【正文】 ? ISISDraw軟件與常見通用辦公軟件的配合。 ChemSketch 軟件的功能與應用 ? ChemSketch 的生產(chǎn)廠家 :Advanced Chemistry Development Inc. (ACD). 最新版本為 ? 軟件的功能 : 繪制分子結構式和化學反應式 繪制幾何、化學示意圖、電子云圖 化學實驗裝臵 顯示分子的三維結構圖 計算分子的結構參數(shù)和其他簡單性質 分子結構自動命名和其他功能 ? 軟件的大?。?(壓縮 ), 需要 . ? 軟件的使用環(huán)境： windows 9x, 2022, me, NT ChemSketch 軟件的使用性能 ? 軟件的菜單 ,窗口結構和操作指令 ? 調整窗口結構和設定參數(shù) ? 繪制分子結構和反應式 ? 繪制電子云圖和其他化學示意圖 ? 繪制實驗裝臵圖 ? 三維分子模型的自動生成和演示 ? 根據(jù)分子結構自動進行命名 ? 根據(jù)繪制的結構測定分子性質 ? 測定分子的空間參數(shù) (角度 \長度 \兩面角 ) Chemsketch軟件的實際應用 ? 繪制分子式和反應式 ? 繪制電子云圖和分子軌道示意圖 ? 繪制曲線圖和其他簡單圖形 ? 繪制化學實驗裝臵圖 ? 將繪制的分子結構進行標準化命名 ? 將繪制的分子結構轉換成三維分子模型 ? 進行簡單的各種三維分子演示 ? 測定繪制的分子相關性質 Chemoffice軟件簡介 ? 生產(chǎn)廠商： CambridgeSoft Corporation（美國） ? 公司網(wǎng)址： ? 軟件的主要組成（完整版 Ultra）： ? Chemdraw(分子結構繪制軟件） ? Chem3d(分子模型軟件） ? Chemfinder（分子結構數(shù)據(jù)庫軟件） ? Cheminfo（分子字典軟件） ? 軟件的主要版本：流行的有 ， ， ，以及2022， 2022， 2022版等 軟件的主要功能 ? 能夠繪制各種分子結構與示意圖 ? 能夠轉換并顯示分子模型圖 ? 能夠建立并使用分子結構數(shù)據(jù)庫（帶檢索功能） ? 能夠根據(jù)繪制的分子結構估計其 NMR的化學位移數(shù)據(jù) ? 進行簡單的量子化學計算并給出分子的基本數(shù)據(jù) ? 繪制化學裝臵圖 軟件的主要界面 ? Chemdraw界面窗口 ? Chem3d界面窗口 ? Chemfinder界面窗口 ? Chemoffice 功能演示 2022/2/14 趙文元 2022 46 ChemOffice Pro 2022 (W) ChemBioDraw Ultra ChemBio3D Ultra ChemNMR Pro ChemFinder Pro Struct=Name Pro ChemDraw/Excel Pro CombiChem/Excel Pro ENotebook Ultra ChemScript Pro ChemDraw ActiveX/Plugin Pro Chem3D ActiveX Pro MestReC Std 第二節(jié) 計算機輔助建立分子結構模型 ? 建立分子模型的理論和實際意義 ? 顯示微觀世界，研究分子結構，提供反應機理，研究分子性質，測定分子結構參數(shù)。 ? 需要解決的技術問題 ? 建立和修改分子結構模型，化學和物理規(guī)則檢驗，三維演示功能，多種顯示方式的轉換，必要的結構信息分析與測定手段，分子結構的優(yōu)化能力，分子模型的輸出與輸入方法。網(wǎng)址： 。 ? 軟件的操作界面和基本操作指令 :分子模型窗口，分子組成窗口，分子數(shù)據(jù)窗口。 ? 建立分子模型：直接建立分子模型，利用相似分子修改建立分子模型， 2022/2/14 趙文元 2022 50 ? 顯示分子模型：棒狀、球棒狀、空間填充狀，生物大分子顯示方法，礦物晶體顯示方法，模擬電子顯微鏡下狀態(tài)。 ? 結構參數(shù)測定：鍵長、鍵角、兩面角、分子組成等。 ? 分子模型的輸出如輸入方法：輸出格式： .msv,PDB格式，MDL格式， XYZ坐標格式， VRML格式， GIF格式， JPEG格式，BMP格式等 13種。 DS Viewer Pro軟件的安裝與使用 ? 軟件的安裝： zip軟件解壓， setup安裝 ? 軟件窗口： 3D Window, hierarchy Window, data table. ? 3D Window: 菜單（ view, tools, modify, window),操作工具（分子模型建立工具，分子模型操作工具，分子模型測量工具等） ? hierarchy Window：分子樹， ? data table：數(shù)據(jù)表，卡片標識 ? 