【正文】 ， 在一定的積分半徑范圍內(nèi) ， 分子間的交叉向量峰越少 ， 但計(jì)算工作量加大 。 這兩者要取得平衡 。一般取分子最小徑線＋積分半徑＋分辨率 積分半徑：分子線度 6080%， 分子直徑 7580%在計(jì)算交叉旋轉(zhuǎn)函數(shù)時一般用尤拉角坐標(biāo)系θ 1， θ 2， θ 3 在計(jì)算自身旋轉(zhuǎn)函數(shù)時一般用球極坐標(biāo)系 (φ ,ψ ,κ ) 當(dāng)分子取向決定后 ， 就要找到分子在晶胞中的確切位置 ， 平移函數(shù)的計(jì)算就是為了確定分子在晶胞中的位置 。 T(t) ＝ ∫ P0(u)P(ut)du 平移函數(shù)一般在二維平面內(nèi)計(jì)算 ， 兩個不同方向的截面可確定三個分量 ， 平移函數(shù)的峰值主要由分子間的向量峰決定的 （ 附圖 ） 。 另外 ， R值的搜索也可確定平移向量 。 單對同晶置換加反常散射法確定蛋白質(zhì)相角 有反常散射原子的原子散射因子 f=f0+⊿f+if ’’ 圖 圖 這兩個圖都說明利用一個重原子衍生物的數(shù)據(jù)可以唯一確定蛋白質(zhì)的相角 ， 但是這兩套蛋白質(zhì)相角是不同的 ， 原因是重原子的位置不同 （ xyz） 與 （ x,y,z） 。 先在正確的右手坐標(biāo)系中確定 F(hkl)和 F(h,k,l)， 然后分別用兩套坐標(biāo) (即一為 xiyizi另一為 xi,yi,zi)計(jì)算Fc(hkl)和 Fc(h,k,l)， 最后比較 Fc（ h） /Fc（ h） ， Fo（ h）/Fo（ h） 大于 1或小于 1， 若兩者一致 ， 則所選絕對構(gòu)型是正確的 。 對大分子情況更復(fù)雜 。 以上節(jié)為例作一說明 。 利用這兩套不同的相角 ， 對第二個重原子衍生物做差值 Fourier圖 。 |FPH2|－ |FP|＋一套相角 |FPH2|－ |FP|＋另一套相角 正確的絕對構(gòu)型會在第二個重原子衍生物的重原子位置顯示最高的峰 。 磷酯酶晶體用第一個 Pt衍生物得到的兩套相角 SIRAS對第二個 Hg衍生物作差值 Fourier圖 。 Hg1（ 峰高 ） Hg2 (1) 錯誤構(gòu)型 342 616 (2) 正確構(gòu)型 501 1036 Se代甲硫氨酸 ， 每 Se就可成功應(yīng)用此法 。 要求：有可調(diào)波長同步輻射源 ， 要精確測量Friedel點(diǎn)對的反常差 ， 也就是數(shù)據(jù)精度要高 ，波長選擇近重原子吸收邊 ， 另外兩個波長的強(qiáng)度差別也要大 ， ⊿ F = |F(λ i)| |F(λ j)|， |F(λ i)|＝ （ 1/2） ||Fh|＋ |Fh|| 結(jié)構(gòu)中所有原子的非反常散射部分與反常散射部分分開 最后推出 |F|2=|FBA|2+p|FA|2+|FBA| |FA| [qcos(φ BAφ A)+rsin(φ BAφ A)] p=((⊿f) 2+( f’’))/( f0) 2, q=2⊿f/ f0， r=2 f’’/ f0 p， q， r是 λ 函數(shù) ， 從原子吸收系數(shù)得到 |F|2可從實(shí)驗(yàn)測得對每一 Friedel點(diǎn)對即 (hkl)(h,k,l)， |FBA|， |FA|， (φ BAφ A)是不知道的 ， 但它們與 λ無關(guān) ， 對 Friedel點(diǎn)對是相等的 ， 僅 φ BAφ A符號不同 。 一個 λ 對這三個未知數(shù)給出二套等式 ， 所以原則上用兩個不同波長可以解出每一反射的 FBA， |FA|和 (φ BAφ A)。 要計(jì)算蛋白質(zhì)電子密度圖需要 φ BA。 用 |FA|2作系數(shù)計(jì)算 Patterson圖，解出重原子 A位置，然后由 A的位置計(jì)算 φ A，再從 (φ BAφ A)值和 φ A得到 φ BA。 由于在計(jì)算 A結(jié)構(gòu)時沒有考慮反常散射，所以得到的是兩種對映體的結(jié)構(gòu)都可能的。（也即原子位置可以是（ xyz）也可以是（ x,y,z）） 每個波長的 ⊿ f， f’’是原子吸收系數(shù)的函數(shù)，原子吸收系數(shù)可從實(shí)驗(yàn)測得。 方法基礎(chǔ)是蛋白質(zhì)分子有較高的電子密度 ， 而溶劑區(qū)電子密度很低 ， 對電子密度作一改造ρ i=k∑w iρ i 先確定分子邊界 ， 溶劑體積開始時比估算的要略小 10－ 15％ ， 以后逐步增加 ， 至少比估算值低 5％ ， 這是為了避免把分子表面的 loop區(qū)去掉 ，在溶劑區(qū)給予溶劑密度的平均值 ， 然后從圖反變換得到相角 。 