【文章內(nèi)容簡介】 55765929tRNAVal1410714172tRNAAla59305996srRNA1417314946tRNAArg59976071Dloop149471571堿基同源性分析通過分析結(jié)果可得知：分析圖見附圖2和附圖3。梨小食心蟲的線粒體全基因與日本的野桑蠶線粒體（Bombyx mandarina from Japan mitochondrion）最為相似，高達到了99%。、開放性閱讀框（ORF）分析通過分析可得：分析過程見附錄附錄5。序列NC 014806，6748~7299位存在一個長552bp的開放閱讀框，編碼為183個氨基酸，起始密碼子為ATG，終止密碼子為TAG，在此將該閱讀框命名為SEQUENCE，方便以后使用。、基因編碼蛋白質(zhì)的理化性質(zhì)分析、氨基酸組成、分子質(zhì)量、等電點分析試驗結(jié)果表明, SEQUENCE蛋白質(zhì)分子式為C1024H1603N241O243S5，原子總數(shù)為3116。在氨基酸組成上亮氨酸33，占18%，異亮氨酸32個，%，苯丙氨酸，15個，%，甘氨酸 1236個，%。 氨基酸對應(yīng)的英文名稱和單個字母縮寫見附錄51。、疏水性分析分析可得到結(jié)果：分析過程見附錄6，得知該蛋白有4個疏水性區(qū)域14個親水區(qū)域。、基因編碼蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)分析、蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)分析經(jīng)分析可得：分析圖見附錄9。SEQUENCE的二級結(jié)構(gòu)，主要以α螺旋，不規(guī)則盤繞和延伸鏈為蛋白最大量的結(jié)構(gòu)元件，223。折疊散布于整個蛋白質(zhì)中。、蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果見附錄10。、基因編碼蛋白質(zhì)的功能分析、信號肽預(yù)測分析可得結(jié)果：具體圖譜見附錄112。由附錄112分析，可知信號肽序列為：MAGITANYEFDLKKIIALSTLRQLGLIIRILRIGLP，具體對應(yīng)的氨基酸見圖51，在生物體內(nèi)，蛋白質(zhì)的合成場所與功能場所常常被一層或多層細胞膜所隔開，這樣就產(chǎn)生了蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運的問題。核糖體是真核生物細胞內(nèi)合成蛋白質(zhì)的場所，幾乎在任何時候，都有數(shù)以百計或千計的蛋白質(zhì)離開核糖體并被輸送到細胞各個部分，以補充細胞的物質(zhì)成分和更新細胞功能。由于細胞各部分都有特定的蛋白質(zhì)組分，因此，合成的蛋白質(zhì)必須準確無誤地定向運送才能保證生命活動的進行。一般認為，蛋白質(zhì)定位的信息存在于該蛋白質(zhì)自身結(jié)構(gòu)中，并且通過與膜上特殊受體的互相作用得以表達。在起始密碼子后，有一段編碼疏水性氨基酸序列RNA片段，這個氨基酸序列就稱為信號序列。含有信號肽的蛋白質(zhì)一般能夠被分泌到細胞外，可能作為重要的細胞因子起作用，從而具有潛在的應(yīng)用價值。SEQUENCE的第36 37位之間有信號肽的剪切位點。、磷酸化位點分析通過分析可得結(jié)論：具體圖譜見附錄13和附錄14。由磷酸化位點分析，有1個Ser，1個Thr，2個Tyr可能成為蛋白激酶磷酸化位點。、亞細胞定位結(jié)果如下：k used for kNN is: 27queryProtein details mito: , plas: , .: 解釋：mito為線粒體、plas為質(zhì)粒、 內(nèi)質(zhì)網(wǎng)由上可得結(jié)論：亞細胞定位分析可知SEQUENCE最有可能存在線粒體中。、二硫鍵分析 由分析可知：具體見附錄15，SEQUENCE含有3個Cys，共形成1個二硫鍵，分別連接著第56位和第86位Cys。絕大多數(shù)情況下二硫鍵是在多肽鏈的β－轉(zhuǎn)角附近形成的。二硫鍵的形成并不規(guī)定多肽鏈的折疊，然而一旦蛋白質(zhì)采取了它的三維結(jié)構(gòu)則二硫鍵的形成將對此構(gòu)象起穩(wěn)定作用。