【正文】 也可以利用測定工具進行直接測定。 ? 啟動 analyze/calculate molecular properties指令進行計算，可以得到以下數(shù)據(jù)：分子組成式，分子量、分子外型尺寸、分子體積、偶極矩、對稱度、環(huán)指數(shù)、分子密度、中心分支度、分子柔性等。 ? 計算的能量包括分子的總能量、伸展能、彎曲能、扭曲能、電子能和其他組合能量 ? 如果要獲得更詳細的能量數(shù)據(jù)，需要啟動Computation/output energy detail指令，計算結果作為一個獨立的文件存儲，除了上述能量外還增加了其他類型的能量值 ? 分子模型窗口、文字信息窗口和曲線圖形窗口可以單獨打印和輸出。 ? 打開曲線圖形窗口后進行能量最低化可以看到動態(tài)的能量曲線變化。 ? 通過 putation 指令或按鈕進行優(yōu)化運算，運算過程中分子模型結構不斷隨之進行調整。 ? 采用三維多格式顯示。 ? 對分子模型中的原子和化學鍵根據(jù)要求進行調整和修改。 ? 曲線圖形顯示窗口：以曲線圖形式表述在計算過程中熱力學參數(shù)的變化趨勢。 ? 模型顯示窗口：在屏幕中央，用于顯示建立的準確分子模型的三維圖形。主要用于常規(guī)模型控制與計算操作。 ? 功能： ? 能夠建立并演示準確的分子結構模型 ? 提供計算結構參數(shù)和熱力學參數(shù)的手段 ? 基于優(yōu)化計算對分子模型能夠進行幾何和構象處理 ? 利用能量計算方法對分子進行構象分析 AccuModel軟件的操作界面和基本操作 ? 程序操作界面： ? 下拉菜單：位于頂部，共 9組 71條指令，包含所有操作指令。 ? 化學工程模擬的目的：研究反應機理，推測反應結果，模擬反應過程，得到反應參數(shù)。 ? 計算目標：分子的電子云數(shù)據(jù)、幾何數(shù)據(jù)、熱力學數(shù)據(jù)等。 ? 8． 建立蔗糖分子模型 ， 并用三種顯示方式表示 ， 分子模型分別用存盤 、輸入到文本文件和打印機打印輸出 。 ? 6． 用 ISIS/Draw軟件完成以下取代反應能量變化示意圖 。 ? 3． 用 ISIS/Draw軟件繪制葉綠素分子結構 （ 具體結構自行查閱 ） 。 DS Viewer Pro 軟件的使用方法介紹 ? 分子模型的建立和修改方法 ? 分子模型的演示方法 ? 分子結構參數(shù)的測定方法 ? 分子結構組成的分析方法 ? 分子模型數(shù)據(jù)的輸出與輸入方法 第四章思考題 ? 1． 化學工作者需要分子結構繪制軟件做哪些工作 ？ 與手工繪制和繪圖工具繪制相比 ， 分子結構繪制軟件具有哪些特點 ？ ? 2． 當前 “ 桌面出版 ” 系統(tǒng)已經(jīng)成為現(xiàn)實 ， 分子結構繪制軟件在新的出版行業(yè) ， 特別是出版化學類圖書中將起哪些作用 ？ ? 3． 與分子結構式相似 ， 中文也是一種圖形化語言 ， 是否可以參照中文編碼輸入的方法 ， 解決分子結構式的輸入問題 ？ ? 4． 與當前流行的各種 CAD軟件相比 ， 如電子電路 CAD， 分子結構繪制軟件有哪些相同和不同點 ？ ? 5． 分子模型軟件在化學教學中主要起哪些作用 ？ 用計算機化的分子模型代替常規(guī)分子模型必須解決哪些問題 ？ ? 6． 所有的蛋白質都是由肽鏈構成的 ， 肽鏈是由有限的氨基酸構成的 ， 氨基酸則是由各種原子構成的 ， 如何描述每個層次的結構參數(shù) ？ ? 7． 最常見的分子模型有棒狀 、 球棒狀和空間填充 （ CPK） 三種形式 ， 你能說出這三種結構的特點和主要用途嗎 ？ 第四章練習題 ? 1． 完成 ISIS/Draw軟件的安裝過程 ， 學習基本使用技術 。輸入格式共 18種。 ? 常見各類分子模型庫： DNA片斷，與環(huán)境相關的物質，無機化合物，材料類物質，天然產(chǎn)物類，石油產(chǎn)品類，藥物類，蛋白質類，小分子類，一般化合物類。 ? 分子結構分析：分子（晶胞、蛋白質等），鏈段（肽鏈，核酸鏈等），鏈組成（氨基酸、核酸等），原子組成，化學鍵組成。分子模型構建工具，分子操作工具。 ? 39c909089629d5ba/ ? 軟件的功能：建立精確的分子結構模型，多種分子模型顯示方式，分子結構參數(shù)測定功能，分子結構分析功能，圖形格式轉換功能，多種輸出輸入方式。 常見的分子模型演示軟件 ? Chemsketch 附帶的 3D Viewer ? ISIS Draw 附加 3D插件 ? ChemOffice— 附帶的 Chem3D ? WeblabViewer *（ DS Viewer pro) ? Alchemy II軟件（兼有結構化學計算功能） DS Viewer Pro 分子分析演示軟件 ? 