生物信息進化ppt課件(編輯修改稿)
2025-05-28 13:28 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 存在序列之間的差異的位點 ,即 信息位點 :由位點產(chǎn)生的突變數(shù)目把一棵樹與另一棵樹區(qū)分開來的位點 .對于一個信息位點要求至少有兩種不同的序列 ,而且每個序列至少出現(xiàn) 2次 . 最大簡約法就是尋找長度最小 ,代價最小 (替換的次數(shù)最少 )的樹 . 我們只考慮信息位點 .(以 5為例 ) try… 距離法又稱距離矩陣法，首先通過各個物種之間的比較， 根據(jù)一定的假設(shè)（進化距離模型）推導(dǎo)得出分類群之間的進化距離，構(gòu)建一個進化距離矩陣。 進化樹的構(gòu)建則是基于這個矩陣中的進化距離關(guān)系 。 10條核酸序列的距離矩陣 例，如果有三個物種，其兩兩距離如下： dab = dac = dbc = 通過求解方程，得到 如圖所示的一棵樹。 u v a b c 一種簡單的距離矩陣 由進化距離構(gòu)建進化樹的方法有很多，常見有： Method（ FM法） 2. NeighborJoining Method (NJ法 /鄰接法 ) 3. Neighbors Relaton Method(鄰居關(guān)系法 ) Pair Group Method (UPGMA法 ) 通過矩陣建樹的方法 非加權(quán)分組平均法 （ Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean, UPGMA） 在非加權(quán)分組平均法中，在計算新分類到其它分類之間的平均距離時按照各分類中分類單元的數(shù)目進行加權(quán)處理。 UPGMA法 d=e=10/2=5 c=19/2= g=cd== d(DE)A=(AE+AD)/2=(41+39)/2=40 a=b=22/2=11 A B (CDE) A 22 B (CDE) d(CDE)A=(AE+AD+AC)/3=(41+39+39)/3= (AB) (CDE) (AB) (CDE) f1+a=f2+c=f1= , f2= 選擇外類群 （ Outgroup） ?選擇一個或多個已知與分析序列關(guān)系較遠的序列作為外類群 ?外類群可以輔助定位樹根 ?外類群序列必須與剩余序列關(guān)系較近，但外類群序列與其他序列間的差異必須比其他序列之間的差異更顯著。 bacteria outgroup eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote archaea archaea archaea 外圍群 可靠性分析 自展法 通過系統(tǒng)發(fā)生分析推斷出來的樹的不同部分可能有不同的置信度 , 造成統(tǒng)計誤差的一個原因是數(shù)據(jù)采樣誤差
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