軟件的基本使用方法。 ? 2． 用 ISIS/Draw軟件繪制小分子結構 （ 二氧六環(huán) 、 苯甲酸 、 偶氮苯 、 異戊二烯等 ） 。 ? 4． 用一個分子結構繪制軟件完成甲苯的硝基化反應： ? 5． 用 WORD和 ISIS/Draw軟件共同完成上述硝基化反應 ， 并加以文字描述 。 ? 7． 用 WebLab ViewerPro軟件繪制環(huán)己烷的椅式構象和船式構象模型（ 球棒結構 ） ， 并從不同角度觀察 。 能量反應速度反應物苯取代反應甲苯間位取代甲苯鄰位取代第五章 :計算機在結構化學計算和化學過程模擬中的應用 ? 計算機結構化學計算方法：從頭計算 (ab initio calculation), 半經(jīng)驗計算 (semiexpirical calculation), 分子力學計算(molecular mechanics calculation)，其中后者還可以分成靜態(tài)計算、動態(tài)計算和 Monte Carlo計算。 ? 計算機的化學過程模擬：采用計算機的運算和邏輯推理等功能模擬化學真實過程。 ? 化學工程模擬的意義：減少風險，降低費用，提高研究速度 第一節(jié)：結構化學計算 AccuModel軟件的性能和使用 ? AccuModel軟件的性能和對系統(tǒng)的要求： ? AccuModel軟件的操作界面和基本操作： ? AccuModel軟件的基本應用方法 AccuModel軟件的性能和對系統(tǒng)的要求 ? 系統(tǒng)要求： windows操作系統(tǒng)， CPU486以上，內存 16Mb以上，彩色顯示器，適當高標準顯卡。 ? 工具按鈕：位于菜單下面，共計 26個。 ? 工具板：位于窗口左側，共計 48項，主要用于建立準確的分子模型。 ? 文字信息顯示窗口：用于顯示用文字表述的計算結果。 AccuModel軟件的基本應用方法 ? 建立準確的分子模型并進行多種格式顯示 ? 對分子模型進行能量最低化計算和優(yōu)化 ? 分子能量參數(shù)的計算 ? 分子基本參數(shù)的測定和計算 ? 分子的構效分析 建立準確的分子模型并進行多種格式顯示 ? 啟動軟件，并進入分子模型構筑狀態(tài) ? 選擇分子模板或者相應工具按鈕在窗口中初步建立分子模型骨架。 ? 對分子模型進行能量最低化計算和優(yōu)化，得到準確的分子模型。 對分子模型進行能量最低化計算和優(yōu)化 ? 建立或輸入一個符合要求的分子模型 ? 打開能量最低化參數(shù)設定窗口，進行計算參數(shù)設定，包括選擇計算方法、力場選擇、優(yōu)化和顯示參數(shù)選擇。 ? 打開文字信息窗口可以顯示計算過程得到的所有數(shù)據(jù)。 分子能量參數(shù)的計算 ? 建立或者輸入一個符合要求的分子模型 ? 啟動菜單中 putation/calculate energy指令進行能量計算，計算結果顯示在文字信息顯示窗口中。 分子基本參數(shù)的測定和計算 ? 輸入或者建立一個合理的分子模型，最好事先經(jīng)過能量最低化處理。 ? 測定結果顯示在文字信息窗口中。 分子的構效分析 ? 構效關系的定義：通過理論分析或數(shù)學計算得到化合物分子結構與相應性質之間定量或定性關系的過程。然后將得到的 log P與實際測得得性質進行比較進行構效分析。 ? 化學過程模擬得目的和意義：降低風險和費用、提高速度和效率、探索反應機理 ? 化學動力學的研究方法：代數(shù)分析法和數(shù)值模擬法。 ? 隨機統(tǒng)計模擬法的基本原理：根據(jù)分子碰撞反應理論，利用有限數(shù)目的粒子代替分子作為計算基礎，計算參與化學反應的反應物和產(chǎn)物濃度與時間等函數(shù)之間的關系。 ? 處理范圍寬泛，濃度和速率數(shù)值范圍可達 8個數(shù)量級。 ? 軟件的使用需要事先了解必要的反應機理、速率常數(shù)、反應條件、相關熱力學常數(shù)、物質的物理狀態(tài)、等信息。 CKS軟件的使用環(huán)境 ? 硬件環(huán)境： CPU486以上，內存 8Mb以上，VGA彩顯、配臵繪圖儀或圖形打印機。 ? 該軟件為典型的 Windows應用軟件，具有其一切特點。 CKS軟件的界面窗口介紹 ? 本軟件的窗口形式多樣，根據(jù)不同階段和要求給出不同式樣的窗口。 ? 一般執(zhí)行下拉菜單后都會給出相應的對話選擇窗口，用于填寫或選擇操作參數(shù)。