計算機(jī)的計算能力ppt課件(編輯修改稿)
2025-05-30 07:14 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 連接，構(gòu)成圖 Phrap算法 Phrap 算法最后一步是定義有向代權(quán)圖 ,并在圖中找 出一條最佳路徑 ,使得這條路徑經(jīng)過每個頂點恰好一次 Hamiltonian 路徑問題 Euler 算法 ? 建立所有片段的相互關(guān)系 , 即構(gòu)造 deBrujin 圖 . 以每個片段為圖中的線 ,重復(fù)片段則相當(dāng)于用膠水膠在一塊 ,用統(tǒng)一的一條線來表示 疊放重復(fù)片斷 將重復(fù)片斷看作一個 拼接成長序列 ,即找出一條歐拉路線 , 使得此路徑經(jīng)過每一條線恰好一次 Eulerian路徑問題 ? 序列拼接問題可以轉(zhuǎn)換為 – Hamiltonian 路徑問題 – Eulerian 路徑問題 轉(zhuǎn)換為計算問題 熱點 Ⅱ ：生物信息數(shù)據(jù)庫 ? DNA序列： A、 C、 G、 T組成的字符串 atggcaattaaaattggtatcaatggttttggtcgtatcggccgtatcgtattccgtgca gcacaacaccgtgatgacattgaagttgtaggtattaacgacttaatcgacgttgaatac atggcttatatgttgaaatatgattcaactcacggtcgtttcgacggcactgttgaagtg aaagatggtaacttagtggttaatggtaaaactatccgtgtaactgcagaacgtgatcca gcaaacttaaactggggtgcaatcggtgttgatatcgctgttgaagcgactggtttattc ttaactgatgaaactgctcgtaaacatatcactgcaggcgcaaaaaaagttgtattaact ggcccatctaaagatgcaacccctatgttcgttcgtggtgtaaacttcaacgcatacgca ggtcaagatatcgtttctaacgcatcttgtacaacaaactgtttagctcctttagcacgt gttgttcatgaaactttcggtatcaaagatggtttaatgaccactgttcacgcaacgact gcaactcaaaaaactgtggatggtccatcagctaaagactggcgcggcggccgcggtgca tcacaaaacatcattccatcttcaacaggtgcagcgaaagcagtaggtaaagtattacct gcattaaacggtaaattaactggtatggctttccgtgttccaacgccaaacgtatctgtt gttgatttaacagttaatcttgaaaaaccagcttcttatgatgcaatcaaacaagcaatc aaagatgcagcggaaggtaaaacgttcaatggcgaattaaaaggcgtattaggttacact gaagatgctgttgtttctactgacttcaacggttgtgctttaacttctgtatttgatgca gacgctggtatcgcattaactgattctttcgttaaattggtatc . . . . . . caaaaatagggttaatatgaatctcgatctccattttgttcatcgtattcaa caacaagccaaaactcgtacaaatatgaccgcacttcgctataaagaacacggcttgtgg cgagatatctcttggaaaaactttcaagagcaactcaatcaactttctcgagcattgctt gctcacaatattgacgtacaagataaaatcgccatttttgcccataatatggaacgttgg gttgttcatgaaactttcggtatcaaagatggtttaatgaccactgttcacgcaacgact acaatcgttgacattgcgaccttacaaattcgagcaatcacagtgcctatttacgcaacc aatacagcccagcaagcagaatttatcctaaatcacgccgatgtaaaaattctcttcgtc ggcgatcaagagcaatacgatcaaacattggaaattgctcatcattgtccaaaattacaa aaaattgtagcaatgaaatccaccattcaattacaacaagatcctctttcttgcacttgg ? 蛋白質(zhì)序列： 20種氨基酸構(gòu)成的序列（ A、 R、 N、 D、 C、 Q、 E、 G、 H、 I、L、 K、 M、 F、 P、 S、 T、 W、 Y和 V） 龐大的數(shù)據(jù)信息需要數(shù)據(jù)庫保存 ? DNA數(shù)據(jù)庫 – EMBL – GenBank – DDBJ ? 蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 – SWISSPROT – PIR – PDB 熱點 Ⅲ ： 序列比對 ? 用于同源查找：從不同的生物中找到相似之處 ? 人類 vs. 老鼠 vs. 酵母 (以下數(shù)據(jù)來自 NCBI 疾病數(shù)據(jù)庫 ) Best Sequence Similarity Matches to Date Between Positionally Cloned Human Genes and S. cerevisiae Proteins Human Disease MIM Human GenBank BLASTX Yeast GenBank Yeast Gene Gene Acc for Pvalue Gene Acc for Description Human cDNA Yeast cDNA Hereditary Nonpolyposis Colon Cancer 120436 MSH2 U03911 MSH2 M84170 DNA repair protein Hereditary Nonpolyposis Colon Cancer 120436 MLH1 U07418 MLH1 U07187 DNA repair protein Cystic Fibrosis 219700 CFTR M28668 YCF1 L35237 Metal resistance protein Wilson Disease 277900 WND U11700 CCC2 L36317 Probable copper transporter Glycerol Kinase Deficiency 307030 GK L13943 GUT1 X69049 Glycerol kinase Bloom Syndrome 210900 BLM U39817 SGS1 U22341 Helicase Adrenoleukodystrophy, Xlinked 300100 ALD Z21876 PXA1 U17065 Peroxisomal ABC transporter Ataxia Telangiectasia 208900 ATM U26455 TEL1 U31
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