中科大-materials-studio-培訓教程-7(包你學會)請將這一系列全看完-一定有收獲。(編輯修改稿)
2025-08-22 00:46 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 菜單條中的 Modify / Constraints。勾選上 Fix fractional position，關(guān)閉此對話框。 Pd 體內(nèi)的原子被固定住，可以通過改變顯示顏色查看被限制了的 Pd 原子。 在 3D 模型文件內(nèi)，點擊取消選擇原子。右擊文件，選擇 Display Style。在 Atom 標簽欄上的 Coloring 區(qū)域，把顏色選項改為 Constraint。 現(xiàn)在這個 3D 模型文件如下所示： 把顏色選項改回 Element，關(guān)閉此對話框。 這個結(jié)構(gòu)是優(yōu)化 CO 分子在 Pd(110)表面吸附的起始模型。 選擇工具條中的 File | Save As...。瀏覽到 (1x1) CO on Pd(110)文件夾，把文件名改為 (1x1) CO on Pd(110)，按下 Save 按鈕。 選擇 File | SaveProject，然后 then Window | Close All。 (4). 把 CO 分子添加到 1 x 1 Pd(110)表面并優(yōu)化此結(jié)構(gòu) 現(xiàn)在的工作對象是 (1x1) Co on Pd(110)文件夾內(nèi)的結(jié)構(gòu)。在 Project Explorer 內(nèi)，打開 (1x1) CO on Pd(110)文件夾內(nèi)的 (1x1) CO on Pd(110).xsd 文件?，F(xiàn)在把 CO 分子添加到短橋鍵位置的上方。上一講已根據(jù)實驗事實來確定了鍵的長度，這里直接使用已有的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 選擇菜單欄里的Build / Add Atoms，選擇 Option 標簽。確認坐標系統(tǒng)是 Fractional。 選擇 Atoms標簽，把 Element 改為 C。把a 的值改為 ， b 的值改為 ， c 的值改為 。 按下 Add按鈕。 如果新加的原子沒有球狀顯示，從菜單欄選擇 view / Display Style / Ball and Stick 如果要知道所建立的模型正確與否，可以使用 Measure/Change 工具。 點擊與 Measure/Change 工具相關(guān)聯(lián)的選項箭頭，選擇 Distance。點擊 PdC 鍵。鍵長顯示為 ，接近實驗值。 下一步是添加 O 原子。 在 Add Atoms 對話框上，把 Element 改為 O。 CO 鍵的實驗值是 197。在分數(shù)坐標系統(tǒng)內(nèi)，這個值是 ，把這個值與 C 的分數(shù) z 坐標值相加，就得到 O 的分數(shù) z 坐標值 。 把 c 的值改為 ，按下 Add 按鈕，關(guān)閉此對話框。 Pd 的起始對稱性是 P1，但是隨著 CO 分子的引入發(fā)生了改變。 可以通過運用 Find Symmetry工具找到并加上對稱性。 選擇工具條上的 Find Symmetry 工具，按下 Find Symmetry 按鈕，然后按下Impose Symmetry按鈕。 現(xiàn)在的對稱性是 PMM2。 右擊 3D 模型文件，選擇Display Style。選擇 Lattice 標簽，把 Style 改為 Default。 現(xiàn)在結(jié)構(gòu)如右圖所示： 現(xiàn)在開始優(yōu)化結(jié)構(gòu)。 選擇 File / Save Project，然后 Window / Close All。在 Project Explorer 內(nèi)，打開(1x1)CO on Pd(110)文件夾內(nèi)的 (1x1)CO on Pd(110).xsd。 選擇 CASTEP 工具中的 Calculation。計算步驟和計算的參數(shù)設置見下頁。 按下 Run 按鈕。 注意： Pd的結(jié)構(gòu)已優(yōu)化過，現(xiàn)
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