分子標(biāo)記在植物遺傳育種中的應(yīng)用-文庫吧資料
2025-01-29 20:09本頁面
【正文】 。withlinkagedistanceasinfrequency“routemarker植物基因組遺傳作圖構(gòu)建遺傳圖譜 （ molecular marker linkage map）以具有遺傳多型性的分子標(biāo)記為 “ 路標(biāo) ”Polymorphicn 經(jīng)典遺傳圖譜：形態(tài)、生理和生化標(biāo)記，數(shù)量極為有限，圖譜分辨率大都很低，表現(xiàn)標(biāo)記少，圖距大，飽和度低。twohybridgelspectrometry 優(yōu)點：密度高、制作方便，解決了傳統(tǒng)核酸雜交技術(shù)復(fù)雜、自動化程度低、檢測目的分子數(shù)量少、低通量等不足DNA微陣列（ Microarray）微型化高通量 — 提高信息量平行化 — 提高信息的可比性微量化 — 降低待檢樣品用量自動化 — 提高工作效率低成本 — 可迅速普及推廣生物芯片的特征與優(yōu)點蛋白質(zhì)組學(xué)為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記n 蛋白質(zhì)是基因表達的產(chǎn)物 ,是基因功能的執(zhí)行體，決定了生物的生長、發(fā)育、繁殖等各種性狀。cSSR、 cSNP——— 從 EST中開發(fā) SSR、 SNPn 目前某些植物全序列的測定及 EST數(shù)據(jù)庫的開發(fā)，為 SSR、 SNP的開發(fā)開辟了 新的途徑 。特點：n 雙等位基因n 在基因組中的發(fā)生頻率比較高n 有些 SNP位點還影響基因的功能 EST 常用 UPGMAn 分析軟件： （ Rholf， 1998）QTL分析l ‘A’ Homozygote for the allele from A parentl ‘B’ Homozygote for the allele from B parentl ‘H’ Heterozygote carrying both alelles A and Bl ‘C’ Either BB or AB genotypel ‘D’ Either AA or AB genotypel ‘’ Missing data for the individual at this locusdata type F2 intercross20 5 1*locus1 BBBHHAAABBBHHHAABA*locus2 ABABHABHABABABHAH*locus3 ABBAHHHBHABHABHBBHHLocus3 may be misscored in individual 12!*locus4 ABHHABAAAHABABHABHH*locus5 ABHABHAAABHABHAHHHB*trait1 EST (Expressed Sequence Tags)SNP（ single nucleotide polymophism）cSSR、 cSNPDNA微陣列（ Microarray）蛋白質(zhì)組學(xué)n ．．． ．．．新型分子標(biāo)記n EST（ Sequential Agglomerative Hierarchical and Nested） clusteringn 根據(jù)遺傳特性確定的羅杰斯距離在相關(guān)種質(zhì)的親緣關(guān)系分析中非常有用；而改良的羅杰斯距離還適用于雜種優(yōu)勢研究。(1979)相似系數(shù) .其中 (1945)相似系數(shù) ， 即 相似系數(shù)(Jaccardmatching．同位素、熒光標(biāo)記分辨率較高，但價格昂貴，操作不方便；銀染方法方便快捷，掌握好各個環(huán)節(jié)，同樣可以達到很好的效果。一般而言，Ｇ和Ｃ含量越高，擴增出的產(chǎn)物數(shù)目越少。5． EcoRⅠ 受甲基化胞嘧啶的影響較小，而PstⅠ 對富含的甲基化胞嘧啶十分敏感，因而 PstⅠ MseⅠ 檢測的多為表達區(qū)域，而EcoRⅠ MseⅠ 檢測位點聚集在甲基化較高的重復(fù)序列區(qū)域。3．酶切 連接反應(yīng)可以分開作，也可以合在一起作，但合在一起更方便些。