【正文】 ts (109), Expect = 1e06 Query: 6 SYRCPCRFFESHVARANVKHLKILNTPNCALQIVARLKNNNRQVCIDPKLKWIQEYLEK 64 Sbjct: 1 PLRCCLSYTSKKIPPRRIKSYYRITSSHCPKPAVIFTTKRGRKVCADPKAKWVQRYIKK 59 gnl|CDD|25372, 小分子細(xì)胞因子 (intecrine/chemokine)， interleukin8 樣。 CDLength = 59 residues, % aligned Score = bits (99), Expect = 1e05 Query: 10 PCRFFESHVARANVKHLKILNTPNCALQIVARLKNNNRQVCIDPKLKWIQEYLEKAL 66 Sbjct: 1 CCLKYTSKPIPPKNIKSYRVQEAGGHCSIPAVIFTTKKGRKVCADPKEPWVKDLIQKLD 59 gnl|CDD|25294：“ SCY”， Intercrine alpha 家族 (小分子細(xì)胞因子 CXC)。 圖 38 SDF1α A 鏈 結(jié)構(gòu)功能域預(yù)測(cè) gnl|CDD|27806, 趨化因子 CXC：包括一系列生長(zhǎng)因子和干擾素，參與分裂、趨化和炎癥；其許多成 員含有一個(gè)“ RCXC”基序，可能是結(jié)合 CXC 趨化因子受體所需要的；“ ELR”基序?yàn)橼吇行粤＜?xì)胞所需并參與血管生成，以單體或二聚體存在，但其功能形式為單體，僅僅在脊椎動(dòng)物和少數(shù)病毒中發(fā)現(xiàn)。并且從圖中我們可知道此蛋白含有趨化因子家族共同結(jié)構(gòu)域 gnl|CDD|27806，及 Intercrine alpha 家族的“ SCY”功能域，參與細(xì)胞特異趨化性介導(dǎo)細(xì)胞生長(zhǎng)和炎性反應(yīng)。其分子中心裂口里面部分有陰離子 結(jié)合位點(diǎn)清晰可見。該蛋白的三維分子結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)一個(gè)典型的希臘鑰匙狀結(jié)構(gòu)。完整的 SDF1有信號(hào)序列， SDF1α A鏈無信號(hào)序列 。 (A) 表示 EGFP SDF1α 融合蛋白在 ECV304 的表達(dá)； (B)表示的是 DAP1 染細(xì)胞核； （ C） 表示的是 A和 B重疊圖 。 根據(jù)計(jì)算機(jī)軟件對(duì) SDF1α 蛋白的亞細(xì)胞定位的分析 (圖 214)以及實(shí)驗(yàn)結(jié)果(圖 213)， SDF1α 蛋白可能定位在細(xì)胞 質(zhì) ， 又有一個(gè)信號(hào)肽 ，因此 SDF1α 蛋白可能是一個(gè) 分泌蛋白 。 EGFP蛋白被激發(fā)出綠色熒光。 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 16 頁 共 45 頁 圖 7 SDF1α基因的電子表達(dá)譜 用 pEGFPC1SDF1α（ ORF）質(zhì)粒 DNA 用脂質(zhì)體法 轉(zhuǎn)染 人臍靜脈內(nèi)皮細(xì)胞株ECV304 細(xì)胞。 SignalPNN result: 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 14 頁 共 45 頁 圖 34信號(hào)序列 NN 分析圖 Sequence length = 93 Measure Position Value Cutoff signal peptide? max. C 22 YES max. Y 22 YES max. S 13 YES mean S 121 YES D 121 YES Most likely cleavage site between pos. 21 and 22: SDGKP 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 15 頁 共 45 頁 圖 35信號(hào)序列 HMM 分析圖 Sequence Prediction: Signal peptide Signal peptide probability: Signal anchor probability: Max cleavage site probability: between pos. 21 and 22 圖 SDF1 蛋白的信號(hào)肽分析結(jié)果 （ 42） SDF1α基因的電子表達(dá)譜（ eNorthern）分析 在此網(wǎng)站中進(jìn)行的 eNorthern 的結(jié)果，（圖 7）此基因在大部分組織器官都有表達(dá)，在 淋巴網(wǎng)狀內(nèi)皮細(xì)胞 中有大量表達(dá)，而在心臟、肺、肌肉等少數(shù)組織器官中有較多表達(dá)。 