軟件的基本特點： Molecular Simulations Inc (MSI)產(chǎn)品，目前版本為 ，壓縮后體積為 ，需要硬盤空間 ， 另外有一個 4Mb左右的分子模型庫，包括 200余種各種常見分子模型。 ? 分子模型的表示（顯示）方法 ? 線狀顯示，棒狀顯示，球棒狀顯示，電子云填充顯示，分子外表面顯示，其他顯示方法。 ? 需要說明的一些問題。 ISISDraw軟件的使用 ? 軟件的安裝： ? 軟件的菜單： ? 軟件繪制工具： ? 分子模板： ? 軟件參數(shù)的設定： ? 分子結構和圖形的繪制： ? ISISDraw軟件與其他化學軟件的配合。 ? 流行版本： ISISDraw , *, , , ， ? 主要功能：繪制二維和三維分子式、繪制化學反應式、繪制反應機理示意圖、簡單化學反應裝臵、簡單的曲線圖和其他示意圖。 ? 化學辦公軟件的功能和應用：輔助完成實驗報告、課題總結、學術論文、學術著作，學術交流演示材料的制作過程；科學管理和分析處理實驗結果和數(shù)據(jù)。 ? Sandia National Lab, Center for Computational Engineering），其量子化學主頁地址為 : ? ? Pacific Northwest Laboratory ? NIH Molecular Modeling home page, 包括量子化學計算教程 )主頁地址 : The simulations of the spiraling coalescence of two black holes, a problem of particular importance for interpreting the gravitational wave signatures. In this visualization, gravity draws together the gasses of the early universe. Eventually, these clouds grow dense enough and hot enough to ignite and bee the first stars. 第七節(jié)：網(wǎng)上化學教育資源 ? 教學課件的形式： ? 文本形式課件 ? 聲像形式課件 ? 動畫形式課件 ? 交互問答式課件 ? 智能化數(shù)據(jù)庫查詢課件 ? 專家系統(tǒng)型課件 主要化學化工網(wǎng)上教育資源 ? 美國化學會 (ACS)網(wǎng)站化學教育資源 ? ? 美國加州伯克力網(wǎng)上多媒體化學學校（ MultiChem） ? 加拿大 Simon Fraser大學化學系 （ 文本課件） ? 計算機模擬化學實驗室 Model ChemLab Pro， 第二章思考題 1. 計算機 、 計算機網(wǎng)絡和計算機互聯(lián)網(wǎng)在概念和結構上有哪些不同 ？ 計算機通訊和普通電訊 （ 電話 、 電報 、 傳真 ） 有哪些不同 ？ 2． 進入計算機互聯(lián)網(wǎng)需要哪些硬件和軟件條件 ？ 、 BBS、 Tel、News Group、 在互聯(lián)網(wǎng)中各起哪些作用 ？ 3． 計算機網(wǎng)絡技術給化學領域帶來了哪些重要變化 ？ 對你影響最大的網(wǎng)絡技術應用有那些 ？ 4． 計算機網(wǎng)絡通訊技術如何影響化學工作者的工作方式 ？ 你是否認為有一天網(wǎng)上圖書館會代替真正的圖書館 ， 或者網(wǎng)上雜志會代替印刷雜志 ？ 5． 從國際互聯(lián)網(wǎng)上可以獲得哪些化學信息 ？ 你了解那些主要化學信息源 ？ 6． 在計算機網(wǎng)絡上獲取化學信息有哪幾種方式 ？ 分別需要那些軟硬件條件 ？ 7． 當前在互聯(lián)網(wǎng)上有許多化學教學項目 ， 你認為哪一種效果最好 ？ 你希望互聯(lián)網(wǎng)上的化學教學應該是什么樣 ？ 如何實現(xiàn) ？ 8． 如何用 傳送科學論文 （ 包括圖形和特殊格式 ） ？ 除了利用瀏覽器直接閱讀以外 ， 如何訂閱網(wǎng)上化學雜志 ？ 9． 計算機網(wǎng)絡技術的發(fā)展僅僅是為各個領域科學技術的發(fā)展打開了方便之門 ， 而如何發(fā)展則需要該學科領域科技人員自己的謀劃和設計 ， 你認為化學工作者應該如何發(fā)展利用計算機網(wǎng)絡技術 ？ 第四章：計算機圖形化技術在化學中的應用 ? 分子結構（包括平面結構和三維結構）的繪制 ? 反應機理示意圖（包括反應式）繪制 ? 