中科大-materials-studio-培訓(xùn)教程-7(包你學(xué)會(huì))請(qǐng)將這一系列全看完-一定有收獲。(編輯修改稿)
2025-08-22 00:46 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 菜單條中的 Modify / Constraints。勾選上 Fix fractional position，關(guān)閉此對(duì)話框。 Pd 體內(nèi)的原子被固定住，可以通過(guò)改變顯示顏色查看被限制了的 Pd 原子。 在 3D 模型文件內(nèi)，點(diǎn)擊取消選擇原子。右擊文件，選擇 Display Style。在 Atom 標(biāo)簽欄上的 Coloring 區(qū)域，把顏色選項(xiàng)改為 Constraint。 現(xiàn)在這個(gè) 3D 模型文件如下所示： 把顏色選項(xiàng)改回 Element，關(guān)閉此對(duì)話框。 這個(gè)結(jié)構(gòu)是優(yōu)化 CO 分子在 Pd(110)表面吸附的起始模型。 選擇工具條中的 File | Save As...。瀏覽到 (1x1) CO on Pd(110)文件夾，把文件名改為 (1x1) CO on Pd(110)，按下 Save 按鈕。 選擇 File | SaveProject，然后 then Window | Close All。 (4). 把 CO 分子添加到 1 x 1 Pd(110)表面并優(yōu)化此結(jié)構(gòu) 現(xiàn)在的工作對(duì)象是 (1x1) Co on Pd(110)文件夾內(nèi)的結(jié)構(gòu)。在 Project Explorer 內(nèi)，打開(kāi) (1x1) CO on Pd(110)文件夾內(nèi)的 (1x1) CO on Pd(110).xsd 文件?，F(xiàn)在把 CO 分子添加到短橋鍵位置的上方。上一講已根據(jù)實(shí)驗(yàn)事實(shí)來(lái)確定了鍵的長(zhǎng)度，這里直接使用已有的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)。 選擇菜單欄里的Build / Add Atoms，選擇 Option 標(biāo)簽。確認(rèn)坐標(biāo)系統(tǒng)是 Fractional。 選擇 Atoms標(biāo)簽，把 Element 改為 C。把a(bǔ) 的值改為 ， b 的值改為 ， c 的值改為 。 按下 Add按鈕。 如果新加的原子沒(méi)有球狀顯示，從菜單欄選擇 view / Display Style / Ball and Stick 如果要知道所建立的模型正確與否，可以使用 Measure/Change 工具。 點(diǎn)擊與 Measure/Change 工具相關(guān)聯(lián)的選項(xiàng)箭頭，選擇 Distance。點(diǎn)擊 PdC 鍵。鍵長(zhǎng)顯示為 ，接近實(shí)驗(yàn)值。 下一步是添加 O 原子。 在 Add Atoms 對(duì)話框上，把 Element 改為 O。 CO 鍵的實(shí)驗(yàn)值是 197。在分?jǐn)?shù)坐標(biāo)系統(tǒng)內(nèi)，這個(gè)值是 ，把這個(gè)值與 C 的分?jǐn)?shù) z 坐標(biāo)值相加，就得到 O 的分?jǐn)?shù) z 坐標(biāo)值 。 把 c 的值改為 ，按下 Add 按鈕，關(guān)閉此對(duì)話框。 Pd 的起始對(duì)稱性是 P1，但是隨著 CO 分子的引入發(fā)生了改變。 可以通過(guò)運(yùn)用 Find Symmetry工具找到并加上對(duì)稱性。 選擇工具條上的 Find Symmetry 工具，按下 Find Symmetry 按鈕，然后按下Impose Symmetry按鈕。 現(xiàn)在的對(duì)稱性是 PMM2。 右擊 3D 模型文件，選擇Display Style。選擇 Lattice 標(biāo)簽，把 Style 改為 Default。 現(xiàn)在結(jié)構(gòu)如右圖所示： 現(xiàn)在開(kāi)始優(yōu)化結(jié)構(gòu)。 選擇 File / Save Project，然后 Window / Close All。在 Project Explorer 內(nèi)，打開(kāi)(1x1)CO on Pd(110)文件夾內(nèi)的 (1x1)CO on Pd(110).xsd。 選擇 CASTEP 工具中的 Calculation。計(jì)算步驟和計(jì)算的參數(shù)設(shè)置見(jiàn)下頁(yè)。 按下 Run 按鈕。 注意： Pd的結(jié)構(gòu)已優(yōu)化過(guò)，現(xiàn)
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