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清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái)用戶使用手冊(cè)-清華大學(xué)生物計(jì)算平臺(tái)介紹-展示頁(yè)

2024-11-05 08:41本頁(yè)面
  

【正文】 ................... 3 第 3 章 用戶登錄 ..................................................... 4 遠(yuǎn)程訪問軟件 ........................................................ 4 登錄步驟 ............................................................ 4 數(shù)據(jù)傳輸 ............................................................ 4 使用集群 ............................................................ 5 第 4 章 編譯及測(cè)試環(huán)境 ................................................ 6 訪問編譯環(huán)境 ........................................................ 6 軟件資源 ............................................................ 6 配置用戶的環(huán)境變量 .................................................. 7 編譯及測(cè)試 .......................................................... 8 Intel 編譯器編譯串行程序及 Openmp 程序 .......................... 8 Intel 編譯器編譯運(yùn)行 mpi 并行程序 ............................... 9 其他注意事項(xiàng): ............................................... 11 第 5 章 lsf 使用說明 ................................................. 13 隊(duì)列設(shè)定 ........................................................... 13 提交作業(yè) (bsub) ..................................................... 13 bsub 命令基本用法 ............................................. 13 OpenMP 并行作業(yè)提交 ........................................... 14 MPI 并行作業(yè)提交 .............................................. 14 大內(nèi)存并行作業(yè)提交 ........................................... 15 使用腳本提交作業(yè) ............................................. 15 狀態(tài)查看 ........................................................... 16 查看作業(yè)狀態(tài) (bjobs) .......................................... 16 查看運(yùn)行作業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)(屏幕)輸出( bpeek) ...................... 17 查看作業(yè)歷史運(yùn)行情況 (bhist) .................................. 17 查看用戶狀態(tài)( busers) ....................................... 17 查看隊(duì)列狀態(tài)( bqueues) ...................................... 17 查詢系統(tǒng)各主機(jī)狀態(tài)( bhosts) ................................. 17 查詢各主機(jī)系統(tǒng)狀態(tài)( lsload) ................................. 18 控制作業(yè)執(zhí)行 ....................................................... 18 刪除作業(yè)( bkill) ............................................ 18 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) II 作業(yè)掛起( bstop) ............................................ 18 作業(yè)恢復(fù)( bresume) .......................................... 19 調(diào)整隊(duì)列( bwitch) ........................................... 19 改變作業(yè)排隊(duì)次序( btop/bbot) ................................ 19 作業(yè)提交腳本 ....................................................... 19 典型腳本 ............................................................ 19 附錄 1: Linux 基本命令 ................................................ 21 附錄 2: Vi 使用 ...................................................... 