圖 33 SDF1α A鏈親疏水分析圖 表 3 為 SDF1α A 鏈酶切位點(diǎn)分析圖，可見該蛋白包含大部分蛋白酶的裂解位點(diǎn)，其中以蛋白酶 K的裂解位點(diǎn)最多（ Proteinase K， 43 個(gè)），其次是 嗜熱菌蛋白酶（ Thermolysin，39 個(gè)）、胃蛋白酶（ Pepsin， 28 個(gè)），其次有 2 個(gè)溴化氰的裂解位點(diǎn)。 Amino Acid Number Mol% Met M 0 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 10 頁 共 45 頁 Asn N 7 Pro P 4 Gln Q 3 Arg R 5 Ser S 3 Thr T 1 Val V 5 Ala A 5 Cys C 4 Asp D 1 Glu E 3 Phe F 2 Gly G 0 His H 2 Ile I 4 Lys K 7 Leu L 8 Trp W 1 Tyr Y 2 表 2： SDF1α蛋白的氨基酸組成 protein:Length = 67 amino acids Molecular Weight = Daltons 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 11 頁 共 45 頁 圖 32 SDF1α A鏈氨基酸組成分析圖 ⑵ 利用 BioEdit對(duì)蛋白進(jìn)行親疏水性分析 基于 BioEdit 軟件的親疏水性分析的計(jì)算方式，基線上方 + 以上代表親水性，基線下方 以下代表疏水性。 DE SDF1alpha(367)]. OS Homo sapiens (Human). The putation has been carried out on the plete sequence. Molecular weight: Theoretical pI: 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 9 頁 共 45 頁 IEP of FastaSequence from 1 to 67 Isoelectric Point = pH Bound Charge pH Bound Charge 圖 31 SDF1 的等電點(diǎn)分析 利用 BioEdit軟件進(jìn)行其詳細(xì)的理化參數(shù)分析：從表 2和圖 32氨基酸組成來看，該蛋白序列含有較多的堿性氨酸，特別是賴氨酸（ Lys，占 ％ ）和精氨酸（ Arg，占 ％ ），其所含酸性氨基酸較少，如天冬氨酸（ Asp，占 ％ ）、谷氨酸（ Glu，占 ％），另外，其序列中含的非極性氨基酸最多的是亮氨酸（ Lue，占 ％ ），其次是異亮氨酸（ Ile，占 ％ ）為其二級(jí)結(jié)構(gòu)的α螺旋和β折疊片的形成打下基礎(chǔ)。 SDF1α的 A 鏈分子量 ， pI 為 （見圖 31，示其等電點(diǎn)和理論分子量，從圖中可以清楚地看出不同 pH 值條件下其所帶 電荷， pH為 10 時(shí)，其還帶正電荷， pH 值為 時(shí)其已經(jīng)帶上了負(fù)電荷，故計(jì)算得其理論等電點(diǎn)為 ） ，為一堿性蛋白質(zhì)， B鏈分子量 Da， pI 為 ，為一堿性蛋白質(zhì)。 （ 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 7 頁 共 45 頁 圖 23： SDF1基因定位：紅色部分 CXCL12 指 SDF1 利用生物信息學(xué)方法對(duì)基質(zhì)細(xì)胞衍生因子 1（ SDF1）進(jìn)行基因序列和蛋白質(zhì)序列分析 畢業(yè)論文 第 8 頁 共 45 頁 ⑷ sdf 基因表達(dá)調(diào)控 ( ) 2． 蛋白質(zhì)序列分析 ⑴ 利用 ExPASy軟件包對(duì)該基因進(jìn)行 氨基酸組 成統(tǒng)計(jì)、 分子量、等電點(diǎn) 等 分析 （ Compute pI/MW：是 ExPASy 工具包中的程序，計(jì)算 SDF1蛋白質(zhì)的氨基酸組成統(tǒng)計(jì)、等電點(diǎn)和分子量。 Restriction Enzyme Map: 1 ATGAACGCGAAAGTGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGTGCTGACCGCGCTGTGCCTGAGCGATGGCAAACCGGTGAGCCTGAG 80 1 TACTTGCGCTTTCACCACCACCACGACCACGACCACGACTGGCGCGACACGGACTCGCTACCGTTTGGCCACTCGGACTC 80 TspDTI MwoI Bpu10I AgeI Bpu10I HpyF10VI BsaWI BseMII BsrFI BspCNI BseMII BspCNI