流程圖 如果不對稱單位內(nèi)有多個分子 ， 則可利用非晶體學(xué)對稱性對多個分子進(jìn)行分子平均 。 這可改進(jìn)電子密度圖 ， 因?yàn)檎`差是隨機(jī)的 ， 在各個分子中的分布是不同的 ， 平均后可提高電子密度圖的信噪比 。 1用分子置換法的自身 Patterson函數(shù)得到非晶體學(xué)對稱性 。 2確定分子邊界 。 比實(shí)際分子邊界略小 ， 因?yàn)槭芊肿佣逊e環(huán)境影響 ， 分子表面略有不同 ， 但又要盡可能多的包括蛋白質(zhì)分子的密度 。 3電子密度平均 。 把各分子內(nèi)對應(yīng)點(diǎn)的電子密度平均 。 溶劑區(qū)電子密度抹平 ， 等于該區(qū)域內(nèi)的平均電子密度 ， 這樣得到一個新的電子密度圖 。 4用 Fourier反變換 ， 從電子密度圖得出新的相角 。 5用觀察結(jié)構(gòu)因子振幅和新相角計(jì)算新的電子密度圖 。 分子平均對非晶體學(xué)對稱性高的病毒結(jié)構(gòu)特別有用 。 5A分辨率的圖可劃分出分子邊界 ， 辨認(rèn) ?螺旋 ， 但一般很難跟蹤肽鏈走向 。 中等分辨率的圖上 ， 可以跟蹤肽鏈走向 。 辨認(rèn) ?片層和芳香環(huán)側(cè)鏈 ， 根據(jù)一級結(jié)構(gòu)建立分子模型 。 高分辨率的圖 ， 建立分子精細(xì)模型尋找水分子 。 調(diào)節(jié)初始模型 ， 使按模型計(jì)算的結(jié)構(gòu)因子振幅和實(shí)驗(yàn)測得的結(jié)構(gòu)因子振幅盡可能的接近 。用 R因子表示 R＝ (Σ ||Fo||Fc||) / (Σ |Fo|) 大分子一般 R在 20％ 以下就可以了 小分子結(jié)構(gòu)修正中普遍使用的最小二乘法在大分子結(jié)構(gòu)修正的早期遇到了麻煩 。 主要是觀察值 Fo和結(jié)構(gòu)修正的參數(shù)之比非常小 。 因此 ， 要盡可能的增加觀察值的數(shù)量 ， 減少待修正的參數(shù) ，于 是 產(chǎn) 生 了 立 體 化 學(xué) 制 約 的 修 正 方 法constrained和 restrained。 Constrained把分子作為剛體 ， 僅二面角能變 ， 也就是鍵長 、 鍵角均固定了 。 這就減少了待修正的參數(shù) 。 這適宜于整個結(jié)構(gòu)移動 ， 不適宜對結(jié)構(gòu)局部進(jìn)行調(diào)整 。 Restrained允許立體化學(xué)參數(shù)在標(biāo)準(zhǔn)值范圍附近變化。如鍵長、鍵角、扭角、 VDW接觸、芳香環(huán)的共面性、不對稱碳原子 Cα 的手性等，立體化學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)值是從小分子結(jié)構(gòu)測定中得出的，這些標(biāo)準(zhǔn)值就作為 “ 觀察值 ” ，所以 restrained是增加 “ 觀察值 ” 。 另外，在極小函數(shù)內(nèi)也可包括有關(guān)的能量項(xiàng)，這些能量項(xiàng)也與鍵長、鍵角有關(guān) 。 當(dāng)初始模型存在比較大的錯誤時 ， 用立體化學(xué)制約的最小二乘法修正結(jié)構(gòu) ， 有時分子的局部構(gòu)象會走到錯誤的局部能量極小態(tài) ， 所以模型需要經(jīng)常用圖象工作站進(jìn)行手工調(diào)整 。 分子動力學(xué)方法就是為了在修正過程中避免分子進(jìn)入錯誤的局部能量極小狀態(tài) 。 它先加熱分子至 2022K或 3000K， 使分子有足夠的能量克服勢壘 ， 然后再緩慢冷卻模型 ， 使分子達(dá)到最低能量狀態(tài) 。 ， 差值電子密度沒有突出的峰需要解釋的 Rfree rms， 鍵長 、 鍵角 3176。 以下 ，分子內(nèi)或分子間沒有過近接觸 φψ值在 Ramachandran圖允許范圍內(nèi) ， 側(cè)鏈原子的平均溫度因子大于主鏈原子平均溫度因子 ， 處于表面的殘基溫度因子大于疏水內(nèi)核的殘基溫度因子 。 luzzati圖估計(jì)原子坐標(biāo)誤差 ， 一般 2A分辨率結(jié)構(gòu) R因子在 20％ ， 原子坐標(biāo)平均誤差約在 －。