基于高密度snp芯片進行中國荷斯坦牛cnv檢測(編輯修改稿)
2025-01-23 13:33 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 除了具有覆蓋范圍廣、組成形式多樣的特點以外，還具有其作為遺傳標記的三個重要特點 —— 可遺傳性 —— 相對穩(wěn)定性 —— 高度異質(zhì)性 14 ＣＮＶ的研究價值 College Animal Science Technology 15 CNV作用機制與疾病 ? 通過劑量效應(yīng)直接改變基因表達量，引起功能紊亂。 ? 通過影響基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子，間接影響基因的表達量。 College Animal Science Technology 16 研究 CNV的相關(guān)試驗技術(shù) ? ArrayCGH ? ROMA ? Fosmid末端比較 ? FISH ? SNP芯片技術(shù) ? 分辨率范圍從 1Mb到幾 Kb ? 準確程度依靠芯片上片段的數(shù)量和距離 College Animal Science Technology 二、試驗群體 ? 2047荷斯坦奶牛，來自１４個公牛家系 ? 基于 Illumina高密度 SNP50K芯片檢測平臺 17 College Animal Science Technology 三、 CNV檢測 ? 利用 BEADSTUDIO產(chǎn)生每個個體的所有SNP位點探針雜交信號強度數(shù)據(jù)； ? 基于隱馬爾科夫鏈算法，采用 PennCNV軟件，檢測個體 CNV。 18 College Animal Science Technology 19 PennCNV簡介 ? 從 SNP芯片數(shù)據(jù)檢測 CNVs ? 隱馬爾科夫模型（ hidden Markov model） ? 可處理 Illumina、 Affymetrix及其他芯片數(shù)據(jù) ? 集成多方面信息： total signal intensity、每個
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