第八章生物信息學(xué)在基因芯片中的應(yīng)用-資料下載頁
2025-08-01 13:23本頁面
【正文】 一個理想的基因芯片圖像具有以下幾個性質(zhì)： （ 1）芯片單元的形狀和尺寸相同； （ 2）每個單元的中心位于象素點(diǎn)上； （ 3）無灰塵等引起的噪聲信號； （ 4）最小和均勻的圖像背景強(qiáng)度。 圖象預(yù)處理 網(wǎng)格定位 背景濾除 熒光信號提取 歸一化處理 網(wǎng)格定位結(jié)果 1234GT010203040506070GCTA背景區(qū)域 背景濾除 熒光信號提取 ２、檢測結(jié)果分析 ? 如果芯片檢測的目的是測定樣本序列，則需要根據(jù)芯片上每個探針的雜交結(jié)果判斷樣本中是否含有對應(yīng)的互補(bǔ)序列片段，并利用生物信息學(xué)中的片段組裝算法連接各個片段，形成更長的目標(biāo)序列。 ? 如果芯片檢測的目的是進(jìn)行序列變異分析，則要根據(jù)全匹配探針以及錯配探針在基因芯片對應(yīng)位置上的熒光信號強(qiáng)度，給出序列變化的位點(diǎn)，并指明發(fā)生什么變化。 ? 如果芯片檢測的目的是進(jìn)行基因表達(dá)分析，則需要給出芯片上各個基因的表達(dá)圖譜，定量描述基因的表達(dá)水平，進(jìn)一步的分析還包括根據(jù)基因表達(dá)模式進(jìn)行聚類，尋找基因之間的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)協(xié)同工作的基因 ３、檢測結(jié)果可靠性分析 可靠性分析可以從兩個方面進(jìn)行： ? 一是根據(jù)實(shí)驗(yàn)統(tǒng)計(jì)誤差（如探針合成的錯誤率、全匹配探針與錯配探針的誤識率等），計(jì)算出基因芯片最終實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。 ? 二是對基因芯片與樣本序列雜交過程進(jìn)行分子動力學(xué)研究，建立芯片雜交過程的計(jì)算機(jī)仿真實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｐ停员阍谥谱餍酒胺治鏊O(shè)計(jì)芯片的性能，預(yù)測芯片實(shí)驗(yàn)結(jié)果的可靠性。 ４、數(shù)據(jù)分析 ? 基因芯片數(shù)據(jù)分析包括實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)管理、數(shù)據(jù)質(zhì)量控制、數(shù)據(jù)處理等 ? 進(jìn)一步將基因芯片實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與公共數(shù)據(jù)庫中的信息相關(guān)聯(lián)，利用數(shù)據(jù)挖掘方法進(jìn)行分析處理，揭示各種數(shù)據(jù)之間的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)新的生物學(xué)知識。 第六節(jié) 基因芯片信息的管理和利用 １、芯片信息管理 ? 目前已出現(xiàn)一些芯片信息管理數(shù)據(jù)庫，這些數(shù)據(jù)庫主要收集、管理表達(dá)型基因芯片的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。與基因芯片相關(guān)的信息包括芯片功能的描述、芯片的描述、實(shí)驗(yàn)對象的描述、實(shí)驗(yàn)結(jié)果和分析結(jié)果的描述。 ? 以基因表達(dá)型芯片為例，數(shù)據(jù)庫至少含有下列信息： (1)數(shù)據(jù)來源 (2)雜交目標(biāo)序列 (3)目標(biāo)對象 (4)mRNA轉(zhuǎn)錄的數(shù)量 (5)統(tǒng)計(jì)的顯著性 ２、數(shù)據(jù)集成和交叉索引 ? 基因組信息是相互關(guān)聯(lián)的，合理地解釋實(shí)驗(yàn)檢測數(shù)據(jù)依賴于將實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與其它相關(guān)數(shù)據(jù)庫的集成。 ? 對于基因表達(dá)數(shù)據(jù)，通過用戶定義的或缺省的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行數(shù)據(jù)鏈接，經(jīng)分析可以得到關(guān)于基因調(diào)控的概貌。
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