確認后在出現(xiàn)的初始化窗口選擇物理量綱，確認。確認后進行其他基元反應的輸入，直到完成。 ? 執(zhí)行模擬運算： Start ? 顯示和輸出模擬計算結果： output ? 模擬結果分析解釋。 討論三種結構分別表達哪些信息 ， 各有哪些特點 ？ 從結構化學角度講 ， 建立三種結構的化學依據(jù)是什么 ？ 3． 使用化學結構計算軟件能夠將建立的分子結構利用能量最低化程序進行優(yōu)化 ， 優(yōu)化的基本原理是先小步調整分子結構 ， 再計算其能量 ， 與調整前的能量相比較 ， 如果后者小于前者 ， 則繼續(xù)沿該方向調整 ， 如果大于后者 ， 則改變調整方向 。 如環(huán)己烷的船式構象 （ 椅式構象最優(yōu) ） 。 4． 隨機模擬化學反應過程中需要選擇數(shù)量足夠的微粒數(shù)（ 模擬分子總數(shù) ） ， 用以代表參與反應的分子 。 根據(jù)理想氣體定律推算 ， 上述三個參數(shù)設定有那些規(guī)律 ？ 第五章練習題 1． 用 AccuModel 軟件 （ 也可以用其他軟件 ） 建立 18王冠 6的分子結構模型 ， 進行能量最小化處理 ， 并計算分子的能量參數(shù) 。 2． 用 AccuModel 軟件 （ 也可以用其他軟件 ） 建立青霉素分子模型 ， 進行能量最小化處理 ， 計算分子的詳細能量參數(shù) 。 3． 用 AccuModel 軟件 （ 也可以用其他軟件 ） 建立靛藍分子結構模型 ， 用能量最低化程序優(yōu)化結構 ， 并計算分子的物理化學性質 。 5． 使用 CKS ， 調整本章第二節(jié)中臭氧熱分解反應的反應條件 ， 使其剛好不發(fā)生爆炸式反應 。 7． 將五氧化二氮熱分解反應改為恒容反應 ， 模擬運行后 ， 從模擬圖中觀察壓力和溫度與時間的關系圖有哪些特點 。 第六章 計算機在數(shù)理統(tǒng)計與實驗設計中的應用 ? 數(shù)理統(tǒng)計的科學意義 ? 數(shù)據(jù)的科學性 ? 數(shù)據(jù)的代表性 ? 數(shù)據(jù)的可靠性 ? 數(shù)理統(tǒng)計的理論基礎 ? 統(tǒng)計規(guī)律 ? 統(tǒng)計理論 ? 數(shù)理統(tǒng)計方法及其應用領域 第一節(jié) 數(shù)理統(tǒng)計方法涵蓋的內容 ? 實驗設計方法： ? 使實驗數(shù)據(jù)具有最大限度的代表性。 ? 實驗數(shù)據(jù)的分析檢驗： ? 檢驗數(shù)據(jù)可靠性 。 ? 科學合理的數(shù)據(jù)分析是得出科學結論的基本保證 。 ? 包括線性回歸 、 非線性回歸和多元回歸等 。 第二節(jié) STATISTICA軟件功能和操作環(huán)境 ? 操作環(huán)境： Windows 。具有VGA或 SVGA顯卡，支持鼠標操作， CPU 386以上 .軟件共有 6張 3寸高密軟盤，解壓縮安裝之后，占用約13MB硬盤。 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析項目主要有： Statistics and Tables（基本統(tǒng)計方法與統(tǒng)計表）：包括描述性統(tǒng)計，相關性分析，獨立或非獨立樣本的 t檢驗，頻數(shù)統(tǒng)計表，概率計算及其他差異顯著性檢驗（兩個均值或百分率的檢驗）等。 ／ Distrib（非參數(shù)性統(tǒng)計分析）：包括 Chi－ square卡方檢驗， Kolmogorov－ smirnov檢驗， Wilcoxon配對符號等級檢驗，兩個獨立樣本 Mann－ Whitney檢驗，多個相關樣本 Cochran Q檢驗和多個獨立樣本 Kruskal－ Wallis檢驗等等。兩個以上樣本平均數(shù)差異顯著性檢驗，就要靠這個方差分析。如果您要調查研究人的智商是否與吃魚和吃豆腐有關，就可以用回歸法來分析。 Series／ Forecasting（時間序列及預測）：有關時間序列、探察、模型和預測技術選擇等。聚類分析實質上是尋找一種能客觀反映元素之間親疏關系的統(tǒng)計量，然后根據(jù)這種統(tǒng)計量把元素分成若干類。 Analysis（因子分析）：初始因子模型、旋轉因子模型等。 Analysis（典型分析）：典型相關性分析，典型因子協(xié)效應分析。 ? Scaling（多維比例分析）：多維距離或相似性估計等。假如您希望有可靠的交通工具，在任何時間、地點、對任何人，它都應該是