【正文】 （ 8 ） Reflect （鏡像） 通過指定的平面對分子結(jié)構(gòu)或選擇的部分結(jié)構(gòu)進(jìn)行鏡像操作。 （ 5 ） Paste （粘貼） 將剪貼板里的圖形粘貼到工作區(qū)。參數(shù)設(shè)置有以下內(nèi)容：工具圖標(biāo)（ Tool ）、鍵盤操作（ Key ）、圖形的設(shè)置（ Setup Image ）、第二級結(jié)構(gòu)顏色（ Secondary Structure Colors ）、應(yīng)用文件路徑（ Paths ）、網(wǎng)絡(luò)許可（ Network License ）、窗口顏色（ Window Color ）、化學(xué)鍵顏色（ Bond Color ）、被選定對象顏色（ Selection Color ）、等值面顏色（ Isosurface Color ）。 （ 10 ） Import （導(dǎo)入） 導(dǎo)入由 HyperChem 或其它量子化學(xué)計(jì)算程序得到分子軌道、偶力矩、紫外可見光譜和紅外光譜數(shù)據(jù)。 （ 5 ） Save As （另存為） 將工作區(qū)里的分子結(jié)構(gòu)另外存儲為一個(gè)文件。 HyperChem 的菜單命令很多，以下通過對 HyperChem 的菜單命令的介紹并結(jié)合某些具體的操作，說明程序的程序的主要功能和使用方法。 （ 8 ） ZClipping planes （ Z 軸截片），光標(biāo)形狀為 。界面的最上方是菜單欄。 圖 932 丁二烯的 靜電勢網(wǎng)格顯示圖形 圖 933 丁二烯 的 溶劑可及 表面顯示圖形 2 ．分子軌道圖形的顯示 分子軌道圖形的顯示也要先進(jìn)行量子化學(xué)的計(jì)算。分子表面圖形的顯示模式有： Solid （實(shí)心）、 Wire Mesh （網(wǎng)格）、 Dots （點(diǎn)狀）、 Translucent （透明）。 分子模型的幾何構(gòu)型優(yōu)化是分子模型設(shè)計(jì)的一個(gè)重要部分，它 可使分子模型 更接近于真實(shí)的三維空間分子。 （ 5 ） Gaussian ： Gaussian 是 著名從頭算計(jì)算程序。 Chem3D 可進(jìn)行以下的計(jì)算： （ 1 ） Extended Huckel ： Extended Huckel （擴(kuò)充的休克爾）是簡單的半經(jīng)驗(yàn)計(jì)算方法，使用該方法可進(jìn)行電荷和表面的計(jì)算。 （ 1 ）將光標(biāo)指向一個(gè)原子就可以顯示出原子的元素符號以及編號，將光標(biāo)指向一個(gè)化學(xué)鍵可以顯示鍵長和鍵級。 5 ．使用坐標(biāo)表構(gòu)建模型 Chem3D 以 Cartesian Table （直角坐標(biāo)表）和 ZMatrix Table （ Z 矩陣坐標(biāo)表）兩種方式顯示分子結(jié)構(gòu)的坐標(biāo)。另外，使用其它工具（例如，選擇工具或單鍵工具）時(shí)，鼠標(biāo)雙擊原子，在白色輸入框中鍵入元素符號也可改變原子類型，輸入數(shù)字改變原子編號。在完成模型繪制后再加氫和建模，先選擇需要加氫和建模和的分子，使用 Structure ／ Rectify 命令進(jìn)行加氫，使用 Structure ／ Clean Up 命令進(jìn)行建模。圖 929 是 Chem3D 和 ChemDraw 窗口界面。 Chem3D 將 ChemDraw 整合在同一個(gè)平臺上，在 Chem3D 在工作界面嵌入了 ChemDraw 面板，用戶可以直接在 Chem3D 的界面上直接進(jìn)行 ChemDraw 的操作，而不必另外啟動 ChemDraw 程序。 Chem3D 提供了計(jì)算化學(xué)程序的良好輸入輸出接口，這是其顯著優(yōu)點(diǎn)之一。“ Stereo Pair ”（立體對） 顯示兩個(gè)具有立體效果的分子模型。另外，還可以使用 Record （錄制）功能，將屏幕最前和最后的二個(gè)圖形錄制為動畫的二個(gè)幀，多個(gè)幀的連續(xù)播放就可構(gòu)成完整的動畫。 （ 4 ）當(dāng)光標(biāo)處于非邊區(qū)位置時(shí)，四個(gè)邊區(qū)自動隱藏，此時(shí)光標(biāo)呈手形，用戶可 按住鼠標(biāo)左鍵 上下和左右的拖拉，使分子沿 X 軸和 Y 軸旋轉(zhuǎn)。 （ 1 ）對 整個(gè)分子模型的平移，先用“ Select ”（選?。┕ぞ?，拖拉矩形框，選擇整個(gè)分子，或者使用 Edit ／ Select All 命令 （或“ Ctrl+A ”） 選定全部分子模型 。 Chem3D 的自動隱藏窗口設(shè)計(jì)新穎，使用方便。 （ 8 ） Online （在線服務(wù)）菜單有： Find Suppliers on （ 從 查找供給商 ） 、 Find Information on （ 從 查找信息 ） 、 Find Structure from PDB ID （ 從 PDB ID 查詢結(jié)構(gòu)） 、 Find Structure from ACX Number （ 從 ACX 編號 查找結(jié)構(gòu) ） 、 Find Structure from Name at （ 從 查找結(jié)構(gòu) ） 、 Browse （瀏覽 網(wǎng)站）、 Browse （瀏覽 網(wǎng)站）、 Browse CambridgeSoft Documentation （瀏覽 文件）、 Browse CambridgeSoft Technical Support （瀏覽 技術(shù)支持）、 Browse CambridgeSoft Downloads （瀏覽 下載）、 Register Online （在線注冊）、 Browse ChemOffice SDK （瀏覽 ChemOffice SDK ）等選項(xiàng)。 （ 3 ） View （視圖）菜單有： Parameter Table （參數(shù)表）、 Toolbars （工具欄）、 Model Explore （模型資源管理器）、 ChemDraw Panel （ ChemDraw 面板）、 Cartesian Table （直角坐標(biāo)表）、 ZMatrix Table （ Z 矩陣表）、 Measurement Table （測量表）、 Output Box （輸出框）、 Comments Box （注釋框）、 Dihedral Chart （二面角圖）、 Align with （對齊）、 Model Display Mode （模型顯示模式）、 Show Atom Labels （顯示原子標(biāo)記）、 Show Serial Number （顯示序號）、 Show Atom Dots （顯示原子電子云）、 Show H39。圖 925 是模型設(shè)定和參數(shù)選擇的窗口。用戶可新建一個(gè)未命名文件，并在其中繪制（或輸入）多個(gè)分子圖形，然后將全部分子圖形以特定的文件格式（ .MOL 、 .XYZ 、 .CPD 、 .SMI ）存盤。 DS ViewerPro 可將分子結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)和分子結(jié)構(gòu)圖形通過 Windows 的剪貼板直接粘貼到其它應(yīng)用程序。當(dāng)進(jìn)行分子模型的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的監(jiān)測時(shí)，計(jì)算的所有數(shù)據(jù)在數(shù)據(jù)表中也都有專項(xiàng)顯示。此時(shí)屏幕上將顯示測定數(shù)據(jù)和標(biāo)識，如果要刪除以上顯示的數(shù)據(jù)信息，可使用 Tool ／ Monitors ／ Remove 命令。 圖 920 晶胞構(gòu)建的設(shè)定窗口 圖 921 黃鐵礦晶胞圖 6 ．分子表面的顯示（ Surface ）使用 Tools ／ Surface ／ Add… 命令，可顯示分子表面圖。點(diǎn)擊“ + ”可擴(kuò)展顯示層次，點(diǎn)擊“ ”則可縮減顯示層次，它類似于 Windows 中的文件夾的樹狀結(jié)構(gòu)。 4 ．