blast數(shù)據(jù)庫(kù)檢索ppt課件-資料下載頁(yè)
2025-05-12 04:48本頁(yè)面
【正文】 兩條相似度很差的序列是同源序列 71 /90 72 /90 關(guān)于兩個(gè)蛋白（或 DNA）是否同源 ? 1）期望值是否顯著？ ? 2）兩個(gè)蛋白是否具有相似的大??？ ? 3）這兩個(gè)蛋白質(zhì)是否具有共同的模體或者信號(hào)序列？ ? 4）這兩個(gè)蛋白質(zhì)是否一個(gè)合理的多序列比對(duì)的一部分？ ? 5）這兩個(gè)蛋白質(zhì)是否共有一個(gè)相似的生物學(xué)功能？就像所有的載脂蛋白一樣，這兩個(gè)蛋白都是小的、親水性的、含豐富的分泌分子。 ? 6）這兩個(gè)蛋白質(zhì)是否具有相似的三維結(jié)構(gòu)？載脂蛋白共享一個(gè)顯著的非常保守的結(jié)構(gòu)。 ? 7）如果得到一個(gè)遠(yuǎn)緣關(guān)系的序列，用該遠(yuǎn)緣關(guān)系的序列再做一次 BLASTP搜索，一般可獲得更多的該蛋白家族的成員。 73 /90 用 BLASTP可獲得更多 lipocalin家族蛋白質(zhì)。 74 /90 Lipocalin家族 retinolbinding protein odorantbinding protein apolipoprotein D 75 /90 ? HIV1的 pol蛋白（ NP_057849 ），這是一個(gè)多結(jié)構(gòu)域的蛋白，包含有多個(gè)不同的蛋白酶、反轉(zhuǎn)錄酶和整合酶結(jié)構(gòu)域。 76 /90 分析一個(gè)人類 EST 使用 HIV－ 1 pol蛋白對(duì)不同數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行查詢 Blastp nr（細(xì)菌蛋白質(zhì)） 找到很多 HIV pol的變體 找到幾十個(gè)部分匹配 找到更多的細(xì)菌蛋白的匹配 很多顯著性匹配 幾百個(gè)顯著性匹配 Blastp nr（所有蛋白質(zhì)） tBlastn nr（細(xì)菌基因組） Blastp nr（人類蛋白質(zhì)） tBlastn nr（人類基因組） tBlastx nr（病毒基因組） 其他病毒 以 HIV－ 1 pol蛋白開(kāi)始的 BLAST搜索總圖，通常為研究一個(gè)特定基因、蛋白或者物種，可以進(jìn)行一系列的 BLAST搜索。搜索返回的數(shù)據(jù)庫(kù)匹配結(jié)果的數(shù)量可以從一個(gè)到上千個(gè)，這完全取決于查詢序列、數(shù)據(jù)庫(kù)和搜索參數(shù)本身的特點(diǎn)。 77 /90 78 /90 在非冗余數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索，可看到返回大量的匹配結(jié)果，全部具有極低的期望值。 79 /90 ? 該蛋白具有豐富的結(jié)構(gòu)域。 80 /90 HIV1pol蛋白與人類蛋白的同源性搜索。 81 /90 82 /90 與 HIV1 pol同源的人類蛋白。 很多匹配項(xiàng)跨越病毒 pol的全長(zhǎng)， 83 /90 84 /90 85 /90 細(xì)菌 bacteria 要想對(duì) pol 蛋白在整個(gè)生命樹中的分布了解得更多，我們可能會(huì)問(wèn)有哪些細(xì)菌蛋白和 HIV1 pol蛋白相關(guān)。 從這個(gè)圖可發(fā)現(xiàn)相似的區(qū)域很集中，可以對(duì)照該蛋白的結(jié)構(gòu)域進(jìn)行比對(duì)。 86 /90 ?tblastn 人類 EST數(shù)據(jù)庫(kù) 圖中可以看到很多人類基因都被活躍地轉(zhuǎn)錄來(lái)產(chǎn)生被預(yù)測(cè)制造與 HIV1pol蛋白同源的蛋白質(zhì)的 mrna。 人類中表達(dá)的轉(zhuǎn)錄基因是否編碼與 HIV1pol蛋白同源的蛋白質(zhì)？ 87 /90 課后練習(xí) ? 人 RBP4蛋白 NP_006735進(jìn)行 BLAST，選擇不同的數(shù)據(jù)庫(kù)，選擇不同的打分矩陣，限定不同的物種，觀察結(jié)果。 ? 為什么沒(méi)有提供 Basic Global Alignment Search Tool（ BGAST）來(lái)補(bǔ)充 BLAST？ BGAST會(huì)成為一種有用的工具嗎？創(chuàng)立它可能遇到的計(jì)算上的困難是什么？ ? 你認(rèn)為 1， 105是有意義的期望值嗎？答案是否依賴于你所做檢索的種類？ 88 /90 課后思考題 ? BLAST是什么英文名詞的縮寫，中文含義是什么？BLAST的主要功能是什么？ ? NCBI的 BLAST有多少種類型，分別需要進(jìn)行多少次比對(duì)？ ? 3， BALST檢索的哪一種輸出估計(jì)了假陽(yáng)性數(shù)據(jù)？ ? A） E值； B） Bit score； C） Percent identity； D） Percent positive ? 4，如果進(jìn)行了一個(gè) BALST檢索， E值是 1010，這個(gè) E值的意義是什么？ E值的大小依賴于哪些參數(shù)？在什么樣的場(chǎng)合需要選擇一個(gè)很大的 E值閾值？ 89 /90 ? 5，將期望值從 1改成 10，輸出結(jié)果數(shù)目是增多還是減少？ ? 6，將打分矩陣從 PAM30改成 PAM70，返回的檢索結(jié)果是增多還是減少？ ? *7， 查詢序列 NP_000198信息，進(jìn)行 blastp，改變以下參數(shù)觀察結(jié)果。 90 /90
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