《計(jì)算機(jī)的計(jì)算能力》ppt課件-文庫(kù)吧
2025-04-18 07:14 本頁(yè)面
【正文】 AGCAAACACTTCCGGTTTTAAAAATTCAGTTTGTGATTGGCTGTCATTCAGTATTATGCTAATTAAGCATGCCCGGTTTTAAACCTCTTAAAACAACTTTTAAAATTACCTTTCCACCTAAAACGTTAAAATTTGTCAAGTGATAATATTCGACAAGCTGTTATTGCCAAACTATTTTCCTATTTGTTTCCTAATGGCATCGGAACTAGCGAAAGTTTCTCGCCATCAGTTAAAAGTTTGCGGCAGATGTAGACCTAGCAGAGGTGTGCGAGGAGGCCGTTAAGACTATACTTTCAGGGATCATTTCTATAGTGTGTTACTAGAGAAGTTTCTCTGAACGTGTAGAGCACCGAAAACCACGAGGAAGAGAGGTAGCGTTTTCATCGGGTTACCTAAGTGCAGTGTCCCCCCTGGCGCGCAATTGGGAACCCCACACGCGGTGTAGAAATATATTTTAAGGGCGCG (1250 characters) 關(guān)鍵是先要從一個(gè)個(gè)序列片段中得到這本天書(shū) 破譯人類(lèi)遺傳密碼就要讀懂由 30億符號(hào)組成的 100萬(wàn)頁(yè)的“天書(shū)” 怎么辦 … My god!好多數(shù)據(jù)啊??！ CCGGTCTCCCCGCCCGCGCGCGAAGTAAAGGCCCAGCGCAGCCCGCGCTCCTGCCCTGGGGCCTCGTCTTTCTCCAGGAAAACGTGGACCGCTCTCCGCCGACAGTCTCTTCCACAGACCCCTGTCGCCTTCGCCCCCCGGTCTCTTCCGGTTCTGTCTTTTCGCTGGCTCGATACGAACAAGGAAGTCGCCCCCAGCGAGCCCCGGCTCCCCCAGGCAGAGGCGGCCCCGGGGGCGGAGTCAACGGCGGAGGCACGCCCTCTGTGAAAGGGCGGGGCATGCAAATTCGAAATGAAAGCCCGGGAACGCCGAAGAAGCACGGGTGTAAGATTTCCCTTTTCAAAGGCGGGAGAATAAGAAATCAGCCCGAGAGTGTAAGGGCGTCAATAGCGCTGTGGACGAGACAGAGGGAATGGGGCAAGGAGCGAGGCTGGGGCTCTCACCGCGACTTGAATGTGGATGAGAGTGGGACGGTGACGGCGGGCGCGAAGGCGAGCGCATCGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGTATCTGTTCTTATCAGTTTAATATCTGATACGTCCTCTATCCGAGGACAATATATTAAATGGATTGATCAATCCGCTTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGACGGTGCCATCACGCCCAGCTCATTGTTGATTCCCGCCCCCTTGGTAGAGACGGGATTCCGCTATATTGCCTGGGCTGGTGTCGAACTCATAGAACAAAGGATCCTCCCTCCTGGGCCTGGGCGTGGGCTCGCAAAACGCTGGGATTCCCGGATTACAGGCGGGCGCACCACACCAGGAGCAAACACTTCCGGTTTTAAAAATTCAGTTTGTGATTGGCTGTCATTCAGTATTATGCTAATTAAGCATGCCCGGTTTTAAACCTCTTAAAACAACTTTTAAAATTACCTTTCCACCTAAAACGTTAAAATTTGTCAAGTGATAATATTCGACAAGCTGTTATTGCCAAACTATTTTCCTATTTGTTTCCTAATGGCATCGGAACTAGCGAAAGTTTCTCGCCATCAGTTAAAAGTTTGCGGCAGATGTAGACCTAGCAGAGGTGTGCGAGGAGGCCGTTAAGACTATACTTTCAGGGATCATTTCTATAGTGTGTTACTAGAGAAGTTTCTCTGAACGTGTAGAGCACCGAAAACCACGAGGAAGAGAGGTAGCGTTTTCATCGGGTTACCTAAGTGCAGTGTCCCCCCTGGCGCGCAATTGGGAACCCCACACGCGGTGTAGAAATATATTTTAAGGGCGCG 生物信息學(xué) 在生物信息的急劇膨脹的壓力下誕生。 一般意義上，生物信息學(xué)是研究生物信息的采集、處理、存儲(chǔ)、傳播、分析和解釋等各方面的一門(mén)學(xué)科，它通過(guò)綜合利用 生物學(xué) 、 計(jì)算機(jī)科學(xué) 和 信息技術(shù) 揭示大量而復(fù)雜的生物數(shù)據(jù)所賦有的生物學(xué)奧秘。 生物信息學(xué)的定義 生物信息學(xué)的研究 ? 以核酸蛋白質(zhì)等生物大分子為主要 研究對(duì)象 ? 