【文章內(nèi)容簡介】 GUI （圖表用戶界面）、 Popup Info. （彈出信息）、 ChemDraw （二維圖形軟件 ChemDraw ）、 Dihedral Driver （二面角驅(qū)動）。用戶可 以選擇以透明背景保存模型圖片 ； 可以設(shè)置輸出圖片的分辨率，也可使用顯示器分辨率輸出圖形（ 96DPI ）；可以決定是否在圖形中顯示 H 原子 ； 可以設(shè)置默認的輸出路徑。另外，可以 Set As Default （ 將當(dāng)前設(shè)定設(shè)為默認值 ）， 這樣為不同使用習(xí)慣的用戶就提供了更大的便利。 （ 2 ） Edit （編輯）菜單有： Undo （撤銷）、 Redo （重復(fù)）、 Cut （剪切）、 Copy （復(fù)制）、 Copy As （復(fù)制為）、 Paste （粘貼）、 Paste Special （特殊粘貼）、 Clear （刪除）、 Select All （全選）、 Select Fragment （選擇碎片）等選項。 （ 3 ） View （視圖）菜單有： Parameter Table （參數(shù)表）、 Toolbars （工具欄）、 Model Explore （模型資源管理器）、 ChemDraw Panel （ ChemDraw 面板）、 Cartesian Table （直角坐標(biāo)表）、 ZMatrix Table （ Z 矩陣表）、 Measurement Table （測量表）、 Output Box （輸出框）、 Comments Box （注釋框）、 Dihedral Chart （二面角圖）、 Align with （對齊）、 Model Display Mode （模型顯示模式）、 Show Atom Labels （顯示原子標(biāo)記）、 Show Serial Number （顯示序號）、 Show Atom Dots （顯示原子電子云）、 Show H39。s and Lp39。s （顯示氫原子和孤對電子）、 Red amp。 Blue （紅籃模式）、 Chromatek Glasses （以深色顯示）、 Stereo Pairs （立體對）、 Perspective （透視圖）、 Depth Fading （深色隱沒）、 Background Color （背景顏色）、 Color By （取色）、 Full Screen （全屏）等選項。 （ 4 ） Structure （結(jié)構(gòu)）菜單有： Measurement （度量）、 Fit （調(diào)整）、 Center Model （居中模型）、 Reflect （反射）、 Set ZMatrix （設(shè)置 Z －矩陣）、 Detect Stereochemistry （探測立體化學(xué)）、 Invert （反轉(zhuǎn)）、 Deviation From Plane （偏離平面）、 Add Centriod （增加質(zhì)心原子）、 Rectify （矯正）、 Clean Up （清除）、 Overlay （覆蓋）、 Dock （對接）等選項。 （ 5 ） Calculation （計算）菜單有： Calculation Results （計算結(jié)果）、 Stop （停止）、 Dihedral Driver （二面角驅(qū)動）、 Extended Huckel （擴展 Huckel 方法）、 MM2 （ MM2 分子力場）、 Compute Properties （計算分子性質(zhì)）、 Gamess （ Gamess 程序）、 Gaussian （高斯程序）、 Mechanics （分子力學(xué)）、 MOPAC （ MOPAC 方法）等選項。 （ 6 ） Surfaces （表面）菜單有： Choose Surface （選擇表面）、 Radius （半徑）、 Display Mode （顯示模式）、 Color Mapping （彩色繪圖）、 Surface Color （表面顏色）、 Resolution （分辨率）、 Molecular Orbital （分子軌道）、 Iso （ 等高線） 、 Color A （ 正電荷 顏色）、 Color B （ 負電荷 顏色）等選項。 （ 7 ） Movie （動畫）菜單有： Play （播放）、 Stop （停止）、 First Frame （第一幀）、 Previous Frame （前一幀）、 Movie Process （影片進程）、 Next Frame （下一幀）、 Last Frame （最后一幀）、 Delete （刪除）、 Delete All （全部刪除）、 Record （錄制）、 Spin About X Axis （繞 X 軸旋轉(zhuǎn)）、 Spin About Y Axis （繞 Y 軸旋轉(zhuǎn)）、 Spin About Z Axis （繞 Z 軸旋轉(zhuǎn)）、 Spin About Selected Axis （繞所選軸旋轉(zhuǎn)）、 Spin About Bond （繞化學(xué)鍵旋轉(zhuǎn)）等選項。 （ 8 ） Online （在線服務(wù)）菜單有： Find Suppliers on （ 從 查找供給商 ） 、 Find Information on （ 從 查找信息 ） 、 Find Structure from PDB ID （ 從 PDB ID 查詢結(jié)構(gòu)） 、 Find Structure from ACX Number （ 從 ACX 編號 查找結(jié)構(gòu) ） 、 Find Structure from Name at （ 從 查找結(jié)構(gòu) ） 、 Browse （瀏覽 網(wǎng)站）、 Browse （瀏覽 網(wǎng)站）、 Browse CambridgeSoft Documentation （瀏覽 文件）、 Browse CambridgeSoft Technical Support （瀏覽 技術(shù)支持）、 Browse CambridgeSoft Downloads （瀏覽 下載）、 Register Online （在線注冊）、 Browse ChemOffice SDK （瀏覽 ChemOffice SDK ）等選項。 （ 9 ）窗口菜單（ Window ）菜單有： Cascade （層疊）、 Tile （并排）、 Arrange Icons （排列圖標(biāo)）、 Close （關(guān)閉）、 Close All Window （關(guān)閉所有窗口）。 2 ．工具欄 Chem3D 有 6 個工具欄： Standard （標(biāo)準）、 Building （建模）、 Model Display （模型顯示）、 Surface （表面）、 Movies （動畫）、 Calculation （計算）。表 91 是 Chem3D 的主要工具欄的工具圖標(biāo)： 圖標(biāo) 描述 圖標(biāo) 描述 Select ，選擇 Stereo Pair ， 顯示一對有立體感的結(jié)構(gòu) Rotate ，旋轉(zhuǎn) Perspective ， 透視顯示（前大后小） Zoom ，縮放 Depth Fading ，深度 陰影顯示（前亮后暗） Singel Bond ，單鍵 Atom Label ，顯示元素符號 Double Bond ，雙鍵 Serial Number ，顯示原子序號 Trible Bond ，三鍵 Fullscreen ，全屏顯示 Dummy Bond ，啞鍵 Demo ，演示 Build From Text ，文本構(gòu)建 Surface ，分子表面顯示 Eraser ，刪除 Solvent Radius ，表面溶劑原子半徑 No Calculation Running ，沒有運行計算 Display Mode ，顯示模式 Calculation Running ，正在進行計算 Color mapping ，分子表面的彩色模式 MM2 minimize ， MM2 能量優(yōu)化 Surface Color ，表面顯示的顏色 Stop running ，停止計算的運行 Resolution ，模型顯示的分辨率 Model Display Mode ，分子顯示模式 Molecular Orbital Select ，選擇分子軌道 Background Color ，工作區(qū)背景顏色 Isocontour ，網(wǎng)格等高線 Redblue Glasses ， 紅藍眼鏡的立體顯示 Positive Amplitude Color ，正電荷顏色 Chromatek Glasses ， 深色眼鏡的立體顯示。 Negative Amplitude Color ，負電荷顏色 表 91 Chem3D 的主要工具欄的工具圖標(biāo) Chem3D 在工作窗口的左、右邊框上增了 Model Explorer （模型管理器）和 ChemDraw Panel （ ChemDraw 面板）的彈出式窗口功能。用戶使用 View ／ Model Explorer （“ Ctrl+E ”）命令激活模型管理器，使用 View ／ ChemDraw Panel （“ Ctrl+W ”）命令可激活 ChemDraw 程序。除了模型管理器和 ChemDraw 面板是 Chem3D 固定在工作窗口的左、右邊框上，其它的顯示窗口（如 Output 、 Measurement 等）可拖放在上、下、左、右四個邊框上。所有窗口都具有自動隱藏的功能，點擊窗口右上角的“ Auto Hide ”圖標(biāo)，可實現(xiàn)自動收縮隱藏的效果，將光標(biāo)移到 Chem3D 的工作區(qū)窗口內(nèi)時，自動隱藏窗口會向邊框方向收縮，直至完全隱藏，將光標(biāo)指向邊框上自動隱藏窗口的標(biāo)記時，該窗口會向外自動彈出。 Chem3D 的自動隱藏窗口設(shè)計新穎，使用方便。 Model Explorer （模型管理器） 以縱向平鋪方式同時顯示分子結(jié)構(gòu)層次和 3D 窗口，如圖 926 所示。 