【文章內(nèi)容簡介】 最為常用的數(shù)據(jù)讀取方式是用 () 函數(shù)或()函數(shù)讀取外部 txt或 csv格式的文件。 txt文件，制表符間隔 csv文件，逗號間隔 一些 R程序包（如 foreign）也提供了直接讀取 Excel, SAS, dbf, Matlab, spss, systat, Minitab文件的函數(shù)。 51 ()的使用 例： (D:/R/,header=T) header=T表示將數(shù)據(jù)的第一行作為標題。 (file=(),header=T) 可以彈出對話框，選擇文件。 52 例：從數(shù)據(jù)輸入到 t檢驗 編號 1 2 3 4 5 6 身高 m 體重 kg 60 72 57 90 95 72 表 2 六名患者的身高和體重 現(xiàn)有 6名患者的身高和體重，檢驗體重除以身高的平方是否等于 。 53 第一種方式：從控制臺輸入數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)量較少時可以從控制臺直接輸入： heightc(, , , , , ) weightc(60, 72, 57, 90, 95, 72) height^2 ratioweight/ (ratio, mu=) 54 第二種方式 從外部讀取數(shù)據(jù) 數(shù)據(jù)量較大時用 txt文件讀取 第 1步 將 Excel中的數(shù)據(jù)另存為 .txt格式（制表符間隔）或 .csv格式。 第 2步 用 ()或 ()函數(shù)將數(shù)據(jù)讀入 R工作空間，并賦值給一個對象。 55 圖 14 在 Excel中將數(shù)據(jù)存為 txt文件 56 例： t檢驗 (續(xù) ) 一般從 txt文檔讀取數(shù)據(jù)。每一行作為一個觀測值。每一行的變量用制表符，空格或逗號間隔開。 (”位置” , header=T) (”位置” ,header=T) 從外部讀取數(shù)據(jù) data1(d:/,header=T) bmi data1$weight/data1$height^2 (bmi, mu=) t檢驗 57 練習三：數(shù)據(jù)讀取和 t檢驗 將表 2中的數(shù)據(jù)錄入 Excel中，另存為 。 用 。 (“X:/”, header=TRUE) 對變量 attach() ratioweight/height^2 (ratio) 58 例：單因素方差分析 將三種不同菌型的傷寒病毒 a,b,c分別接種于 10， 9， 和 11只小白鼠上，觀察其存活天數(shù)，問三種菌型下小白鼠的平均存活天數(shù)是否有顯著差異。 a菌株： 2, 4, 3, 2, 4, 7, 7, 2, 5, 4 b菌株： 5, 6, 8, 5, 10, 7, 12, 6, 6 c菌株： 7,11,6, 6, 7, 9, 5, 10, 6, 3, 10 59 準備數(shù)據(jù)表 圖 15 數(shù)據(jù)表的準備 day和 type 各為一列 60 例：方差分析 (續(xù) ) 數(shù)據(jù)讀取，將 bac中， header=T表示保留標題行。 bac(d:/,header=T) 將 ba數(shù)據(jù)框中的 type轉(zhuǎn)換為因子 (factor) bac$type(bac$type) aov(lm(day~type, data=bac)) summary() boxplot(day~type,data=bac,col=red) 61 圖 16 三種菌型對小白鼠影響的箱線圖 62 練習四：方差分析和箱線圖繪制 1 在 excel中準備數(shù)據(jù)表 2 用 R讀取數(shù)據(jù)表 3 輸入如下命令進行方差分析、繪制箱線圖 boxplot(day~type,data=bac,col=red) aov(lm(day~type,data=bac)) summary() 63 向量、矩陣和數(shù)據(jù)框的創(chuàng)建 有時需要對讀入的數(shù)據(jù)進行操作，將某一向量轉(zhuǎn)換成矩陣，如條件篩選，此時將遇到向量、矩陣和數(shù)據(jù)框的生成、條件篩選等。 例如：提取前面群落數(shù)據(jù)表中，物種數(shù) 30的行，提取其中的某一列，進行分析等。 64 向量的創(chuàng)建 四種類型的向量 字符型 characterc(China, Korea, Japan, UK, USA, France, India, Russia) 數(shù)值型 numericc(1, 3, 6, 7, 3, 8, 6, 4) 邏輯型 logicalc(T, F, T, F, T, F, F, T) 復數(shù)型 略 65 向量的創(chuàng)建 生成向量的函數(shù) c(),rep(),seq(),”:” c(2,5,6,9) rep(2,times=4) seq(from=3, to=21, by=3 ) [1] 3 6 9 12 15 18 21 “:” 1:15 [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 通過與向量的組合，產(chǎn)生更為復雜的向量。 rep(1:2,c(10,15)) 66 向量創(chuàng)建 ——產(chǎn)生隨機數(shù) runif(10, min = 0, max= 1) rnorm(10, mean = 0, sd = 1) 幾個隨機數(shù)的相關函數(shù) 概率密度 dunif(x, min=0, max=1, log = FALSE) 累積函數(shù) punif(q, min=0, max=1, …) 分位數(shù) qunif(p, min=0, max=1, …) 隨機均勻分布 runif(n, min=0, max=1) 67 矩陣的創(chuàng)建 生成矩陣的函數(shù) dim()和 matrix() dim() 定義矩陣的行列數(shù)，例如： x 1:12 dim(x) c(3,4) [,1] [,2] [,3] [,4] [1,] 1 4 7 10 [2,] 2 5 8 11 [3,] 3 6 9 12 matrix(1:12,nrow=3,byrow=T) t(x)轉(zhuǎn)置 為行或列添加名稱： () () 68 數(shù)據(jù)框的創(chuàng)建 創(chuàng)建數(shù)據(jù)框的函數(shù) :(), (), cbind(), rbind() cbind() 按列組合成數(shù)據(jù)框 rbind() 按行組合成數(shù)據(jù)框 () 生成數(shù)據(jù)框 head() 默認訪問數(shù)據(jù)的前 6行 69 列表的創(chuàng)建 列表可以是不同類型甚至不同長度的向量 (數(shù)值型，邏輯型，字符型等等 )、數(shù)據(jù)框甚至是列表的組合。 list() 例如 list(character,numeric,logical,) 70 類的判斷 對象類型判斷 mode() 判斷存儲的類型 class() 判斷數(shù)據(jù)的類 根據(jù)數(shù)據(jù)的類，采用相應的處理方法。 以下函數(shù)，主要用在函數(shù)處理異常時使用，目的是增強程序的穩(wěn)健性。 () 返回值為 TRUE或 FALSE () 是否為邏輯值 () 是否為字符串 () 是否為空 () 是否為 na 71 類的轉(zhuǎn)換 () 轉(zhuǎn)換為數(shù)值型 () 轉(zhuǎn)換為邏輯型 () 轉(zhuǎn)換為字符串 () 轉(zhuǎn)換為矩陣 () 轉(zhuǎn)換為數(shù)據(jù)框 () 轉(zhuǎn)換為因子 72 向量內(nèi)的元素引用 Dalgaard書中的例子 c(5260, 5470, 5640, 6180, 6390, 6515, 6805, 7515, 7515, 8230, 8770) c(3910, 4220, 3885, 5160, 5645, 4680, 5265, 5975, 6790, 6900, 7335) [5]。 引用第 5個元素 [c(3,5,7)] 引用第 3， 5， 7個元素 v c(3,5,7)。 [v]。 [1:5]。 引用第 1到 5個元素 [c(3,5,7)] 去除第 3， 5， 7元素 73 數(shù)據(jù)框內(nèi)元素的引用 intake (