以信息、數(shù)理、計(jì)算機(jī)科學(xué)為主要 研究手段 ? 以計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)為主要 研究環(huán)境 ? 以計(jì)算機(jī)軟件為主要 研究工具 ? 對(duì)序列數(shù)據(jù)進(jìn)行 存儲(chǔ)、管理、注釋、加工 ? 對(duì)各種數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行 查詢(xún)、搜索、比較、分析 ? 構(gòu)建各種類(lèi)型的專(zhuān)用 數(shù)據(jù)庫(kù)信息系統(tǒng) ? 研究開(kāi)發(fā)面向生物學(xué)家的 新一代計(jì)算機(jī)軟件 生物信息學(xué) – 研究方向 ? 基因組序列裝配 ? 基因識(shí)別 ? 基因功能預(yù)報(bào) ? 基因多態(tài)性分析 ? 基因進(jìn)化 ? mRNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) ? 基因芯片設(shè)計(jì) ? 基因芯片數(shù)據(jù)分析 ? 疾病相關(guān)基因分析 ? 蛋白質(zhì)序列分析 ? 蛋白質(zhì)家族分類(lèi) ? 蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè) ? 蛋白質(zhì)折疊研究 ? 代謝途徑分析 ? 轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制 ? 蛋白質(zhì)芯片設(shè)計(jì) ? 蛋白質(zhì)芯片數(shù)據(jù)分析 ? 藥物設(shè)計(jì) 生物信息學(xué) – 研究方法 ? 利用數(shù)理統(tǒng)計(jì)、模式識(shí)別、動(dòng)態(tài)規(guī)劃、密碼解讀、語(yǔ)意解析、信令傳遞、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、遺傳算法以及隱馬氏模型等各種方法 ? 對(duì)序列、結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)進(jìn)行 定性和定量分析 ，從中獲取基因編碼、基因調(diào)控、序列 結(jié)構(gòu) 功能關(guān)系等理性知識(shí) ? 闡明細(xì)胞、器官和個(gè)體的發(fā)生、發(fā)育、病變、衰亡的基本規(guī)律和 時(shí)空聯(lián)系 ? 探索生命起源、生物進(jìn)化、生命本質(zhì)等重大理論問(wèn)題，最終建立 “ 生物學(xué)周期表 ” 生物信息學(xué)熱點(diǎn)問(wèn)題（ 1） ? 基因組時(shí)期：序列－結(jié)構(gòu)－功能 – DNA測(cè)序和拼接 – 分子生物數(shù)據(jù)庫(kù) – 序列比對(duì) – 分子進(jìn)化 – 蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定 – 序列注釋?zhuān)夯蝾A(yù)測(cè)、細(xì)胞定位 – 結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)： RNA結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、蛋白質(zhì)折疊 – 。 生物信息學(xué)熱點(diǎn)問(wèn)題（ 2） ? 后基因組時(shí)期：相互作用－網(wǎng)絡(luò)－功能 – 生物芯片（ DNA芯片、蛋白質(zhì)芯片） – 相互作用網(wǎng)絡(luò) – 調(diào)控網(wǎng)絡(luò) – 藥物設(shè)計(jì) – 。 熱點(diǎn) Ⅰ ： DNA測(cè)序和拼接 ? 鳥(niǎo)槍法 (Shotgun)測(cè)序：得到 DNA片斷 隨機(jī)地切很多次 基因組 forwardreverse linked reads ? plasmids (2 – 10 Kbp) ? cosmid (40 Kbp) known dist ~500 bp ~500 bp 序列拼接：將片斷拼接為完整基因組 DNA片斷（ Reads） 基因組 全基因組 Shotgun 拼接 1. 找重疊 reads 4. 最后推導(dǎo)出一致的序列 ..ACGATTACAATAGGTT.. 2. 把重疊 reads合并成 contigs 3. 把 contigs 連接起來(lái)形成 supercontigs ? 比較片段集合中所有的片段對(duì) ,獲得可能存在的重疊部分(Overlap) ? 建立所有片段的相互組合關(guān)系 (Layout) ,以片段為頂點(diǎn) ,重疊的片段相互
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