實驗流程裝臵圖繪制 ? 生產(chǎn)和工藝流程圖繪制 ? 原子和分子微觀狀態(tài)圖繪制及顯示 ? 化學過程（包括各種分離分析過程）圖形化顯示 ? 實驗數(shù)據(jù)的圖形化制作和顯示 ? 討論 :利用計算機技術完成分子結構繪制都有那些方法？根據(jù)資源占用、使用方便、功能全面等角度考慮，分析不同方法的優(yōu)劣。 中國海洋大學電子圖書館介紹 ? 提供的主要化學化工相關信息資源 ? 文獻數(shù)據(jù)庫： ? 其中外文數(shù)據(jù)庫： Elsevier SDOS ， CSA（劍橋科學文摘） ，北美學術論文， Springer Link ， EI Compendex， CA on CD， Catch Word ? ACM（美國計算機學會） ， kluwer online ? 中文數(shù)據(jù)庫：維普中文期刊數(shù)據(jù)庫，中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 ，萬方數(shù)據(jù)庫 ，人大復印資料和中國法律法規(guī)大典，方正電子圖書，中國數(shù)字圖書 ? 電子圖書： 17萬冊各類電子圖書供在線閱讀 第六節(jié)：網(wǎng)上計算資源的概況 ? 主要面向社會的網(wǎng)上計算資源： ? The Coalition for Academic Scientific Computation ? North Carolina Superputing Center, NCSC ， ? 當前該中心提供 5種帳號，分別為 (Familiarization accounts)， (Classroom Accounts)， (Computational Science Faculty Accounts)， (Academic research accounts)， (Visualization Accounts)。 ? 服務項目：網(wǎng)上檢索功能，網(wǎng)上借閱功能，網(wǎng)上文獻閱讀功能，提供全球主要網(wǎng)上圖書館的網(wǎng)址鏈接功能。 第五節(jié)：利用網(wǎng)上電子圖書館收集化學化工信息 ? 電子圖書館的定義：分成離線電子圖書館和網(wǎng)上電子圖書館兩種 ? 、雜志、報紙等光、電、磁、微膠片等閱讀資料 ? ? 網(wǎng)上電子圖書館的功能： ? 提供上述電子圖書館上述功能的網(wǎng)上使用 ? 提供網(wǎng)上借閱（下載）功能 ? 提供 24小時服務功能 ? 網(wǎng)上電子圖書館的使用控制方法 ? IP地址控制方式 ? 密碼登陸控制方式 中國國家圖書館電子部分介紹 ? 網(wǎng)址： ? 歷史： 1989年大型計算機綜合管理系統(tǒng)啟動，建立電子閱覽室。 ? 企業(yè)和機構情況信息，包括高校、研究機構、工業(yè)企業(yè)等部門的一般信息。特別重要的是網(wǎng)上電子期刊，有兩千多種中外文期刊可供閱讀。 ( 提供化學反應信息的數(shù)據(jù)庫，數(shù)據(jù)來源于發(fā)表在世界權威化學期刊上面的科技論文和專利 ? 中國萬方數(shù)據(jù)庫：( 由中國情報研究所等主辦，包括 70余個數(shù)據(jù)庫，部分免費。： ( indexchemicus/)用于查找新化合物的結構和相關性質。該數(shù)據(jù)庫包括兩個部分：化學反應資料中心 (Reaction CenterSM)(匯集 1985年以來超過 40萬種化學反應， 2萬多種專利反應 )和化合物資料中心(Compound Center)(匯集了約自 1991年以來 65萬種新化合物的信息資料，描述這些化合物的化學結構和相關性質 )。 Humanities Citation Index），分別收錄了全球有代表性的學術期刊 5600、 1750和 1140余種 。主要服務對象是商業(yè)和工業(yè)用戶 ? DIALOG Web:1998年， 450個數(shù)據(jù)庫，涵蓋范圍和服務對象與前者相同。 Dialog Command Language檢索命令系統(tǒng)。 ? 計算機技術的特點包括那些方面？設想如何利用這些特點解決化學化工中存在的問題。計算機在材料化學中的應用技術 趙文元 ? 為什么要選擇學習本課程 ?Why? ? 提高工作效率和質量 ,開拓探索未知領域 . ? 在本課程學習過程中想要獲得那些知識 ?What? ? 計算機知識 +化學知識 =計算機在化學中的應用 ? 準備如何學習 ?How? ? 實踐 +探索 =成功 ? 在本課程中使用的主要參考書 ? ? 《 計算機在化學化工中的應用