脫氧核糖核酸 / 核糖核酸的顯示（ DNA/RNA ） 點(diǎn)擊工具欄上的“ Display Style ”圖標(biāo)（或“ Ctrl+D ”），再選擇 DNA/RNA 選項(xiàng)，可進(jìn)入脫氧核糖核酸 / 核糖核酸的顯示設(shè)定窗口，如圖 918 所示。在 Object 的下拉菜單有以下選項(xiàng)： Atom 、 Bond 和 Molecule 。 1 ．原子顯示（ Atom ） DS ViewerPro 程序提供了多種原子顯示模式。 （ 7 ）點(diǎn)擊水平工具欄上“ Add Hydrogens ”（加氫）圖標(biāo)，增加了 8 個(gè)氫原子（序號 1926 ）。再使用環(huán)狀（ Ring ）工具，點(diǎn)擊原子 10 向左拖拉，生成五員環(huán)。 （ 6 ）使用鍵盤的四個(gè)光標(biāo)移動鍵（左、右、上、下），也可以對分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行 X 、 Y 軸旋轉(zhuǎn)。按從上至下順序分別是： Select （選擇， F5 ）、 Rotate （旋轉(zhuǎn)， F6 ）、 Translate （平移， F7 ）、 Zoom （尺寸縮放， F8 ）、 Torsion （旋轉(zhuǎn)扭角）、 Sketch （繪制結(jié)構(gòu)）、 Ring （繪制環(huán)狀結(jié)構(gòu)）、 Chain （繪制鏈狀結(jié)構(gòu)）、 Annotation （注釋文本）、 Text Box （帶框注釋文本）、 Text Callout （帶指向框注釋文本）等。 （ 5 ） Modify （修改）菜單有： Element （原子元素符號）、 Charge （電荷狀態(tài)）、 Bond （化學(xué)鍵類型）、 Hybridization （雜化方式）、 Stereochemistry （手性立體結(jié)構(gòu)）、 Insert Atom （插入原子）、 Contract Bond （縮減鍵）、 Invert Center （構(gòu)型倒置）、 Fuse （融合）、 Align Structure （排列結(jié)構(gòu)）、 Torsion Kick （通過扭角變化構(gòu)建同分異構(gòu)體）、 Coordinate Kick （通過坐標(biāo)變化構(gòu)建同分異構(gòu)體）、 Clean Structure （構(gòu)建三維分子結(jié)構(gòu)）、 Add on Molecules （能量優(yōu)化）等選項(xiàng)。本節(jié)說明 DS ViewerPro 的使用方法。用戶可任意調(diào)整顯示質(zhì)量和打印質(zhì)量，高質(zhì)量的顯示和打印明顯地增加了圖形外沿的平滑，可以方便地將高分辨率的分子結(jié)構(gòu)圖形進(jìn)行排版和印刷。DS ViewerProDS ViewerPro 是基于 PC 機(jī)硬件平臺的顯示效果最佳的軟件之一，它具有構(gòu)建、顯示、分析和測定分子性質(zhì)等多種功能： （ 1 ）使用 DS ViewerPro 的繪圖工具，用戶可在屏幕的工作區(qū)內(nèi)繪制二維分子的骨架，軟件內(nèi)存儲了原子的成鍵化學(xué)數(shù)據(jù)，可進(jìn)一步構(gòu)建三維分子結(jié)構(gòu)模型。 （ 4 ）用戶可以將分子的結(jié)構(gòu)性質(zhì)參數(shù)拷貝到 Excel 兼容的電子表格，也可以將分子模型直接拷貝并嵌入到 Microsoft Office 文件中。 DS ViewerPro 的程序界面由下拉式菜單、水平工具欄、垂直工具欄和工作區(qū)等組成，如圖 97 所示。 （ 6 ） Window （窗口）菜單有： New 3D Window （新建三維分子模型窗口）、 New Stereo 3D Window （新建三維立體分子模型窗口）、 New Hierarchy Window （新建層次結(jié)構(gòu)窗口）、 New Data Table （新建數(shù)據(jù)表窗口）、 Cascade （疊層顯示窗口）、 Tile Horizontal （水平平鋪顯示窗口）、 Tile Vertical （垂直平鋪顯示窗口）、 Title Molecules in Windows （將窗口中分子平鋪顯示）、 Arrange Icons （重排圖標(biāo)）、 Close All （關(guān)閉所有窗口）等選項(xiàng)。