blast數(shù)據(jù)庫檢索ppt課件(已修改)
2025-05-24 04:48 本頁面
【正文】 回顧 —— 數(shù)據(jù)庫搜索 ? 互聯(lián)網(wǎng)上存放大量免費(fèi)的生物學(xué)數(shù)據(jù)庫，并有基本的數(shù)據(jù)分析工具。 ? NCBI包含生物大分子序列的各種最基本數(shù)據(jù)庫。 ? Entrez是 NCBI的檢索系統(tǒng)，提供 關(guān)鍵詞檢索功能 ，可檢索該網(wǎng)站所有的子數(shù)據(jù)庫。 ? 參考序列數(shù)據(jù)庫（ RefSeq）包括核酸和蛋白質(zhì)序列，是高質(zhì)量的非冗余的數(shù)據(jù)庫。 ? GenBank數(shù)據(jù)格式（ GBFF）包含序列大量的相關(guān)信息。 1 /90 回顧 —— 雙序列比對 ? 雙序列比對有三種情況：匹配（得分為正），不匹配（蛋白質(zhì)有保守性問題），空位（罰分）?？瘴涣P分一般采用仿射罰分。 ? 雙序列比對可以幫助我們發(fā)現(xiàn)兩條序列一致性位點(diǎn)的百分比，或者保守性位點(diǎn)（蛋白質(zhì)）的百分比。 ? 動態(tài)規(guī)劃法比對兩條序列可以獲得數(shù)學(xué)上的最佳值（受打分矩陣影響）。 ? 可以進(jìn)行全局（長度接近）和局部的比對。 ? 相似性是查找確認(rèn)同源序列的最基本步驟。同源序列一般具有統(tǒng)計(jì)顯著的相似性。 2 /90 課堂練習(xí) ? 應(yīng)用動態(tài)規(guī)劃法算法，打分系統(tǒng)是否對雙序列比對結(jié)果有影響？為什么？ ? 雙序列比對的動態(tài)規(guī)劃算法的時(shí)間復(fù)雜度？ ? 用點(diǎn)陣法確認(rèn)一條 rna序列是否具有發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)。 ? 點(diǎn)陣法為什么要進(jìn)行去噪處理，用什么方法？ 3 /90 矩陣集合 PAMN 如， PAM60矩陣用于比較相距 60個(gè) PAM單位的序列。計(jì)算方法是 PAM1自乘 60次。 思考題：經(jīng)過 100次 PAM后，是否每個(gè)氨基酸都發(fā)生了變化？為什么？ 4 /90 BLOSUM 62 模塊氨基酸替換矩陣 5 /90 BLOSUM90 PAM30 低趨異度 小鼠和大鼠 RBP BLOSUM45 PAM240 高趨異度 小鼠和細(xì)菌的 lipocalin BLOSUM80 PAM120 BLOSUM62 PAM180 相似度越低的序列，在比對的時(shí)候，采用 PAM矩陣時(shí)，后面的數(shù)字越大，采用BLOSUM矩陣時(shí)，后面的數(shù)字越小。 6 /90 序列相似性搜索 BLAST 7 主要內(nèi)容 ? 一、 BLAST簡介 ? 二、 BLAST算法 ? 三、 BLAST一般使用方法 ? 四、 BLAST搜索實(shí)例 8 /90 一、 BLAST簡介與意義 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) allows rapid sequence parison of a query sequence against a database. The BLAST algorithm is fast, accurate, and webaccessible. 9 /90 網(wǎng)站上的簡單說明 ? The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program pares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. （ 作業(yè)：翻譯 ） 10 /90 BLAST的應(yīng)用 ? 確定直系同源序列或旁系同源序列。如當(dāng)一個(gè)新的細(xì)菌基因組被測序后，幾千種蛋白質(zhì)被確定，其中有多少蛋白質(zhì)是同源的？從這里面預(yù)測出的基因中有多少是在 GenBank中找不到顯著性同源物的？ ? 確定哪些蛋白質(zhì)和基因在特定的物種中出現(xiàn)。植物中是否也存在象 RBP這樣的脂質(zhì)運(yùn)載蛋白？魚類中是否有反轉(zhuǎn)錄酶基因（如 HIV1 pol基因）？ ? 確定一個(gè) DNA或者蛋白質(zhì)序列身份。如通過芯片實(shí)驗(yàn)得到一個(gè)感興趣的基因，那么就可以通過將這個(gè) DNA序列在一個(gè)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行搜索，來尋找哪些蛋白質(zhì)與該 DNA編碼的蛋白質(zhì)具有相關(guān)性。 11 /90 ? 確定一個(gè)特定基因或者蛋白質(zhì)有哪些已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的變種。例如，很多病毒都具有極強(qiáng)的突變能力。 HIV1 pol有哪些已知的變異體？ ? 研究可能存在多種剪接方式的表達(dá)序列標(biāo)簽。
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