【導(dǎo)讀】隨著生物數(shù)據(jù)庫(kù)的更新速度不斷加快，數(shù)據(jù)量呈指數(shù)增長(zhǎng)趨勢(shì)，數(shù)據(jù)庫(kù)使用頻率增。長(zhǎng)更快，如何有效存儲(chǔ)和管理生物序列數(shù)據(jù)是生物信息學(xué)需要解決的重要問(wèn)題之一。據(jù)庫(kù)綜合管理系統(tǒng)在生物信息領(lǐng)域是非常重要的資源管理手段。基于以上背景，開發(fā)一個(gè)簡(jiǎn)單易用的基因數(shù)據(jù)庫(kù)綜合管理系統(tǒng)顯得很有必要。B／S結(jié)構(gòu)，即Browser／Server結(jié)構(gòu)，設(shè)計(jì)開發(fā)了基于PHP和MySQL的基。因數(shù)據(jù)庫(kù)綜合管理系統(tǒng)，該系統(tǒng)可實(shí)現(xiàn)對(duì)基因信息的讀取，查詢，注釋等操作。系統(tǒng)設(shè)計(jì)的目的在于解決研究中產(chǎn)生的大量有待分析的基因組序列的有效存儲(chǔ)和管理問(wèn)題，相關(guān)注釋；并且具有序列格式轉(zhuǎn)換功能，轉(zhuǎn)化為標(biāo)準(zhǔn)的FASTA格式等。維護(hù)，更加穩(wěn)定、安全。

　　

【正文】 A 信息錄入界面，如下圖： 圖 DNA 錄入 填寫 31 （ 2）填寫完成后，點(diǎn)擊確定，提交信息，系統(tǒng)返回是否錄入成功的的提示。 圖 DNA 錄入 成功顯示 （ 2）進(jìn)入 phpMyAdmin，查看后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)，確認(rèn)是否成功錄入數(shù)據(jù)庫(kù)。 圖 DNA 信息成功錄入數(shù)據(jù)庫(kù) 化 功能測(cè)試 基因數(shù)據(jù)庫(kù)管理 系統(tǒng)提供 序列轉(zhuǎn)化為 FASTA 格式，根據(jù)要求可以將輸入的序列 按如下格式輸出：序列 的第一行是由大于號(hào) 打頭 ，然后顯示該序列的長(zhǎng)度， 用于序列標(biāo)記。從第二行開始為序列本身， 輸出的序列全部轉(zhuǎn)化為大寫格式，每行 60 個(gè)堿基自動(dòng)換行 [14]。測(cè)試結(jié)果如下圖： 32 圖 序列轉(zhuǎn)化的結(jié)果顯示 基因數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng) 提供 基因信息的查詢，可以對(duì)堿基序列的序列名稱、序列物種、序列的關(guān)鍵詞進(jìn)行檢索，得到用戶想要的數(shù)據(jù)信息。所得到的結(jié)果顯示在下面的文本框中。下面以查詢 p53 基因信息為例： 33 圖 序列查詢的結(jié)果顯示 二 ．系統(tǒng) 功能測(cè)試結(jié)果 系統(tǒng)經(jīng)過(guò)測(cè)試實(shí)現(xiàn)了預(yù)期功能功能，可進(jìn)行正常的基因信息錄入，基因序列轉(zhuǎn)化和基因信息查詢，同時(shí)系統(tǒng)在客戶端運(yùn)行良好。系統(tǒng)基本符合一個(gè)基因管理系統(tǒng)的要求，可以滿足用戶的基本使用要求 [15]。 但是該系統(tǒng)功能和設(shè)計(jì)還不夠完善，在使用過(guò)程中可能會(huì)出現(xiàn)一些錯(cuò)誤和缺陷，這就需要對(duì) 系統(tǒng)進(jìn)行及時(shí)的維護(hù)和改進(jìn)。 34 結(jié) 論 基因數(shù)據(jù)庫(kù)綜合管理系統(tǒng)在生物信息領(lǐng)域是非常重要的資源管理手段，PHP 和 MySQL 也是 B/S 系統(tǒng)的重要開發(fā)平臺(tái) 。 此次畢業(yè)設(shè)計(jì) 以 MySQL 作為后臺(tái)數(shù)據(jù)庫(kù)，以 Apache 為服務(wù)器，用 PHP 語(yǔ)言構(gòu)建的基因信息的數(shù)據(jù)庫(kù)系統(tǒng)。 本管理系統(tǒng)解決了其他數(shù)據(jù)庫(kù) 存在 的 執(zhí)行效率低、移植性差以及開發(fā)效率低的缺點(diǎn) ，能夠有效地存儲(chǔ)管理基因信息。該 系統(tǒng)可以進(jìn)行 DNA,RNA，蛋白質(zhì)序列的錄入，查詢，查看相關(guān)注釋；并且具有序列格式轉(zhuǎn)換功能，轉(zhuǎn)化為標(biāo)準(zhǔn)的 FASTA格式。 本 基因信息管理 系統(tǒng)在開發(fā)過(guò)程中采用 PHP+MYSQL 進(jìn)行連接。經(jīng)過(guò)測(cè)試，本系統(tǒng)的功能還是比較完備的 ，有些地方雖然比較簡(jiǎn)單，但是實(shí)現(xiàn)操作起來(lái)還是沒(méi)有問(wèn)題的，基本能夠?qū)崿F(xiàn) 基因信息管理 系統(tǒng)的必備的功能。在此次的網(wǎng)站設(shè)計(jì)過(guò)程中，我有很多體會(huì)和感受，當(dāng)然更多的是收獲。通過(guò)這次畢業(yè)設(shè)計(jì)，我鞏固了很多專業(yè)知識(shí) ，也學(xué)到了很多新的知識(shí) 。 本網(wǎng)站雖然完成了基本的研究目標(biāo)，但是由于設(shè)計(jì)者的經(jīng)驗(yàn)不足和時(shí)間限制，使得系統(tǒng)中還存在著一些不足之處，有待在以后的研究和維護(hù)過(guò)程中改進(jìn)。 35 致 謝 光陰似箭，美好的時(shí)光總是過(guò)的飛快，轉(zhuǎn) 眼間最美好的大學(xué)生活即將結(jié)束?；叵肫疬@過(guò)去的四年真是感慨萬(wàn)千，不僅因?yàn)檫@是我人生中最美好的四年，還因?yàn)樵谶@四年間我遇到了很多優(yōu)秀的老師，得到了他們的悉心栽培，使我不僅掌握了豐富的專業(yè)知識(shí)，也學(xué)會(huì)了很多做人的道理。在這里我要向所有的老師表示衷心的感謝！ 