【正文】 amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。*amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。 (targetyyc(im))**2+* amp。 (targetyytemp)**2+ amp。 (targetyyc(im))**2+ amp。 (targetyyc(im))**2+ amp。append39。old39。 subroutine addatom(xtemp,ytemp,ztemp,lbond,Tatom,Temp_SN, amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。 close(51)999 Format(I4,3X,2X,3X,3X,I4) endsubroutine*amp。 Ohydroxy(i,3),Ohydroxy(i,4),Ohydroxy_SN(i)52 continue write(51,*)39。39。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。amp。,access=39。,status=39。 fx(Tatom),occupation(Tatom), amp。,access=39。 atomname(Tatom)=39。 xc(Tatom)=xfinal yc(Tatom)=yfinal zc(Tatom)=zfinal fx(Tatom)=39。//39。* a(Tatom)=39。* if()NN_CC=39。* if()NN_CC=39。* if()NN_CC=39。 fft(Tatom),atomname(Tatom), amp。append39。C39。XXXX39。NC_CC39。C39。E39。C39。A39。 charge(Tatom) close(160)******************************************************************* add C3 atom on the chosen C2 atom****************************************************************** lbond= xtemp=xc(Tatom) ytemp=yc(Tatom) ztemp=zc(Tatom) Temp_SN=Tatom call addatom(xtemp,ytemp,ztemp,lbond,Tatom,Temp_SN, amp。) write(160,888)a(Tatom),xc(Tatom), amp。 charge(Tatom)= open(160,file=39。 occupation(Tatom)=1 fft(Tatom)=39。 a(Tatom)=39。//39。* if()NC_CC=39。* if()NC_CC=39。* if()NC_CC=39。 xfinal,yfinal,zfinal) natom_add=natom_add+1 Tatom=natom0+natom_add* NCT=NCT+1* NC_C=INT(NCT/99)* NC_S=NCT99*NC_C* if()NC_CC=39。 yc(Tatom),zc(Tatom), amp。39。C_339。C39。NC_S39。F39。D39。B39。39。 fx(Tatom),occupation(Tatom),* amp。,access=39。* atomname(Tatom)=39。* xc(Tatom)=temp(1)* yc(Tatom)=temp(2)* zc(Tatom)=temp(3)* fx(Tatom)=39。 )then* do 130 im=1,natom+natom_add* distance=sqrt((temp(1)xc(im))**2+* amp。 (temp(3)OTa(4))**2) * dis3=sqrt((temp(1)OTb(2))**2+* amp。* stop* endif ********************************************* warning 1********************************************* kstop=0*90 search_step=* do 100 i=300,300* do 110 j=300,300* do 120 k=300,300* temp(1)=rox+search_step*i* temp(2)=roy+search_step*j* temp(3)=roz+search_step*k* dis1=sqrt((temp(1)rox)**2+* amp。 (Ohydroxy(i,4)Ohydroxy(j,4))**2)* if()then************************************************** Mark of interrupt service routine 2************************************************** kstop=1 * OTa(1)=i* OTa(2)=Otemp(i,2)* OTa(3)=Otemp(i,3)* OTa(4)=Otemp(i,4)* OTb(1)=j* OTb(2)=Otemp(j,2)* OTb(3)=Otemp(j,3)* OTb(4)=Otemp(j,4)* goto 90* endif*80 continue*70 continue********************************************* warning 1********************************************* if()then* write(*,*)39。append39。39。)* do 2130 i=1,kjishu* write(2120,777)int(list3(i,1)),list3(i,2),list3(i,3),list3(i,4),* amp。 )then* kjishu=kjishu+1* do 2090 imm=1,4* list3(kjishu,imm)=Ohydroxy(i,imm)*2090 continue* templist3(kjishu,1)=int(Ohydroxy(i,1))* charge(Ohydroxy_SN(i))=* do 2100 imm=1,4* list3(kjishu,imm+4)=Ohydroxy(j,imm)*2100 continue* templist3(kjishu,2)=int(Ohydroxy(j,1))* charge(Ohydroxy_SN(j))=* do 2110 imm=1,4* list3(kjishu,imm+8)=Ohydroxy(k,imm)*2110 continue* templist3(kjishu,3)=int(Ohydroxy(k,1))* charge(Ohydroxy_SN(k))=* goto 2061* endif*2080 continue*2070 continue*2060 continue * open(2120,file=39。 (Ohydroxy(i,4)Ohydroxy(k,4))**2)* dis3=sqrt((Ohydroxy(j,2)Ohydroxy(k,2))**2+* amp。 Ohydroxy(k,1).(ix)+)then* goto 2080* endif*2085 continue ** dis1=sqrt((Ohydroxy(i,2)Ohydroxy(j,2))**2+* amp。 fft(Tatom),atomname(Tatom), amp。append39。Si39。XXXX39。NSi_CC39。Si39。Y39。W39。U39。 atomname(i),charge(i)40 continue close(30) natom_add=0 Tatom=natom0+natom_add* NSiT=0* NSi_S=0* NSi_C=0* NCT=0* NC_S=0* NC_C=0* NNT=0* NN_S=0* NN_C=0 do 45 itt=1,namino********************************************************** add Si to the chosen Oxygen atom********************************************************* call HO_list(Ohydroxy,Ohydroxy_SN,kjishu) Nra=int(RAN2(IDUM)*kjishu) Temp_SN=Ohydroxy_SN(Nra) xtemp=Ohydroxy(Nra,2) ytemp=Ohydroxy(Nra,3) ztemp=Ohydroxy(Nra,4) lbond= call addatom(xtemp,ytemp,ztemp,lbond,Tatom,Temp_SN, amp。39。,status=39。可以把MCM41的結(jié)構(gòu)保存為 CAR格式文件（為什么非要保存為CAR文件，因為CAR文件里面有原子的電荷），然后利用隨機數(shù)發(fā)生器，在內(nèi)部隨機生成位置，只要次位置與原來骨架之間的距離小于CSI鍵長的話，那么就認為這個位置是可以接受的，并且把此位置命名為C原子，剩下來的C和N照樣按照這個添加，可以寫一個添加原子的子程序，調(diào)用三次就好。經(jīng)過嘗試每隔2，可以把孔道打通的很干凈，不過此時得在EDIT下面的子菜單FIND PATTERNS 里面尋找到一個SI與三個O連接的基團，刪除此類基團。金屬摻雜，是先在MOF或者分子篩中切取簇模型，然后賦予這個簇模型不同的電荷，這樣再把這個得到的電荷賦予到整體的骨架中，由于此時整體的骨架電荷不為0，就需要一定數(shù)目的金屬原子去平衡它，這些金屬原子可以作為吸附質(zhì)預先吸附進這個骨架。 surfaces這個任務(wù)，CO2的CONNOLY ,可以再變化VDW SCALE FACTOR的時候，得到一些不同的自由體積。電荷是使用DMOL3計算得到的，但是對于某些MOF,由于含有太多的過渡金屬，用DMOL3優(yōu)化得到電荷效果不好，需要使用GAUSSIAN計算電荷，在使用GAUSSVIEW生成GJF文件的時候，需要在最終結(jié)果里面加入POP=CHELPG這一行，具體請看GAUSSIAN使用手冊,分析結(jié)果里面就可以看到CHELPG電荷了。f2=vpa(f2,5)。phi2=exp((b(2)./bm).*(Z11)log(Z1beta)q.*I.*(2.*(y(2).*a(2)+y(1).*a12)./amb(2)./bm))。phi2=zeros