假如蛋白質(zhì)中所有的二硫鍵相繼被還原將引起蛋白質(zhì)的天然構(gòu)象改變和生物活性丟失。在許多情況下二硫鍵可選擇性的被還原。同時，該蛋白含有二硫鍵也使得該蛋白對熱、對蛋白酶降解較為穩(wěn)定。、構(gòu)建系統(tǒng)進化樹 最終獲得的系統(tǒng)進化樹如圖：從上圖我們不難看出，梨小食心蟲與茶小卷葉蛾、朝灰蝶進化關(guān)系關(guān)系最近。總結(jié)和展望(Summary and Outlook)本章通過對梨小食心蟲的線粒體基因序進行生物信息學(xué)的分析，總結(jié)結(jié)果如下：梨小食心蟲線粒體基因的NCBI的登錄號NC 014806，基因全長為15717bp，為一環(huán)形的雙鏈DNA，并且于6748~7299處存在一個長552bp的開放閱讀框，可編碼為183個氨基酸，起始密碼子為ATG，終止密碼子為TAG。將其ORF出的氨基酸序列（命名為SEQUENCE）繼續(xù)進行生物信息學(xué)的分析，SEQUENCE與目前數(shù)據(jù)庫中存有的數(shù)據(jù)中具有明顯的同源性，尤其與日本的野桑蠶線粒體高達99%。對其進行的一級結(jié)構(gòu)分析和二級結(jié)構(gòu)分析中，表明SEQUENCE是一個酸性蛋白，親水性較強，疏水性較弱，信號肽序列為第36位~第37位，亞細胞定位最大可能性為定位于線粒體。主要以α螺旋，不規(guī)則盤繞和延伸鏈為新蛋白最大量的結(jié)構(gòu)元件，223。折疊散布于整個蛋白質(zhì)中。與此同時，經(jīng)過與八種物種進行多序列比對，構(gòu)建進化樹，我們可以得知梨小食心蟲與其中的茶小卷葉蛾、朝灰蝶進化關(guān)系關(guān)系最近。 通過這些分析數(shù)據(jù)，可以從功能、結(jié)構(gòu)上獲得有價值的信息，為下一步的研究及開發(fā)利用做出探索、提出可參考的研究方案。在人類基因組計劃的推動下，以生物信息的采集、處理、存儲、傳布、分析和解釋等多個方面為研究內(nèi)容的生物信息學(xué)得到了很好的發(fā)展。本次通過運用生物信息學(xué)研究內(nèi)容的一部分對一個基因序列的結(jié)構(gòu)和功能進行了預(yù)測，為下一步研究方案的制定提供了依據(jù)，以期研究的順利進行[18]。但是，不容忽視的是，目前生物信息還不是一個很完善的學(xué)科，所以通過生物信息獲取的結(jié)論目前并不能直接轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力，用于應(yīng)用，更多的是作為別的學(xué)科的一個佐證，但是在不遠的未來，生物信息獲取的數(shù)據(jù)結(jié)果一定可以直接產(chǎn)生價值，用于實際的應(yīng)用。所以，此次論文的寫作，更多的是為未來更好的研究提供一種思路，一種方法，開拓新的視野。參考文獻[1] 周潤清,劉磊,2007,(2):4447[2] 李偉,——,1999,22(2):104107[3] 郭志云,張懷渝,5(3):313317[4] 丁達夫,梁衛(wèi)平,50,2(3):20[5] 歐陽曙光,:,1999,44(14):14571468[6] 文建平,——,2004,24(4)[7] ——生物信息學(xué). 醫(yī)學(xué)信息,2000,13(10):519520[8] ,2004,2(2):2934[9] 鄭珩,:化學(xué)工業(yè)出版社:現(xiàn)代生物技術(shù)與醫(yī)藥科技出版中心,2004[10] Attwood ., PasrrySmith ,:北京大學(xué)出版社,2002[11] 郝柏林,:上?？茖W(xué)技術(shù)出版社,2000[12] Andreas Molecular Biology Database Collection:2002 Acids Research,2002,30(1):112[13] 張成崗,:科學(xué)出版社,2002[14] Kyte ,Skovgaard M,and Brunak of novel archaeal enzymes from sequencederived features. 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