生物信息學(xué)基礎(chǔ)教程第4講：正則表達(dá)式教程-在線瀏覽
2024-12-20 14:00本頁(yè)面
【正文】 用新文本替換定位文本 sed ‘4 \c “i like it”’ s 用替換模式替換相應(yīng)模式 sed ‘s/source/okstr/”add before” amp。/p’ r 從另一個(gè)文本中讀取文本 sed ‘/name/r ’ w 寫文本到另一個(gè)文件 sed ‘s/name/”my ” amp。 4. 將當(dāng)前輸入記錄與 awk_pattern相比較，如果匹配則執(zhí)行 actions，如果不匹配則跳過(guò)讀入下一條記錄，重復(fù)執(zhí)行 3， 4，直到文件尾 5. awk把輸入文件的數(shù)據(jù)讀入內(nèi)存，然后操作內(nèi)存中的輸入數(shù)據(jù)副本，不會(huì)修改輸入文件的內(nèi)容 6. awk總是輸出到標(biāo)準(zhǔn)輸出，如果需要輸出到文件，可采用重定向 awk_pattern的格式 1. 正則表達(dá)式 /regexp/ ① 通用的正則元字符 : [] ^ $ . | () * ② +是 awk特有的元字符，匹配其前的單個(gè)字符一次以上 ③ ?也是 awk特有的元字符，匹配其前的單字符 0/1次 舉例： awk ‘/*\$0\.[09][09+.*/’ input_file 2. 布爾表達(dá)式 “ ==”，“ ”, “～ /regexp/”，“ amp?！?， “ ||” 舉例 ① awk ‘$3 ~ /*^d+/’ input_file ② awk 39。amp。 input_file actions的格式 ? actions是對(duì) awk讀取記錄進(jìn)行的操作 ? actions由一條或多條語(yǔ)句或命令組成，語(yǔ)句之間用分號(hào)分隔 awk命令 ① print “$1= ”, $1 ② printf：與 c語(yǔ)言的 printf類似 ③ next：讀取下一條記錄并處理 ④ nextfile：讀取文件列表的下一個(gè)文件 ⑤ exit： awk停止執(zhí)行并跳出。BEGIN ,x=1 。 x=y 。 y= y ‘ awk 39。 x+=2 。 print x= x 。 ? 流程控制結(jié)構(gòu) ① if (condition) {thenbody} [else {elsebody}] ② while (condition) {body} ③ do {body} while (condition) ④ for (initialization。 increment) {body} 與 C語(yǔ)言的 for結(jié)構(gòu)的語(yǔ)法相同 ⑤ break : 跳出包含它的 for、 while、 dowhile 循環(huán) ⑥ continue : 跳過(guò) for、 while、 dowhile循環(huán)的 body的剩余部分，而立刻進(jìn)行下一次循環(huán)的執(zhí)行 awk內(nèi)部變量 ? 自動(dòng)內(nèi)部變量 ① NF：當(dāng)前輸入字段的字段數(shù) ② NR：當(dāng)前輸入文件已經(jīng)被讀過(guò)的行數(shù) ③ FNR：所有輸入文件中已經(jīng)被讀過(guò)的行數(shù) ④ FILENAME：當(dāng)前輸入文件的文件名 ⑤ ARGC：命令行參數(shù)個(gè)數(shù)，輸入文件數(shù)目 +1 ⑥ ARGIND：當(dāng)前處理文件在 ARGV內(nèi)的索引 ? 字段變量： $1, $2, …, $NF, $0 ? 其他內(nèi)部變量 ① FS : 輸入記錄的字段分隔符 (默認(rèn)是空格和制表符 ) ② OFS : 輸出記錄的字段分隔符 (默認(rèn)是空格 ) ③ OFMT : 數(shù)字的輸出格式 (默認(rèn)是 %.6g) ④ RS : 輸入記錄間的分隔符 (默認(rèn)是 NEWLINE) ORS : 輸出記錄間的分隔符 (默認(rèn)是 NEWLINE) ⑤ ARGV : 命令行參數(shù)數(shù)組 ENVIRON : 存儲(chǔ)系統(tǒng)當(dāng)前環(huán)境變量值的數(shù)組，它的每個(gè)成員的索引就是一個(gè)環(huán)境變量名 舉例： cat /etc/passwd | awk 39。 awk自定義變量 ? 定義變量： varname=va
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