【導(dǎo)讀】曙光信息產(chǎn)業(yè)（北京）有限公司1. 上海交大生命學(xué)院。高性能集群管理員手冊(cè)

　　

【正文】 25 3/3 12 9410 wxxu a124 free 12020 12 12020 2389 2/2 0 a125 busy* 12020 12 12020 1652 4/4 12 9410 wxxu a126 free 12020 12 12020 2442 1/1 0 a127 excl * 12020 12 12020 1898 3/3 12 9503 john a128 free 12020 12 12020 1032 1/1 0 a129 excl 12020 12 12020 1712 3/3 12 9503 john a130 free * 12020 12 12020 3264 5/3 3 8216 wxxu 9187 wxxu 9533 wxxu ……………………………………. ……………………………………. 節(jié)點(diǎn)狀態(tài) excl ：所有 CPU 資源已被占用； busy ： CPU 已接近滿(mǎn)負(fù)荷運(yùn)行； 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 20 free ：全部或部分 CPU 空閑； offl ：管理員手動(dòng)指定離線(xiàn)狀態(tài)； 查詢(xún)作業(yè)運(yùn)行狀態(tài) qstat an |more 如下輸出： mgmt: Req39。d Req39。d Elap Job ID Username Queue Jobname SessID NDS TSK Memory Time S Time ymei itcs ga88_remd1_zj 22516 8 96 720:0 R 231:2 a330/11+a330/10+a330/9+a330/8+a330/7+a330/6+a330/5+a330/4+a330/3+a330/2 +a330/1+a330/0+a331/11+a331/10+a331/9+a331/8+a331/7+a331/6+a331/5+a331/4 +a331/3+a331/2+a331/1+a331/0+a332/11+a332/10+a332/9+a332/8+a332/7+a332/6 +a332/5+a332/4+a332/3+a332/2+a332/1+a332/0+a334/11+a334/10+a334/9+a334/8 +a334/7+a334/6+a334/5+a334/4+a334/3+a334/2+a334/1+a334/0+a335/11+a335/10 +a335/9+a335/8+a335/7+a335/6+a335/5+a335/4+a335/3+a335/2+a335/1+a335/0 +a337/11+a337/10+a337/9+a337/8+a337/7+a337/6+a337/5+a337/4+a337/3+a337/2 +a337/1+a337/0+a339/11+a339/10+a339/9+a339/8+a339/7+a339/6+a339/5+a339/4 +a339/3+a339/2+a339/1+a339/0+a435/11+a435/10+a435/9+a435/8+a435/7+a4 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 21 35/6 +a435/5+a435/4+a435/3+a435/2+a435/1+a435/0 查詢(xún)作業(yè)命令 qstat [參數(shù) ]，其中參數(shù)可為 : q ：列出系統(tǒng)隊(duì)列信息 B ：列出 PBS 服務(wù)器的相關(guān)信息 Q ：列出隊(duì)列的一些限制信息 an：列出隊(duì)列中的所有作業(yè)及其分配的節(jié)點(diǎn) r ：列出正在運(yùn)行的作業(yè) f jobid ：列出指定作業(yè)的信息 Qf queue：列出指定隊(duì)列的所有信息 刪除作業(yè) 作業(yè)刪除命令： qdel 作業(yè)號(hào) 注意事項(xiàng) 非 root 用戶(hù)只能查看、刪除自己提交的作業(yè)； 強(qiáng)制刪除作業(yè) ，當(dāng)某些作業(yè)由于節(jié)點(diǎn)死機(jī)無(wú)法刪除時(shí)，可由 root 用戶(hù)登錄，使用qdel p 作業(yè)號(hào) 來(lái)強(qiáng)制刪除作業(yè) 作業(yè)調(diào)度系統(tǒng)使用舉例 串行作業(yè) !/bin/bash x PBS N serial PBS l nodes=1:ppn=1 PBS l walltime=60:00:00 PBS j oe PBS q serial define variables 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 22 echo This jobs is $PBS_JOBID@$PBS_QUEUE cd ${PBS_O_WORKDIR} date sleep 100 hostname date PBS l nodes=1:ppn=1 表示申請(qǐng) 1 個(gè)節(jié)點(diǎn)上的 1 顆 CPU。 PBS q serial 表示提交到集群上的 serial 隊(duì)列。 并行作業(yè) ? openmpi 并行作業(yè)的腳本以 cpi 為例。 