這次畢業(yè)設(shè)計(jì)的完成，我要特別感謝 學(xué)院的老師們 ， 在 本研究課題的資料收集、系統(tǒng)設(shè)計(jì)、開發(fā)過(guò)程中得到了 白老師的悉心指導(dǎo)和幫助，在完成項(xiàng)目及設(shè)計(jì)包括電子稿期間，白 老師為我的畢業(yè)設(shè)計(jì)較早的指明了方向，給予了我多方面的關(guān)懷和指導(dǎo)，使我不僅完成了畢業(yè)設(shè)計(jì)，更掌握了科學(xué)的學(xué)習(xí) 和研究方法。 通過(guò)這次的畢業(yè)設(shè)計(jì)，在 白 老師 的指導(dǎo)下，我培養(yǎng)出了刻苦鉆研的學(xué)習(xí)精神和嚴(yán)肅認(rèn)真的學(xué)習(xí)態(tài)度，我想：這對(duì)我以后的學(xué)習(xí)和工作有很大的益處的。 在此 ,感謝和我一起生活、學(xué)習(xí)了四年的同學(xué)們，他們也給予了我許多的幫助和指點(diǎn)。謝謝！ 36 參考文獻(xiàn) [1] 杜江 . 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Thus, we decided to pile prehensive information on mammalian miRNAs, their origin and regulated target genes in an exhaustive,curated database called Argonaute ( Argonaute collects latest information from both literature and other databases. In contrast to current databases on miRNAs like miRBase::Sequences, NONCODE or RNAdb, Argonaute hosts additional information on the origin of an miRNA, . in which host gene it is encoded, its expression in different tissues and its known or proposed function, its potential target genes including Gene Ontology annotation, as well as miRNA families and proteins known to be involved in miRNA processing. Additionally, target genes are linked to an information retrieval system that provides prehensive information from sequence databases and a simultaneous search of MEDLINE with all synonyms of a given gene. The web interface allows the user to 39 get information for a single or multiple miRNAs, either selected or uploaded through a text file. Argonaute currently has information on 839 miRNAs from human, mouse and rat. INTRODUCTION MicroRNAs (miRNAs) are small (21–23 nt) noncoding RNAs that are important regulators of gene expression. They act by base pairing with partially plementary sites in the mRNA of their targets, and either inhibit translation into protein or decrease the stability of the transcript . The number of currently known miRNAs in mammalian systems has risen dramatically in the last year, and predictions about their total number in humans amount up to 1000. miRNAs are transcribed as long primary transcripts (primiRNAs), some of them being polycistronic, which are processed in the cell nucleus by an enzyme called Drosha, yielding precursor miRNAs (premiRNAs) that exhibit a characteristic stem–loop sequence. These are exported into the cytosol where mature miRNAs are generated by the RNase IIItype enzyme Dicer, producing a small doublestranded RNA from which one strand (called miRNA*) is quickly degraded, releasing the small singlestranded miRNA. Translational inhibition, which seems to be the major mode of action in animals, is performed by a riboprotein plex called RNAinduced silencing plex (RISC) consisting of the miRNA and proteins of the argonaute family miRNAs are involved in several cellular processes, including cellular differentiation, anism development and