計算機的計算能力ppt課件(已改無錯字)
2023-06-03 07:14:55 本頁面
【正文】 331 PI3 kinase Amyotrophic Lateral Sclerosis 105400 SOD1 K00065 SOD1 J03279 Superoxide dismutase Myotonic Dystrophy 160900 DM L19268 YPK1 M21307 Serine/threonine protein kinase Lowe Syndrome 309000 OCRL M88162 YIL002C Z47047 Putative IPP5phosphatase Neurofibromatosis, Type 1 162200 NF1 M89914 IRA2 M33779 Inhibitory regulator protein Choroideremia 303100 CHM X78121 GDI1 S69371 GDP dissociation inhibitor Diastrophic Dysplasia 222600 DTD U14528 SUL1 X82022 Sulfate permease Lissencephaly 247200 LIS1 L13385 MET30 L26505 Methionine metabolism Thomsen Disease 160800 CLC1 Z25884 GEF1 Z23117 Voltagegated chloride channel Wilms Tumor 194070 WT1 X51630 FZF1 X67787 Sulphite resistance protein Achondroplasia 100800 FGFR3 M58051 IPL1 U07163 Serine/threoinine protein kinase Menkes Syndrome 309400 MNK X69208 CCC2 L36317 Probable copper transporter 序列比對的意義 ? 在生物學(xué)的研究中，將未知序列同已知序列進行比較分析已經(jīng)成為一種強有力的研究手段 ，生物學(xué)領(lǐng)域中絕大部分的問題在計算機科學(xué)領(lǐng)域中主要體現(xiàn)為序列或字符串的問題 。 如果兩個序列具有足夠的相似性，則認為兩者具有同源性。 兩條序列之間的比對 計算機科學(xué)當中已經(jīng)有比較成熟的串問題的算法 AGGCTATCACCTGACCTCCAGGCCGATGCCC TAGCTATCACGACCGCGGTCGATTTGCCCGAC AGGCTATCACCTGACCTCCAGGCCGATGCCC TAGCTATCACGACCGCGGTCGATTTGCCCGAC 分子的動態(tài)模擬 代謝途徑模擬 計算在生物問題中的角色 實驗產(chǎn)生的龐大生物數(shù)據(jù) 計算 實驗 專業(yè)領(lǐng)域知識 理論模型 或假說 證實 /新數(shù)據(jù) 合理 設(shè)計 數(shù)據(jù)挖掘 …. 計算扮演一個十分重要的角色 ….. 生物信息學(xué)中的幾個計算問題 ? 舉例： – Vertex cover – motif finding – DSSP (Distinguishing String Selection Problems) 一、 Vertex cover ? DNA sequences A,G,T,C代表四個 DNA的基本元素 105個互不相同的 DNA序列 G A T T C C A G T…………………………………… ? Give n(here,n= 105) DNA sequences, can you find 60 of them whose remove makes the remaining sequences consistent? ? 問題： 105個基因序列中 ,只去掉 60個 ,使得剩下的序列相似 . ? 模型： – 作一個圖，每個 DNA串是圖中的一個點。 – 兩個串比較，不相同的話加一條邊進行連接，每條邊對應(yīng)兩個不同的 DNA。 移除邊上的任意一點相當于刪除這條邊。 – 這個圖上的信息量可以用計算機來計算，大約為 10萬的平方。 – 在圖中找到 60個點后就沒有邊了，系統(tǒng)可用 – 如果超過 60個點還有邊，系統(tǒng)不可用 ? 問題等價于： Give a graph ,can you find 60 vertices whose remove makes the graph has no edge? ? Vertex cover(點覆蓋 ):Give a graph, can you find k vertices such that each edge has at least one end in these k vertices? ? 另一種說法： ? Give a graph G of n vertices , decide if there are k vertices whose remove makes the graph edgeless. ? Try any subset of 60 vertices and check if it make a vertex cover(點覆蓋 ) ? 圖中每 60個點拿出來試一試： 若 n比 60 大得多， ≈n60 實際中無法使用，需要對它進行改進。 (not solvable practically)NPhard 60nC(2) motif finding 醫(yī)學(xué)上的問題：已知幾個串中有癌癥細胞，要求從中找出這幾個串它們的共性，也即是說，尋找一個子串，在每個串（或是大部分串）中都出現(xiàn)。 ? 子串相似性的定義：在串中間插、刪、改的次數(shù)不超過 6次，使得兩個子串相同。 －表示相似的子串 k＝ 20， 每個串長度為 2022 序列模體 (Motif) TGTGAAAGACTGTTTTTTTGATCGTTTTGACAAAAATGGAAGTCCACA AAGTCCACATTGATTATTTGCACGGCGTCACACTTTGCTATCCCATAG TGATGTACTGCATGTATGCAAAGGACGTCAGATTACCGTGCAGTACAG TAAACGATTCCACTAATTTATTCCATGTCACTCTTTTCGCATCTTTGT ACATTACCGCCAATTCTGT
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