中華大學(xué)生物資訊學(xué)系專題報告-文庫吧
2025-03-20 23:07 本頁面
【正文】 Protein Information Resource)為PIRInternational這個大分子序列資料收集中心所維持的蛋白質(zhì)序列資料庫此中心包括National BiomediCal Research Foundation (NBRF) Protein Information Resource (PIR)，日本Japan International Protein Information Datebase Martinscried Institute for Protein Sequence (MPS) 提供了我們各個資料庫轉(zhuǎn)換成uniport的資料。(圖一)()圖一:PIR擷取碼轉(zhuǎn)換範例例如紅框處分別為 GI資料庫裡的653 04095與 EMBL 資料庫的CR940353轉(zhuǎn)換成uniport的擷取碼為Q4U9M9。Inparanoid()裡面有物種對物種的同源蛋白序列資料，本專題由此資料庫擷取酵母菌()、線蟲()、果蠅()、阿拉伯芥( na)、人類()、大腸桿菌()的同源蛋白配對資料。共包括了5792個酵母菌蛋白質(zhì)、26819個阿拉伯芥蛋白質(zhì)、20084個線蟲蛋白質(zhì)、13854個果蠅蛋白質(zhì)、22 (圖二)。圖二:Inparanoid同源蛋白資料範例例如紅框中編號1的群組，、AT1G8007 。而HOMSA為Homo sapiens的縮寫，縮寫方式為取Homo的前面三個字母與sapiens前面兩個字母，其他物種也是以此方式進行縮寫。(二)專題進行 本專題為了讓在研究過程更有計畫，並且進行重點式的研究，所以製作了專題流程表(表一)。表一:專題流程圖(1)進行資料整合 由於PIR提供的資料過於凌亂(圖一)，所以我們利用程式，先進行整理，整理出7個資料庫對應(yīng)UNIPORT的擷取碼，例如CYGD有6644筆、Wormbase有22833筆、TAIR有26459筆 、Ensembl有223568筆、dictyBase有12750筆、FlyBase有38724筆
化學(xué)相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號-1