并行計算機(jī)與并行計算-資料下載頁
2024-10-12 09:51本頁面
【導(dǎo)讀】并行計算機(jī)與并行計算。理論與計算化學(xué)國際合作研究中心。分子反應(yīng)動力學(xué)國家重點實驗室。交叉分子束動力學(xué)課題組。研究員2人，其中一位為中國科學(xué)院院士，高級訪問學(xué)者1人，博士后研究人員6人，博士研究生18人，碩士研究生4人。與多個國際學(xué)術(shù)團(tuán)隊有很好的合作，與紐約大學(xué)化學(xué)系張增輝教授合作建立理論與。交叉分子束對光解，碰撞反應(yīng)，立體化學(xué)動力學(xué)的研究。準(zhǔn)經(jīng)典軌線方法對反應(yīng)動態(tài)學(xué)的研究。復(fù)雜體系勢能面的構(gòu)造，擬和。量子化學(xué)及其他方法對分子結(jié)構(gòu)，物質(zhì)特性，化學(xué)反應(yīng)過程的研究。1997-2020年，發(fā)表文章84篇，其中英文66篇。及并行模型的分類。4工作站集群的基本結(jié)構(gòu)。5中國科學(xué)院十五計劃中關(guān)于并行計。，是為了在問題的求解上具有更快的速度、更高的。精度、更大的規(guī)模、更好的性能價格比而采用的非。主流計算的設(shè)施和方式。油藏建模機(jī)翼設(shè)計。以動物的食物鏈為例。五種物理機(jī)模型:實際的機(jī)器體系結(jié)構(gòu)
【正文】 編譯與運(yùn)行 Center of Computational Chemistry 工作站集群 (COW)的基本結(jié)構(gòu) Center of Computational Chemistry COW簡介 工作站機(jī)群 （ Cluster of Workstation） 是 將一群工作站用某種結(jié)構(gòu)的網(wǎng)絡(luò)互聯(lián)起來 ， 充分利用各工作站的資源 ， 統(tǒng)一調(diào)度 、 協(xié)調(diào)處理 ， 以實現(xiàn)高效并行計算 。 通信原語庫以及并行程序設(shè)計環(huán)境工具 : MPI、 PVM、 linda 互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)： LAN（ Myri Myri/Gigabite/Ether ） 節(jié)點： 高檔微機(jī)，對稱多處理機(jī) SMP 操作系統(tǒng)： Unix、 Linux、 NT、 改進(jìn)和修改的操作系統(tǒng) 通信協(xié)議： TCP/IP、 特定的協(xié)議 Center of Computational Chemistry 基本實現(xiàn)原理 1 網(wǎng)絡(luò)文件系統(tǒng) NFS(Unix、 Linux) 、 網(wǎng)絡(luò)驅(qū)動器 (Windows)， MFS(Mosix kernel)... 2 網(wǎng)絡(luò)信息服務(wù) NIS (Unix、 Linux) 、 NIS+(Solaris)、 域（ NT） 3 并行開發(fā)環(huán)境及編譯器 MPI、 PVM ， Linda, HPF, GNU GCC/G77 … 4 數(shù)學(xué)庫 Free Scalapack... 5 通信軟件 Free Myri GM 6 作業(yè)管理 GNU Open PBS 7 系統(tǒng)管理 GNU SCMS 8 監(jiān)控管理 GNU OSCAR 9 負(fù)載均衡 Mosix Center of Computational Chemistry 216。 軟件配置 ： 操作系統(tǒng) ：每一個節(jié)點都裝有多用戶，多任務(wù)的 RH linux() 網(wǎng)絡(luò)文件系統(tǒng)： NFS， MFS 網(wǎng)絡(luò)信息系統(tǒng) ： NIS 編譯器 ： GNU C, GNU Fortran 77, Absoft F95 F90 F77, PGI F90 F77 C C++ 并行開發(fā)環(huán)境 ： LINDA, MPI 負(fù)載均衡 ： Mosix 數(shù)據(jù)并行語言高性能編譯器和運(yùn)行庫 ： HF77, PGI HPF， Free Scalapack 計算軟件 ： Parallelized Gaussian 98 (with Linda support), Gamess, Molpro,各種自編程序和交流程序 HPC Server Center of Computational Chemistry 中國科學(xué)院十五計劃中 關(guān)于并行計算部分 Center of Computational Chemistry 中國科學(xué)院網(wǎng)絡(luò)信息中心高性能計算研究室 現(xiàn)有計算設(shè)備 ： － Power Challenge XL 并行對稱多處理系統(tǒng) －日立 SR2201超級計算并行機(jī)系統(tǒng) －曙光 2020II超級服務(wù)器 詳細(xì)配置可以查詢： Center of Computational Chemistry 預(yù)備引進(jìn) ： －聯(lián)想 iCluster1800高性能機(jī)群服務(wù)器（已由數(shù)學(xué)研究院引進(jìn)，正在試運(yùn)行） －超過 2萬億次的超級計算機(jī)（預(yù)計 2020年 9月到位） 目前正在征求意見，建立用戶資料庫 Center of Computational Chemistry ？ 一般來說，計算量極大而使 PC不能滿足要求或者根本不能計算的任務(wù)是適合在 超級計算環(huán)境中運(yùn)行的。比如， （ 1）需要分布式并行處理的科學(xué)計算任務(wù)，包括：由于對計算資源要求過大而 使現(xiàn)在的硬件條件無法滿足要求的計算任務(wù)，通過將串行源代碼改編為并行源 代碼來進(jìn)行計算，或者有通行的并行計算程序（商業(yè)或非商業(yè)）； （ 2）雖然可以計算但是時間過長的問題等。 ？ 現(xiàn)行的超級計算環(huán)境是基于 Linux或 Unix操作系統(tǒng)的，所以對于商業(yè)程序，應(yīng)該是 支持這兩種操作系統(tǒng)的；而對于自編的源代碼，可以在超級計算機(jī)上編譯通過產(chǎn)生 可執(zhí)行文件。如果希望把串行的代碼改編為并行，可以得到超級計算中心技術(shù)人員 的幫助。 Center of Computational Chemistry 我們所的使用 量子化學(xué)和化學(xué)動力學(xué)涉及的相關(guān)課題 生物分子、藥物分子的設(shè)計、模擬及結(jié)構(gòu)特性 基元化學(xué)反應(yīng)的量子化學(xué)研究 材料科學(xué)和表面科學(xué) 物理有機(jī)化學(xué)及催化過程的研究 催化反應(yīng)動力學(xué)及其表征 量子動力學(xué)研究分子的動態(tài)過程 PEMFC內(nèi)流體流動與傳遞現(xiàn)象研究 流場理論計算及多維物理場耦合計算 Center of Computational Chemistry 謝謝！
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