在 ，且不能有降解。 熒光216。5分鐘AFLP的 檢測216。Step10 3060秒Step8 72℃ 30秒Step6 95℃ Step2Step5 GOTO30秒（ ℃ /cycle）Step3 65℃ 2分鐘Step1 95℃ ddH2O Taq酶（ 5U/181。Mg2+（ 30mM） 10PCRl） l） l稀釋預(yù)擴增液，加入 16181。Step6cycles加 ddH2O至 20181。dNTP（ 25mM） l） 10PCR引物（ P00， 50ng/181。引物（ M00， 50ng/181。 AFLP實驗程序DNA片段的預(yù)擴增取 ，加入 18181。 加水至 25181。 T4連接酶（ 3U/181。 ATP（ 10mM） 10NEBl） 接頭（ 5pmol/181。 3單位MseⅠ PstⅠ l） MseⅠ 3單位 對于基因組較大的物種，需要進行兩步擴增 —預(yù)擴增和選擇性擴增。PCR擴增，使目的序列擴增到 ～ 1μg；3.AFLP操作具體包括三個步驟：1.（ 6）引物在不同物種間是通用的，可用于沒有任何分子生物學(xué)研究基礎(chǔ)的物種。 DNA）， 而且對模板濃度的變化不敏感。（ 4） AFLP分析用樣量少（ （ 2）多態(tài)性遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過其它分子標(biāo)記，一般可檢測到 50100個 AFLP擴增產(chǎn)物，能夠在遺傳關(guān)系十分相近的材料產(chǎn)生多態(tài)性，被認(rèn)為是指紋圖譜技術(shù)中多態(tài)性最豐富的一項技術(shù)。GACTGCGTACCAATTCNNN3‘PstIprimers +3: 539。MseIprimers +3: 539。E00:539。；P00:539。DNAMseI MseI MseI EcoRI EcoRI EcoRIn MseI MseI片段環(huán)化，不利小片段擴增；n EcoRI EcoRI 引物的退火溫度高；n MseI EcoRI 片段優(yōu)先擴增酶切連接接頭序列n MseⅠ 接頭、 PstⅠ 分別為：n MseⅠ ： n 5’GACGATGAGTCCTGAG3’ n 3’TACTCAGGACTCAT5’n PstⅠ ： n 5’CTCGTAGACTGCGTACC3’n 3’CTGACGCATGGTTAA5’n EcoRⅠ ：n 5’CTCGTAGACTGCGTACC3’n 3’CTGACGCATGGTTAA5’ M00:539。銀染檢測程序脫色 ：加 1升 10%HAC液，脫色 20分鐘沖洗 ：用重蒸水沖洗膠板 2次，每次 5分鐘染色 ：加染色液 (1%AgNO3， %甲醛 )30分鐘沖洗 ：用重蒸水沖洗膠板不超過 5秒鐘；顯影 ：預(yù)冷顯影液（ 30g/LNaCO3， %甲醛， ）， 輕搖到帶紋出現(xiàn)；定影 ：在固定 /停止液并輕搖 35分鐘；沖洗 ：用重蒸水沖洗 2次，每次 2分鐘；干膠 ：室溫下自然干燥過夜。SSR的特點：l 兩側(cè)順序保守，在同種間多相同；l 數(shù)量豐富，在整個基因組均勻隨機分布；l 實驗重復(fù)性好，結(jié)果可靠；l 多數(shù) SSR增減重復(fù)序列頻率高，在品種間具廣泛位點變異；l 共顯性標(biāo)記，可鑒別雜合子和純合子；l 僅需微量組織，適合 PCR分析半自動化v 相對的物種專一性；v 由于開發(fā)時需針對每個座位的微衛(wèi)星序列，發(fā)現(xiàn)其兩端的單拷貝序列設(shè)計引物，需建立基因文庫、克隆識別與篩選、測序等過程，開發(fā)困難，費用較高，耗時長；v 實際分析時一般每次只分析單個位點；v 不同引物退火溫度不同，需要探索?！?Step260秒Step5 30秒Step4 30秒Step3 2分鐘Step2 l混合后，進行 PCR擴增 ：Step1 lPrimer（ 1mM） 10Buffer Mg2+（ 25mM） Taq酶（ 5U/181。...Crossspecies SSRTaxonomic Transferability Polymorphism Divergence % (N)
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