【正文】 變形表 ， 晶體取向參數(shù)等信息 。 使用 Denzo一般分三步 . 第一步自動(dòng)指標(biāo)化 ， 得到晶體的格子類型 ， 晶胞參數(shù) ， 晶體取向參數(shù) ， X射線位置座標(biāo)等信息 。為了得到正確的衍射強(qiáng)度，要選擇適當(dāng)?shù)难苌潼c(diǎn)大小 (spot)和積分面積 (box)。另外晶體的鑲嵌度 (mosaicity)，入射線的位置，每幅畫(huà)面迥擺角的范圍，晶體到 IP的距離等各種因素都對(duì)衍射點(diǎn)的位置有影響。 n = (4/3)π (v/dm) 減少盲區(qū)：用較短的波長(zhǎng) （ 這在同步輻射中能實(shí)現(xiàn) ） 或把晶體對(duì)稱軸略偏旋轉(zhuǎn)軸幾度 （ 這比較費(fèi)時(shí) ， 不值得嘗試 ） 最有效的收集數(shù)據(jù) ， 主對(duì)稱軸為徊擺軸 ， 間隔地分段收集 ， 減少晶體損傷與吸收 ， 用較短波長(zhǎng) 增大反常散射效應(yīng) 用接近元素吸收邊的波長(zhǎng) （ Denzo程序） 我們知道每幅畫(huà)面上的衍射點(diǎn)的位置及其指標(biāo)是有許多因素決定的。 加長(zhǎng)曝光時(shí)間可能要兩顆晶體才能收集一套完整數(shù)據(jù) ，則數(shù)據(jù)合并時(shí)也會(huì)加大數(shù)據(jù)的誤差 。 曝光時(shí)間：取決于晶體衍射能力和晶體在 X－射線下的壽命 （ 或穩(wěn)定性 ） 。 徊擺角度：在不增加衍射點(diǎn)重疊條件下 ， 徊擺角盡量大 ， 這與晶胞大小有關(guān) 。 多對(duì)同晶置換法跟蹤肽鏈走向時(shí)有 3A電子密度圖也足夠了 。 所以對(duì)一個(gè)新蛋白來(lái)說(shuō) ， 也可先收一次中等分辨率的數(shù)據(jù) ， 以滿足起始工作的要求 。影響殘基的解離常數(shù) 離子強(qiáng)度 影響靜電相互作用 鹽析鹽溶也是影響有效濃度 溫度 一般不敏感 生復(fù)合物晶體 抑制劑、輔因子、底物、 Fab片段 截去柔性過(guò)大的 C端或 N端，以甘油作輔助溶劑 長(zhǎng)突變體蛋白 如何選擇突變位點(diǎn)是關(guān)鍵 最常用的氣相擴(kuò)散法 (懸滴、坐滴 )，平衡透析法 晶體到探測(cè)器的距離：晶胞越大該距離應(yīng)加大 ，以免衍射點(diǎn)重疊 。 (3)蛋白質(zhì)分子分子量較大，因此，不能用簡(jiǎn)單的重原子的相角代替全體原子貢獻(xiàn)的相角。 (2)組成蛋白質(zhì)大分子的單個(gè)氨基酸有不對(duì)稱碳原子 ， 而蛋白分子中又只有 L型氨基酸 ， 因此蛋白質(zhì)晶體的對(duì)稱元素只有對(duì)稱軸 ， 而沒(méi)有 m、 i。 3)Patterson法解結(jié)構(gòu)一般步驟 n（ 根據(jù)晶體密度計(jì)算或估計(jì) ） Patterson峰表 Harker峰 Patterson 函數(shù) （ 矢量圖 ） (或已知坐標(biāo)的原子 )計(jì)算相角和電子密度圖 . 直到找出全部原子坐標(biāo) 我們說(shuō)從衍射實(shí)驗(yàn)中，強(qiáng)度信息可以記錄，相角信息丟失了，但我們僅僅從衍射強(qiáng)度最終又可得到原子坐標(biāo)，說(shuō)明實(shí)際相角沒(méi)有真正的丟失，只是不能像強(qiáng)度那樣直接記錄，變成顯而易見(jiàn)的，它是隱含在強(qiáng)度信息之中的，因此選擇一些較強(qiáng)的衍射點(diǎn)，通過(guò)這些衍射點(diǎn)之間的相角關(guān)系信息，最終導(dǎo)出這些衍射點(diǎn)的相角，然而用這些衍射點(diǎn)計(jì)算 E圖（類似于電子密度圖），就可以得到某些原子的坐標(biāo)信息，利用這些原子坐標(biāo)可以計(jì)算所有衍射點(diǎn)的初步相角及電子密度圖，最終解出全部結(jié)構(gòu)。 等效點(diǎn)之間的向量峰 ，稱 Harker峰 ， Harker峰所在的平面 ， 稱 Harker截面 。 i， 對(duì)稱元素的平移部分消失即螺旋軸 、 滑移面變成旋轉(zhuǎn)軸 、 鏡面 ， 所以只有 24種類型 （ 11 Laue群加上各個(gè) Laue群可能的格子類型 ） 。 P( u v w) =12vC o s hu kv lw2h k l∞∞| F |??? ? ?? ( )來(lái)自 P( u v w) = ? ?( ) ( , , )x y z x u y v z w d x d y d z? ? ????(2)Patterson峰的特性 N(N1)+1。 