中，并且模擬電泳 選項(xiàng)后會出現(xiàn)下列窗口(圖 )：圖 模擬電泳圖分析設(shè)定 圖分析的結(jié)果。點(diǎn)選 　 此窗口中用戶可以設(shè)定電泳的條件，例如電泳片的大小、種類、電壓、緩沖 液等；在左下角的 View Parameters 選項(xiàng)可以設(shè)定電泳運(yùn)作的時間。設(shè)定好之后按 OK 就可以進(jìn)入以下畫面： ，會得到左邊窗口的樣子 　 選 右邊的窗口是用戶的電泳膠片，左邊的窗口會有詳細(xì)的文字?jǐn)⑹?。使用者點(diǎn) 選項(xiàng)就可以選擇 Marker(圖 )：圖 選擇所要制作的膠片 (圖 )：圖 加入膠片之后的結(jié)果，呈現(xiàn)在右邊窗口 　 接著加入使用者的樣品，只要點(diǎn)選 　 選項(xiàng)即可： 圖 加入使用者樣品 此設(shè)定窗口(圖 )和上一章所提到的 RFLP 設(shè)定完全相同，用戶只要選取數(shù) 據(jù)庫中的基因序列及限制酶后，再按下 Add to Gel 就可以加入膠片中了： 　 此窗口(圖 )樣品和限制酶一樣可以復(fù)選， 使用者可以針對不同的需求進(jìn)行 調(diào)整，要放入膠中的分析物只要按下 Add to Gel，選取完所有的樣品后關(guān)閉此窗 口就可以進(jìn)行電泳分析，把光標(biāo)移至電泳片上方：圖 加入樣品后的結(jié)果，電泳分析的結(jié)果 　 使用者可以見到上方有一個時間軸的按鈕 ，只要點(diǎn)最 ，時間旁邊的兩個按鈕可以手動控制電泳分析的時 間：圖 控制電泳分析時間，分析不同的時間點(diǎn) 　 若要停止電泳分析只要在膠片上面在點(diǎn)一下鼠標(biāo)左鍵就可以了。 電泳分析的 結(jié)果的儲存方式和主程序的儲存方式相同。使用者打開左邊的文件夾后，會見到 電泳分析的結(jié)果；右手邊膠片數(shù)字編號的部分，按下鼠標(biāo)右鍵后也可以見到電泳 分析的結(jié)果(圖 )：圖 打開左窗口的檔案，于右窗口得到電泳分析結(jié)果 　 使用者還可以計(jì)算被限制酶剪切的片段在膠片上分離的時間， 只要用鼠標(biāo)選 就可以了(圖 )： 取欲分析之片段，再按下 圖 剪切限制酶的片段，進(jìn)行片段的電泳分析 　 電泳圖的顏色和線條可以進(jìn)行編輯，用戶只要在左邊窗口(圖 、)中 選項(xiàng)進(jìn)行編輯： 的文件夾按下鼠標(biāo)右鍵或是點(diǎn)選 圖 在文件夾按鼠標(biāo)右鍵，以編輯電泳圖的顏色或線條 圖 設(shè)定電泳圖的線條 ，使用者可以在 Local Database 里 面設(shè)定使用者自己的 Marker(圖 )：圖 選取自己數(shù)據(jù)庫的 Marker 　 用戶在 Local Database 的窗口(圖 )中點(diǎn)選 Gel Markers 選項(xiàng)，就可以自行 加入新的 Marker 檔案，用戶將 Marker 的數(shù)據(jù)設(shè)定好之后按下確定即可。圖 加入新的 Marker 檔案 　 如此一來就可以在電泳分析的功能中加入用戶自己的 Marker。除此之外， 選項(xiàng)之 使用者還可以利用內(nèi)建的序列和限制酶建立屬于自己的 Marker。 點(diǎn)選 ：圖 使用內(nèi)建的序列和限制酶，建立屬于自己的 Marker 　 選擇序列數(shù)據(jù)和限制酶之后點(diǎn)選 Save as Gel Marker 即可儲存在 Local Database 中。 　 Add to Gel Sample List：這一項(xiàng)功能可以將用戶欲分析的電泳片段存取在一 個程序內(nèi)建的數(shù)據(jù)窗口，用戶可以利用此窗口進(jìn)行快速存取，接口十分友善。 用戶可以利用鼠標(biāo)選取欲分析之序列后，點(diǎn)選 按下 ，結(jié)果如圖 ：圖 使用 Add to Gel Sample List，來進(jìn)行快速存取 選項(xiàng)，接著在電泳的操作窗口 　 選取使用者欲加入電泳片的 sample， 再點(diǎn)選 選項(xiàng)就可以加入膠片中 （畫 面(圖 )上膠片為選取第 7 個樣品） ：圖 選擇觀看電泳片中的某些樣品 　 用戶可以善用 Add to Gel Sample List 指令收集欲分析的 sample 后，再將數(shù) 就可以刪除；如果 據(jù)匯入電泳片進(jìn)行分析，如果不要此筆數(shù)據(jù)，按下 想要把此數(shù)據(jù)當(dāng)作 Marker 的話只要按下 就會把該筆數(shù)據(jù)設(shè)定成為 Marker(圖 )。 （和自己建立 Marker 的作法相同） ：圖 將選取的數(shù)據(jù)當(dāng)作 Marker ：上一章提到 RFLP 時，有個 Create Gel 的指令(圖 )，點(diǎn)選后就會 變成膠片電泳分析的操作畫面：圖 使用 Create Gel，進(jìn)行膠片電泳分析 　 藉由此操作模式，可以直接觀看電泳分析的結(jié)果，對于要經(jīng)常