系統(tǒng)進化樹的構(gòu)建方法與軟件應用(編輯修改稿)
2024-08-28 13:48 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 versity of Glasgow開發(fā)，進化樹顯示工具 Phylogeny 歐洲生物信息研究所（ EBI）的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件 PHYML 快速的ＭＬ建樹工具 MrBayes 基于貝葉斯方法的建樹工具 MAC5 基于貝葉斯方法的建樹工具 ? 構(gòu)建ＮＪ樹，可以用 PHYLIP或者 MEGA ? 構(gòu)建 MP樹，可以使用 PHYLIP或者 MEGA ? 構(gòu)建 ML樹可以使用 PHYML，速度快，同時構(gòu)建 ML樹還可以用 PHYLIP，或者可以使用 BioEdit ? 貝葉斯的算法以 MrBayes為代表，不過速度比較慢 關(guān)于系統(tǒng)發(fā)育分析的更多知識請參閱： ?構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的主要步驟 ?大體來說構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的步驟有三步： 1. 序列比對 (ClustalX2) ?構(gòu)建系統(tǒng)進化樹的主要步驟 2. 掐頭去尾 選取所需序列 轉(zhuǎn)換格式（ BioEdit or ClustalX2） Example： 3. 利用相關(guān)軟件繪制系統(tǒng)進化樹（ BioEdit， MEGA） ?實例講解 下面的內(nèi)容將教大家如何來構(gòu)建自己的系統(tǒng)進化樹。 首先我們需要弄清楚一個很重要的問題，什么是 Fasta 格式 ? 在生物信息學中 ， FASTA格式 （ 又稱為 Pearson格式 ） ， 是一種基于文本用于表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式 。 在這種格式中堿基對或氨基酸用單個字母來編碼 ， 且允許在序列前添加序列名及注釋 。 序列文件的第一行是由大于號 “” 或分號 “ ?！?打頭的任意文字說明 （ 習慣常用 “”作為起始 ） ， 用于序列標記 。 從第二行開始為序列本身 ， 只允許使用既定的核苷酸或氨基酸編碼符號 。 ? 構(gòu)建我們自己的 Fasta 文件 很多情況下， Fasta文件是直接可以從數(shù)據(jù)庫中下載得到的，但是根據(jù)實際要求的不同，有時候我們需要自己構(gòu)建 Fasta文件，如果您已近有了想用來構(gòu)建進化樹的序列，您可以如右圖所示構(gòu)建自己的文件，文件的保存格式是： 文件名 .txt ?實例講解 下面我們以禽流感病毒為例，構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。 首先我們要下載我們所需的序列。 ?go=genomeset ?實例講解 請在 Define search set: 中選擇我們想要的禽流感病毒的 Type, Host, Country/Region, Subtype. 這里我們選在了 A型禽流感病毒，當然在這次練習中您喜歡的任意類型。
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