晶胞中電子密度的分布函數(shù) ρ ( xy z)ρ ( xy z)=12VF i hx ky lzh k l e x p [ ( )]? ? ???? ? =12vF i hx ky lz h k lh k llkh| | e x p [ ( ) ( )]? ? ? ???? ? ? (1)Patterson函數(shù) 其意義是晶胞中相距為向量 (uvw)二點(diǎn)的電子密度乘積的平均，顯然如果兩個(gè)原子間的距離正好是向量 (uvw)，那么它的 p(uvw)值最大，所以 Patterson函數(shù)圖上的峰反映了原子間的向量，由于計(jì)算 p(uvw)時(shí)沒(méi)有相角問(wèn)題，有了實(shí)驗(yàn)測(cè)得的強(qiáng)度就可以算。 在衍射實(shí)驗(yàn)中每一衍射點(diǎn)的實(shí)驗(yàn)強(qiáng)度信息可以記錄 ， 由此可以推出 |Fhkl|，但每一衍射點(diǎn)的相角信息 α (hkl)卻丟失了 。 用 X衍射方法解晶體結(jié)構(gòu)就是要進(jìn)一步知道晶胞中原子的分布也就是原子坐標(biāo) 。 遺憾的是 ， 不是所有的空間群都能通過(guò)系統(tǒng)消光規(guī)律的辨識(shí)來(lái)唯一確定 ， 通過(guò)衍射試驗(yàn)只能把 230個(gè)空間群分成 120個(gè)不同的衍射群 ，也就是說(shuō)同一個(gè)衍射群有可能對(duì)應(yīng)于幾個(gè)空間群 。 復(fù)晶胞也就是帶心的 Bravais格子 ， 也會(huì)使一些特定的點(diǎn)強(qiáng)度為零 ， 產(chǎn)生系統(tǒng)消光 。 在倒易點(diǎn)陣的對(duì)稱性中，幾何晶體學(xué)中的七個(gè)晶系和基本對(duì)稱元素都不變，在不考慮反常散射效應(yīng)的情況下，晶體衍射對(duì)稱性均較原晶體的幾何晶體學(xué)對(duì)稱性多一個(gè)對(duì)稱中心，這樣使幾何晶體學(xué)中的 32個(gè)點(diǎn)群變成 X射線晶體學(xué)中的 11個(gè) Laue群。 倒易點(diǎn)陣簡(jiǎn)便而又形象地說(shuō)就是衍射照片上的一組點(diǎn) ， 晶胞 （ 又稱正空間 ） 中的點(diǎn)用 XYZ來(lái)表示 ， 倒易點(diǎn)陣 （ 又稱倒易空間 ） 中的點(diǎn)用 HKL來(lái)表示 。 在同一晶面中所有原子的反射線的相位是相同的 ， 與該晶面平行的一組平面上的原子 ， 要滿足 Bragg方程時(shí)才有相同相位的反射 。 ?不對(duì)稱單位內(nèi)的所有對(duì)象通過(guò)晶胞所具有的對(duì)稱元素的操作可得到整個(gè)晶胞所包含的對(duì)象。 31 11種螺旋軸 21 31， 32 41， 42， 43 61， 62， 63， 64， 65 反映滑移操作 ――― 滑移面 g ?反映＋平移 5種滑移面 a,b,c,n,d 空間群的記號(hào)及其意義 P1 C2 P212121 I4122 R3 P6122 P23 第一個(gè)字母表示 Bravias格子類型 ， 接著是對(duì)稱元素的記號(hào) ， 對(duì)稱元素所在的位置表示該對(duì)稱元素在相應(yīng)晶系中的方向 。 旋轉(zhuǎn)軸和平移向量結(jié)合得到螺旋軸 對(duì)稱面與平移向量結(jié)合得到滑移面 各種對(duì)稱元素的符號(hào)圖示 把所有類型的對(duì)稱元素與 32個(gè)點(diǎn)群 、 14個(gè)布拉菲格子 ， 按照一定規(guī)則的組合就可得到 230個(gè)空間群 。 如：立方晶系中，底心點(diǎn)陣與該晶系的對(duì)稱性不符（在 4個(gè)按立方體對(duì)角線排列的方向上有三重軸）， 所以不能存在。 素晶胞（簡(jiǎn)單晶胞）和復(fù)晶胞 素晶胞 帶底心的晶胞 在選取復(fù)雜點(diǎn)陣時(shí)，除了平行六面體的頂點(diǎn)外，只能在體心或面心有附加陣點(diǎn)，否則將違背空間點(diǎn)陣的周期性，所以只能出現(xiàn)這四類晶胞。 ，其交點(diǎn)是一對(duì)稱中心。 ， 90176。 ， 45176。 ，其交線是一旋轉(zhuǎn)軸，旋轉(zhuǎn)軸的基轉(zhuǎn)角 ω是兩個(gè)相交鏡面夾角 θ 的 2倍。 ， 90176。 ，45176。新軸的基轉(zhuǎn)角 ω是兩個(gè)相交二重軸夾角 θ 的兩倍，即 ω＝ 2θ 。 ? 三斜 無(wú)或僅有一個(gè)對(duì)稱中心 a≠b≠c ? α ≠ β ≠ γ 兩個(gè)對(duì)稱元素的結(jié)合就會(huì)產(chǎn)生新的對(duì)稱元素，在七個(gè)晶系中把特征對(duì)稱元素與基本對(duì)稱元素進(jìn)行組合，就會(huì)產(chǎn)生 32種不同的對(duì)稱元素組合，這就是 32個(gè)點(diǎn)群。 ? 正交 二個(gè)互相垂直的對(duì)稱 a≠b≠c a b c ? 面或三個(gè)互相垂直的 α ＝ β ＝