blast數(shù)據(jù)庫檢索ppt課件(編輯修改稿)
2025-06-08 04:48 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 90 ? BLAST中一般用一個 E值（ Expectation value）來表示比對的顯著性。 ? E值 【 P值 】 表示如果數(shù)據(jù)庫是隨機序列，那么得到同樣（得分）或者更好比對結(jié)果的序列的頻率【 概率 】 。這個值越小越好，說明越有生物學(xué)意義。 25 /90 E值與 p值的關(guān)系 26 /90 E值的問題 ? 假設(shè)我們現(xiàn)在得到了一個比對結(jié)果，那么在這個結(jié)果的基礎(chǔ)上，搜索的數(shù)據(jù)庫越大，比對的 E值應(yīng)該是越小還是越大？（ 作業(yè) ） ? E值與哪些參數(shù)有關(guān)？ 27 /90 三、 BLAST一般使用方法 ? (1) 得到并輸入查詢序列 ? (2) 選擇 BLAST程序 ? (3) 選擇搜索的數(shù)據(jù)庫 ? (4) 選項選擇 ? Then click “ BLAST” 28 /90 進入 BLAST界面 29 /90 help 30 /90 選擇 BLAST程序 ? 程序 輸入 數(shù)據(jù)庫 ? ? blastn DNA 1 DNA ? ? blastp protein 1 protein ? ? blastx DNA 6 protein ? ? tblastn protein 6 DNA ? ? tblastx DNA 36 DNA 31 /90 文獻 ? 32 /90 ? 三、 BLAST一般使用方法 ? (1) 得到并輸入查詢序列 ? (2) 選擇 BLAST程序 ? (3) 選擇搜索的數(shù)據(jù)庫 ? (4) 選項選擇 ? Then click “ BLAST” 33 /90 輸入序列 可以輸入序列的 ACCN號， gi號或者 FASTA格式的序列 34 /90 輸入說明 點紅圈的“ more”可以更多的說明 35 /90 輸入格式說明 ? 1） FASTA格式 “ ”開始的單行加分行的序列字符串，中間不允許空行。 gi|129295|sp|P01013|OVAX_CHICK GENE X PROTEIN (OVALBUMINRELATED) QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE KMKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERIEKTINFEKLTEWTNPNTMEKRRVKVYLPQMKIEEKYNLTS 36 /90 37 /90 2） Bare Sequence QIKDLLVSSSTDLDTTLVLVNAIYFKGMWKTAFNAEDTREMPFHVTKQESKPVQMMCMNNSFNVATLPAE KMKILELPFASGDLSMLVLLPDEVSDLERIEKTINFEKLTEWTNPNTMEKRRVKVYLPQMKIEEKYNLTS VLMALGMTDLFIPSANLTGISSAESLKISQAVHGAFMELSEDGIEMAGSTGVIEDIKHSPESEQFRADHP FLFLIKHNPTNTIVYFGRYWSP 沒有開始的帶“ ”的單行，只有序列數(shù)據(jù)，中間不允許空行。 38 /90 2） Bare Sequence 也可以是 GBFF格式中的序列數(shù)據(jù)，即可以帶數(shù)字和空格，但序列中間也不允許空行。 1 qikdllvsss tdldttlvlv naiyfkgmwk tafnaedtre mpfhvtkqes kpvqmmcmnn 61 sfnvatlpae kmkilelpfa sgdlsmlvll pdevsdleri ektinfeklt ewtnpntmek 121 rrvkvylpqm kieekynlts vlmalgmtdl fipsanltgi ssaeslkisq avhgafmels 181 edgiemagst gviedikhsp eseqfradhp flflikhnpt ntivyfgryw sp 39 /90 3） Identifiers ? 包括檢索號，帶版本號的檢索號以及 gi號都是允許的，但是格式有要求，下面是幾種錯誤的格式。 ACCESSION P01013 AAA68881. 1 gi| 129295 ACCESSION不能出現(xiàn) 版本號之前不能有空格 “ | ”與數(shù)字
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