24 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 1 第 1 章 硬件環(huán)境 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) —— 集群計(jì)算機(jī),共有 80 個(gè)計(jì)算節(jié)點(diǎn), 1280 個(gè)處理器核,處理器采用 Intel Xeon E52650,系統(tǒng)的理論浮點(diǎn)峰值計(jì)算性能達(dá)到 ,存儲(chǔ)總?cè)萘窟_(dá) 1PB。另外,系統(tǒng)還配置 2 個(gè) Nvidia Tesla M2090 的 GPU 節(jié)點(diǎn)。 login01 登錄節(jié)點(diǎn)主要作用是實(shí)現(xiàn)用戶登錄、用戶作業(yè)提交及集群系統(tǒng)作業(yè)的監(jiān)控等。編號(hào)形式為 node01~node80;其中, node01~node10 為用戶測(cè)試節(jié)點(diǎn),用戶可以直接登錄進(jìn)行程序開發(fā)和調(diào)試。 單節(jié)點(diǎn)配置為:計(jì)算節(jié)點(diǎn)均采用兩個(gè) Intel Xeon E52650 八 核處理器( , 20MB Cache) , 500G SATA 硬盤。 生物高性能計(jì)算平臺(tái)集群 作業(yè)管理系統(tǒng)以 CPU核作為并行作業(yè)的資源分配單位,實(shí)現(xiàn)并行作業(yè)的調(diào)度運(yùn) 行。 存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn) IO 存儲(chǔ)系統(tǒng)由兩個(gè) IO 存儲(chǔ)節(jié)點(diǎn)組成,分別為 ionode01 和 ionode02。存儲(chǔ)系統(tǒng)采用 GPFS 并行文件系統(tǒng)進(jìn)行管理。 管理節(jié)點(diǎn) 管理節(jié)點(diǎn)為 mgt, IP 地址為 ,負(fù)責(zé)管理整個(gè)高性能計(jì)算機(jī)群。所有節(jié)點(diǎn)間均可以通過 InfiniBand 網(wǎng)絡(luò) 實(shí)現(xiàn) 高速通信。 生物高性能計(jì)算平臺(tái)集群 通過登錄節(jié)點(diǎn) login01 接入校園網(wǎng),校內(nèi)外用戶通過以太網(wǎng)訪問 生物高性能計(jì)算平臺(tái) 。 磁盤共享 軟件共享目錄:基礎(chǔ)軟件共享目錄為 /Share/util,應(yīng)用軟件共享目錄為 /Share/app。 自家目錄下所有文件在登錄節(jié)點(diǎn) login0計(jì)算節(jié)點(diǎn) node01~node10 均有讀寫權(quán)限,其他計(jì)算節(jié)點(diǎn)是只讀權(quán)限。 用戶目錄提供穩(wěn)定的磁盤訪問模式, 用戶的軟件、模型數(shù)據(jù)(輸入文件等)建議存放在用戶目錄下。( lsf 使用方法見下第 5章)用戶在撰寫提交腳本時(shí), 建議直接使用 vi 編輯器編寫。 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 4 第 3 章 用戶登錄 遠(yuǎn)程訪問軟件 用戶需要使用支持 SSH 協(xié)議的相關(guān)軟件訪問系統(tǒng),我們推薦使用 SSH Secure Shell、SecureCRT 等。 數(shù)據(jù)傳輸 單擊 SSH Secure Shell 工具欄中的 File Transfer 鍵 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 5 得到如下窗口,將源程序及數(shù)據(jù)文件拷貝到登錄節(jié)點(diǎn)上。 注意:初次使用集群系統(tǒng)的用戶,必須在編譯環(huán)境中調(diào)試軟件。用戶可以通過 ssh命令,鍵入 ”ssh node01”,從 login01 登錄到測(cè)試節(jié)點(diǎn)編譯、調(diào)試程序。所有節(jié)點(diǎn)共享軟件服務(wù)器軟件資源,基礎(chǔ)軟件共享目錄為/Share/util,應(yīng)用軟件共享目錄為 /Share/app。 集群系統(tǒng)采用 Intel X86_64 處理器, 推薦用戶優(yōu)先使用 intel 編譯器及 mkl 數(shù)學(xué)庫(kù)進(jìn)行軟件安裝優(yōu)化, 以提高程序執(zhí)行效率。 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 7 平臺(tái)主要的軟件資源如表 1 所示。 手冊(cè)提供了各類編譯環(huán)境下的環(huán)境變量設(shè)置方法,請(qǐng)用戶恰當(dāng)選擇編譯環(huán)境,并將對(duì)應(yīng)命令行添加在 ~/.bashrc 文件中,完成環(huán)境設(shè)置。 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 9 O2(缺省值): 優(yōu)化代碼速度(推薦使用) O3: O2+激進(jìn)的優(yōu)化(循環(huán)、存儲(chǔ)訪問轉(zhuǎn)換、預(yù)?。? fast:打開 O ipo、 static、 noprecdiv 和 –xP ipo:過程間優(yōu)化 ( 2) 輸出和調(diào)試選項(xiàng) c:只生成目標(biāo)文件 S:只生成匯編文件 g:調(diào)試選項(xiàng) o file:指定生成的輸出文件名 ( 3) 浮點(diǎn)選項(xiàng) mp:維持浮點(diǎn)精度(禁止某些優(yōu)化) mp1:改善浮點(diǎn)精度。 系統(tǒng)基于 intel 編譯器安裝了多種 mpi,安裝目錄在 /opt/intel/impi 下。 ? intel mpi 的使用 程序安裝路徑: /opt/intel/impi/ impi 程序編譯: 清華大學(xué)生物高性能計(jì)算平臺(tái) 用戶使用手冊(cè) 10 使用 mpiicc、 mpiicpc、 mpiifort 來編譯 c、 c++、 fortran 程序,底層調(diào)用的是 intel 編譯器的 icc、 icpc、 ifort 進(jìn)行編譯。用戶在編譯及安裝軟件時(shí)請(qǐng)注意這一點(diǎn)。 1) 指定運(yùn)行作業(yè)的節(jié)點(diǎn)。 2) 啟動(dòng) impi 所需要的后臺(tái)進(jìn)程, 使用 mpdboot –n 2 –r ssh –f hosts n 2:為啟動(dòng)兩個(gè)節(jié)點(diǎn) r ssh:使用 ssh 協(xié)議 f
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