在namd下利用amber力場計算md模擬的方法-資料下載頁
2025-08-17 09:15本頁面
【正文】 60。 langevinPiston on langevinPistonTarget 。in bar 1 atm langevinPistonPeriod100. langevinPistonDecay 50. langevinPistonPeriod200. langevinPistonDecay 100. langevinPistonTemp $temperature } restartfreq 5000 500steps = every 1psdcdfreq 5000xstFreq 5000outputEnergies 100outputPressure 100 Fixed Atoms Constraint (set PDB betacolumn to 1)(lipid and name P) or backbone or (segname B12 and noh)if {0} {constraints onconsRef 。 2 kcal/mol, backbone and nucleic and (resid 316 to 320 329 to 333)consKFile consKCol B }margin EXTRA PARAMETERS Put here any custom parameters that are specific to this job (., SMD, TclForces, etc...) EXECUTION SCRIPT Minimizationrun 3000000看，其實和之前的優(yōu)化部分沒什么大區(qū)別。4. MD 之后的處理：為什么用Amber？主要是因為它能做小分子的參數(shù)和拓撲。 那么Amber還有什么優(yōu)勢嗎？ 當然了！MMPBSA/GBSA！ 這里我簡要說一下MMPBSA/GBSA的問題。首先你要做好復(fù)合物, 受體，配體的top/crd, 一共6個文件啊?。∪缓蟀涯愕腄CD文件轉(zhuǎn)化為crd文件（用VMD），然后就可以用MMPBSA/GBSA的腳本去算了，當然，你要有Amber，還要有耐心。那個玩藝雖然算得挺快，但是總是掛掉，大家要小心，不要提交了作業(yè)就跑了，否則你回來了發(fā)現(xiàn)它掛了，多郁悶！關(guān)于具體的操作，請大家去看AMber手冊，我就不越俎代庖了，畢竟咱不是專業(yè)的Amberor。5. 小結(jié)：此方法雖然可行，但是在做的過程中大家必然會遇到各種意想不到的情況（必然的），我也無法寫出一個讓大家一次就能成功地教程，畢竟軟件本身也不是完美的。 大家如果遇到了什么搞不定問題，可以跟貼討論。感謝版主加分!希望大家多參與討論. 以上的conf文件可以應(yīng)付一般的用Amber力場的NAMD計算， 但是如果你的配體比較特殊，比如有金屬，那么在你做對接時要小心，并且在做leap時也要注意。總之，和Charmm力場一樣，一定要確保輸入文件的正確性，否則事倍功半！切記切記。！對于NAMD調(diào)用amber立場，需不需要吧amber的力場文件下載下來，再植入到NAMD的源文件里面呢？看了發(fā)的帖子，好像只是輸入的文件！謝謝！不知道你有沒有用GMX調(diào)用過amber的力場呢？是不是和NAMD差不多呢？我還想要問一個問題，那就是由amber得到的軌跡文件與NAMD得到的軌跡文件，有多大區(qū)別呢？還是沒什么區(qū)別？二者計算的mm_pbsa差的大嗎？回答17樓的問題：1, 不需要下載,但是需要用Amber的Xleap去生成NAMD需要的拓撲和坐標文件2,沒有用Gmx調(diào)用過Amber力場3,沒比較過,但是同樣的蛋白結(jié)果差別不大. mm_pbsa的結(jié)果也沒有比較過，但是得到的結(jié)果還是比較合理的，太復(fù)雜看不懂了。一般是不是需要pdb，psf，force field file 和 configuration file？stevenyubin 發(fā)表于 20091013 03:21 就是charmm 力場中的參數(shù)文件,不需要自己修改一般需要pdb，psf，force field file 和 confpsf 可以在pdb 基礎(chǔ)上生成, 但此時還需要charmm 力場中的top 文件首先DS的輸入文件是不可以用的~~運行NAMD之前，要寫好輸入文件也就是配置文件CONF 根據(jù)官方教程的那個修改即可蛋白質(zhì)分子 PDB 坐標信息蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu) PSF 結(jié)構(gòu)信息力場文件在CONF中設(shè)置即可詳情可以參考官方教程
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