示例 OpenMPI 腳本： PBS N openmpi PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` mpirun np $NP hostfile $PBS_NODEFILE mca orte_rsh_agent ssh mca btl self,openib,sm ./program 2amp。1 | tee a echo end time is `date` | tee a ? mpich2 示例 MPICH2 腳本： PBS N mpich2 PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 23 PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` n $NP launcher ssh f $PBS_NODEFILE ./program 2amp。1 | tee a echo end time is `date` | tee a ? mvapich2 MVAPICH2 示例腳本： PBS N mvapich2 PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` n $NP launcher ssh f $PBS_NODEFILE cpi 2amp。1 | tee a echo end time is `date` | tee a ? IntelMPI 示例腳本： PBS N intelmpi PBS l nodes=1:ppn=8 PBS j oe PBS l walltime=2:00:00 cd $PBS_O_WORKDIR 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 24 echo my job id is $PBS_JOBID | tee echo run nodes is following: | tee a cat $PBS_NODEFILE | tee a echo begin time is `date` | tee a id=`echo $PBS_JOBID|awk F. 39。{print $1}39。 ` NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc l` qstat f1 $PBS_JOBID | grep exec_host | awk 39。{print $3}39。 | tr 39。+/39。 39。\n 39。 | awk v prog=cpi v = 39。NR==1 {node=$1。 count=1。 core[count]=$2。 next}。 $1==node {count++。 core[count]=$2}。 $1!=node {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 for(i=1。icount。i++) printf(%d,core[i])。 printf(%d %s\n,core[count],prog)。 node=$1。 count=1。 core[count]=$2}。 END {printf(n %d host %s env %s env I_MPI_PIN_PROCESSOR_LIST ,count,node,)。 for(i=1。icount。i++) printf(%d,core[i])。 printf(%d %s\n,core[count],prog)}39。 rankfile.${id} mpirun r ssh f $PBS_NODEFILE configfile rankfile.$id 2amp。1 | tee a echo end time is `date` | tee a web 版使用 作業(yè)調(diào)度 登陸 gridview 作在 WEB 瀏覽器地址欄中輸入以下 URL： IP:6080/gridview_portal 出現(xiàn)登錄界面后，使用你的用戶(hù)名賬戶(hù)登入，在 Gridview 的“作業(yè)調(diào)度”界面就可以進(jìn)行相關(guān)查詢(xún)和操作。曙光 Gridview 集群管理軟件的使用可以參考 Gridview 用戶(hù)手冊(cè)。 作業(yè) portal 提交 功能入口 登錄 系統(tǒng) 后， 進(jìn)入系統(tǒng)主頁(yè)面，單擊主菜單中的“ 作業(yè)調(diào)度 ”，即可看到作業(yè)調(diào)度的子菜單，包括“ Portal 提交”、“作業(yè)管理 ” 、“模板提交”、“統(tǒng)計(jì)視圖”、“歷史作業(yè)”、“作業(yè)記賬”、“管理功能”和“ VNC集成” 8 個(gè)子菜單，其中“管理功能”子菜單中包含了 “隊(duì)列管理”、“用戶(hù)設(shè)置”、“節(jié)點(diǎn)管理”、“ License 管理”，“模板管理”和“調(diào)度器管理”，“ VNC 集成”子菜單中包含了“ VNC 登錄”和“ VNC 管理” 。 曙光 信息產(chǎn)業(yè)（ 北京 ） 有 限公司 25 總體 使用說(shuō)明 ? portal 查詢(xún) 單擊刷新列表按鈕時(shí)可查詢(xún)當(dāng)前所有的應(yīng)用 portal（包括可用和不可用） 。 ? portal 提交 雙擊某一個(gè)可用的應(yīng)用 portal（即樹(shù)的葉子節(jié)點(diǎn)）時(shí)，頁(yè)面右側(cè)區(qū)域會(huì)顯示該應(yīng)用 portal的解析 結(jié)果，如 圖 51所示 ，它是 MPI portal解析結(jié)果 的示例， 用戶(hù)可填寫(xiě)或選擇各項(xiàng)描述信息的值，然后 單擊提交按鈕即可提交作業(yè)