模型管理器 窗口主要用于顯示 3D 窗口的分子模型的結(jié)構(gòu)層次。對于一個小分子，在該窗口中只顯示分子及其所含的原子兩個層次的信息。對于一個生物大分子，則可以分別依次顯示蛋白質(zhì)分子、肽鏈、官能團和原子等層次信息。點擊“ + ”可擴展顯示層次，點擊“ ”則可縮減顯示層次，它類似于 Windows 中的文件夾的樹狀結(jié)構(gòu)。用戶可以根據(jù)分子模型的結(jié)構(gòu)，在 模型管理器 窗口中選擇一個或數(shù)個對象，使其在 3D 窗口中顯示或者不顯示，這對于顯示復(fù)雜大分子的子結(jié)構(gòu)帶來了很大的方便。 /div 圖 926 Model Explorer （模型管理器）顯示的 分子結(jié)構(gòu)層次和 3D 窗口 1 ．分子模型的平移和旋轉(zhuǎn) Chem3D 在建模工具欄中 提供“ Select ” （選?。┕ぞ吆汀?Rotate ”（旋轉(zhuǎn)）工具 ，使用 這兩個工具 ， 可以對三維分子模型進行平移和旋轉(zhuǎn) ， 使分子模型具有更好的視覺效果。 （ 1 ）對 整個分子模型的平移，先用“ Select ”（選?。┕ぞ?，拖拉矩形框，選擇整個分子，或者使用 Edit ／ Select All 命令 （或“ Ctrl+A ”） 選定全部分子模型 。然后 在分子的任一位置上點擊，用鼠標(biāo)拖動 ， 可將分子在窗口內(nèi)平移。 （ 2 ） 如用“ Select ”（選取）工具單擊原子 ，完成了 選定后再拖拉動原子 ， 可以實現(xiàn)單原子的平移。 （ 3 ）點擊“ Rotate ”（旋轉(zhuǎn)）工具圖標(biāo)后，當(dāng)光標(biāo)處于工作區(qū)的四邊時，會顯示出上下左右四邊區(qū)。光標(biāo)在上和下邊區(qū)做水平拖動時，分子圖形分別沿 Z 軸（ Rotate About Z Axis ）和 Y 軸（ Rotate About Y Axis ）旋轉(zhuǎn)。光標(biāo)在右邊區(qū)做垂直拖動時，分子圖形分別沿 X 軸（ Rotate About X Axis ）旋轉(zhuǎn)。而光標(biāo)在左邊區(qū)做垂直拖動時，分子圖形分別繞著化學(xué)鍵（ Rotate About Bond ）旋轉(zhuǎn)，但要先選定一個化學(xué)鍵才有效。在此四個邊條位置時，光標(biāo)的形狀均不相同。 （ 4 ）當(dāng)光標(biāo)處于非邊區(qū)位置時，四個邊區(qū)自動隱藏，此時光標(biāo)呈手形，用戶可 按住鼠標(biāo)左鍵 上下和左右的拖拉，使分子沿 X 軸和 Y 軸旋轉(zhuǎn)。 （ 5 ）如果要進行精確角度的旋轉(zhuǎn)操作，可點擊“ Rotate ”（旋轉(zhuǎn)）工具圖標(biāo) 右邊的黑色向下三角圖標(biāo)進入旋轉(zhuǎn)角度的轉(zhuǎn)盤設(shè)置窗口。在窗口的下部有 7 個小圖標(biāo)，分別對應(yīng)： X 軸、 Y 軸、 Z 軸、軌跡球、化學(xué)鍵、二面角（一邊）、二面角（另一邊）。用戶要先點擊某個圖標(biāo)，選擇要旋轉(zhuǎn)的對象，再拖動轉(zhuǎn)盤的指針進行旋轉(zhuǎn)，也可以白色的輸入框中，鍵入具體的數(shù)值，按回車鍵，進行精確旋轉(zhuǎn)。 （ 6 ）如果工作區(qū)內(nèi)有多個分子，使用“ Select ”（選?。┩侠鼍匦慰蜻x定某個分子，此后的旋轉(zhuǎn)操作只針對選定的分子。 圖 927 是分子旋轉(zhuǎn)操作的窗口，左邊是 點擊“ Rotate ”（旋轉(zhuǎn)）工具圖標(biāo)的窗口，右邊是 旋轉(zhuǎn)角度的轉(zhuǎn)盤窗口。 圖 927 分子旋轉(zhuǎn)操作的窗口 2 ．分子模型的動畫 Chem3D 還有顯示動畫的功能 ，分子模型 可以繞 X 軸、 Y 軸和 Z 軸轉(zhuǎn)動 ，用戶 可以從不同角度觀看分子結(jié)構(gòu) ，獲得 更多的信息。具體的操作可在 Movie 菜單（或者 Movie 工具欄）中實現(xiàn)，例如 Movie ／ Spin About X （ Y 、 Z ） Axis 可實現(xiàn) 繞 X 、 Y 、 Z 旋轉(zhuǎn)。另外，還可以使用 Record （錄制）功能，將屏幕最前和最后的二個圖形錄制為動畫的二個幀，多個幀的連續(xù)播放就可構(gòu)成完整的動畫。在 Movie 菜單還 有一些通用的播放器控制 選項， 利用它們控制動畫的播放 ，觀看動畫的細節(jié) 。 Chem3D 還可將錄制的動畫另存為 通用性很強 AVI 視頻文件 ，使用 File ／ Save as 命令 ， 選擇 Windows AVI Movie （ *.avi ）文件格式 ，并選擇合適的壓縮算法存儲文件 。 3 ．分子模型的顯示 Chem3D 的分子模型顯示模式有： Wire Frame （線狀）、 Sticks （棒狀