最后二個(gè)工具圖標(biāo)只有在使用層次結(jié)構(gòu)窗口才可使用，它們是： Select （選擇）、 Display （顯示）。使用鍵盤上“ Page Up ”和“ Page Down ”鍵，也可對分子結(jié)構(gòu)進(jìn)行縮放操作. 使用 DS ViewerPro 具有繪制分子模型 的基本功能。 （ 4 ）使用“ Sketch ”（繪制）工具，點(diǎn)擊原子 12 ，生成原子 15 。 （ 8 ）點(diǎn)擊水平工具欄上“ Clean Structure ”（建模）圖標(biāo)，程序會根據(jù)各元素的鍵級和雜化方式給出標(biāo)準(zhǔn)化的鍵長、鍵角和扭角， 使 分子模型的構(gòu)型較為合理。對于普通分子，主要有線形（ Line ）、棒狀（ Stick ）、球棒狀（ Ball and Stick ）、比例球棒狀（ Scaled Ball and Stick ）、空間填充（ CPK ）、多面體（ Polyhedron ）等模式。在 Attribute 的下拉菜單有以下選項(xiàng)： ID 、 Name 、 Parent 、 PartialCharge 和 XYZ 。 DNA/RNA 的 Backbone 選項(xiàng)中有 Arrows 和 Tubes 顯示方式。用戶可以根據(jù)分子模型的結(jié)構(gòu)，在結(jié)構(gòu)層次窗口中選擇一個(gè)或數(shù)個(gè)對象（原子、化學(xué)鍵、核酸、氨基酸鏈、核酸鏈、氨基酸鏈），則在 3D 窗口中的圖形部分也作了對應(yīng)的選擇，再使用 View ／ Show 、 Hide 、 Show all 、 Show Only 等命令，控制該部分顯示或者不顯示。表面顯示方式有： Solvent （溶劑可及）、 Soft （柔和）、 VDW （范德華）三種方式。 DS ViewerPro 默認(rèn)顯示窗口是顯示分子模型的 3D 窗口，使用 Window ／ New Data Table 命令可以 打開數(shù)據(jù)表窗口 ，此時(shí)在屏幕上將出現(xiàn) 一個(gè)數(shù)據(jù)表格窗 口（ Data Table Window ）。例如測定了距離、角度和氫鍵以后，在數(shù)據(jù)窗口中將出現(xiàn)上述測定結(jié)果表。將 3D 窗口的分子圖形拷貝后，粘貼（內(nèi)嵌）到 Word 或 PowerPoint 文件中，雙擊這些文件中 DS ViewerPro 圖形，可啟動 DS ViewerPro 程序，直接進(jìn)行修改。播放動畫時(shí)，使用 View ／ Options ／ Import ／ Create Animation from Multiple Molecules 命令。 Model Settings （模型設(shè)定）窗口具有以下選項(xiàng)： Model Type （模型類型）、 Model Building （模型構(gòu)建）、 Atom Display （原子顯示）、 Color amp。s and Lp39。 （ 9 ）窗口菜單（ Window ）菜單有： Cascade （層疊）、 Tile （并排）、 Arrange Icons （排列圖標(biāo)）、 Close （關(guān)閉）、 Close All Window （關(guān)閉所有窗口）。 Model Explorer （模型管理器） 以縱向平鋪方式同時(shí)顯示分子結(jié)構(gòu)層次和 3D 窗口，如圖 926 所示。然后 在分子的任一位置上點(diǎn)擊，用鼠標(biāo)拖動 ， 可將分子在窗口內(nèi)平移。 （ 5 ）如果要進(jìn)行精確角度的旋轉(zhuǎn)操作，可點(diǎn)擊“ Rotate ”（旋轉(zhuǎn)）工具圖標(biāo) 右邊的黑色向下三角圖標(biāo)進(jìn)入旋轉(zhuǎn)角